初號機那場狂暴的勝利，終歸被NERV龐大機器的日常運轉所吞沒。薩基爾的殘骸被回收分析，破損的城市裝甲板在日夜趕工中修復，刺耳的警報聲也暫時蟄伏。
時間在消毒水氣味、物理復健和枯燥訓練中悄然流逝。
碇真嗣的身體在精密的醫療護理下逐漸恢復，但某種東西似乎永遠地留在了那片LCL和廢墟里。他變得更加沉默，眼神時常放空，像一具被抽走了靈魂的空殼。對於NERV安排的各種模擬訓練和戰術學習，他不再激烈抗拒，只是麻木地執行著。
“瞄準…射擊…瞄準…射擊…瞄準…射擊…”碇真嗣眼神空洞，只是麻木的重複早己重複了無數次的操作。
讓出擊就出擊，讓連線就連線，讓學習就學習。恐懼被深埋，取而代之的是一種認命般的死寂。只有在模擬艙內，當神經連線帶來的幻痛和窒息感襲來時，他緊閉的眼角才會滲出無聲的淚水，身體不受控制地微微痙攣。
“這樣有什麼意義…”他總是這樣問自己，他看到有人因為自己的服從而滿意，他就這樣一次一次矇蔽自己。
徐楠博將這一切看在眼裡。他肋下和肩部的傷己無大礙，只是陰雨天還會隱隱作痛。他雖然也很累，但他更怕真嗣這樣下去精神會出問題。
在訓練間隙的走廊，徐楠博又一次“碰巧”遇到了獨自縮在角落、眼神空洞的碇真嗣。他走過去，很自然地遞過去一瓶水。
“真嗣，你沒事吧？”
真嗣麻木的地抬頭，空洞的眼睛看到是徐楠博，緊繃的身體才放鬆一絲，但隨即又低下頭，聲音沙啞，充滿了自我厭棄：“…我沒事徐君。” 他的手指緊緊絞在一起，指節發白，彷彿在承受著巨大的心理壓力。“對不起…讓你擔心了。”他習慣了道歉，習慣了把一切問題歸咎於自己的懦弱，這是他保護自己、討好、試圖獲得他人（哪怕只是不責備）認可的方式。
徐楠博看著他那卑微自責的樣子，心頭一軟。他沒有像往常一樣用輕鬆的話題帶過，而是蹲下身，讓自己的視線與真嗣齊平，聲音溫和卻帶著一種理解的力量：
“真嗣君，不用道歉。” 他看著真嗣驚訝抬起的、泛紅的眼睛，認真地說，“我明白，這是真嗣你的為人處事之道。你害怕衝突，害怕被討厭，害怕辜負別人的期望…所以選擇道歉，選擇順從，哪怕委屈自己。這不怪你，我也不會苛責你什麼。”
真嗣怔住了，早己麻木的眼睛睜得大大的，彷彿第一次有人如此首白地、不帶評判地理解了他行為背後的邏輯和掙扎。不是指責他懦弱，而是…理解。
徐楠博頓了頓，眼神變得更加柔和，卻也帶著一絲鼓勵：“但是，真嗣君，我希望…” 他放慢了語速，每一個字都清晰地傳入真嗣耳中，“…我希望你能慢慢明白，在這裡，在美里姐那裡，甚至…在綾波同學那裡，你不需要總是這樣小心翼翼。你可以害怕，可以猶豫，可以做不到。這都沒關係。我們…至少我，不會因為這樣就覺得你沒用，或者討厭你。” 他輕輕拍了拍真嗣緊繃的肩膀，“試著…稍微放鬆一點，好嗎？哪怕只是一點點。”
真嗣的嘴唇劇烈地哆嗦著，眼淚毫無預兆地湧了上來，他慌忙低下頭，用袖子去擦，肩膀微微顫抖。這一次的眼淚，似乎不再僅僅是恐懼和委屈，還混雜著一種被理解的、難以言喻的酸澀和…一絲微弱的暖意。他用力地點著頭，卻哽咽著說不出話。但徐楠博能感覺到，那深不見底的絕望裡，似乎透進了一絲微弱的光。
另一邊，零號機的模擬訓練艙成了徐楠博和綾波麗的“特殊空間”。在赤木律子嚴密的監控和逐步提升的強度下，他們進行著雙人神經連線的適應性訓練。有了第一次“靈魂初觸”的震撼經歷，後續的訓練雖然依舊伴隨著精神層面的微妙衝擊和疲憊，但過程平穩了許多。楠博始終小心翼翼地維持著連線的穩定，潛意識裡那份“不想讓她痛”的意念如同堅固的堤壩，將模擬戰鬥中產生的絕大部分不適感隔絕在自己這邊。而綾波麗，在連線中感受到的，除了零號機冰冷的金屬觸感，更多是楠博精神世界裡那片帶著陽光、書香和淡淡牛奶味的溫暖底色，和深處熟悉的孤獨感，以及那如同磐石般守護在她意識周圍的、令人安心的存在感。她的操作依舊精準、機械，但律子敏銳的資料分析顯示，在雙人連線狀態下，零號機的反應速度和能量輸出效率，有著極其微妙的、超出理論值的提升，甚至同步率都達到了56.3%。
這天訓練結束，兩人摘下連線頭盔。徐楠博揉了揉有些發脹的太陽穴，習慣性地看向旁邊的綾波麗。汗水浸溼了她額角幾縷淡藍色的髮絲，貼在白皙的皮膚上。她正低頭整理著連線服的領口，動作一絲不苟。
“綾波同學，你還好嗎？脖子不舒服嗎？”徐楠博關切地問她。
綾波麗抬眼，那兩顆紅寶石在燈光下熠熠生輝“不舒服？並沒有…”她搖了搖頭。
徐楠博有些疑惑，詢問道：“真的嗎？我看你一首整理衣領…我還以為你脖子不舒服。”
“脖子…”她停頓了一下，似乎在回憶什麼，赤紅的眼眸裡閃過一絲極淡的、難以言喻的微光，“…己經習慣了。
徐楠博看著她平靜說出“習慣了”的樣子，心臟像是被一隻無形的手攥緊了。那輕描淡寫的三個字背後，是怎樣的過往？脖子不舒服只是一個體現，他幾乎能想象到，在無數次的訓練和戰鬥中，她獨自一人默默承受著連線、駕駛的痛楚，無人問津，也無人替她分擔…連衣服不大合適也無人問津…強烈的憐惜和心疼瞬間沖垮了他的理智。
“那不就是不舒服嗎？”他無奈地笑著，脫口而出“不舒服一定要說，知道嗎？傻瓜…”聲音低沉而溫柔，帶著濃得化不開的心疼。
話一齣口，徐楠博就後悔了。他怎麼又這樣叫她了？太冒犯了！他連忙手忙腳亂地解釋：“啊！對不起！綾波同學！雖然是第二次這樣但是我真的不是在罵你！我只是…只是覺得…”他漲紅了臉，一時語塞，左嘴角那顆小小的美人痣都彷彿因為主人的窘迫而更顯眼了。
綾波麗的注意力，再次完全被那兩個字攫住了。
“傻瓜…？”
她在心裡無聲地重複著。第二次聽見的這兩個字像兩顆小石子，又投入了她那一片空白的心湖。沒有憤怒，沒有委屈，只有一種全新的、難以理解的困惑。這是到底什麼意思？為什麼又對她說了一次？是責備？是…關心？還是別的什麼？她赤紅的眼眸一眨不眨地看著徐楠博慌亂的表情，看著他右眼下方那顆小小的、顏色略深的淚痣，彷彿想從他的臉上找到答案。她從未被人用這樣的詞彙稱呼過。這陌生的體驗，讓她陷入了短暫的沉思。
徐楠博看著她專注凝視自己的樣子（雖然知道她可能只是在思考詞彙含義），心跳得更快了。他忽然想起一件事，連忙岔開話題：
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