不久後，韓雲接到聖旨，看到來人是崇禎皇帝的首席監軍太監高起潛，頭瞬間大了起來，這位可是信王府舊人，與崇禎皇帝關係密切，但也是“誤國”代表之一。
韓雲只能被迫接受這一事實，誰讓崇禎皇帝自繼位以來，從一開始就不相信武將，這也是導致明朝覆滅的重要因素之一。
但這不影響韓雲擁有更廣闊的舞臺和更明確的授權，讓他可以更加放手地推行他的強軍計劃，整合資源，對抗日益猖獗的倭寇及海上威脅。
接下來，韓雲與丁修、裴倫、沈煉、徐驥等人細化作戰、聯勤保障、技術支撐……具體組建方案，並投入到嚴格的編練和實戰中去檢驗、調整，具體如下：
一是首先確立基本作戰單位為16個“水師（陸戰）旗”（對標後世軍隊加強連級單位，簡稱水陸旗），是最基本的、能夠獨立執行戰術任務的模組。每個“旗”都具備獨立的偵察、攻擊、防禦、支援（基礎醫護、工事）能力，如同一個微縮的合成營，可以根據任務需要靈活調配。
設總負責旗長1人，副旗長1人，兼司紀律、文書。
編制定員300人（基於“鴛鴦陣”的現代化擴充套件），10個隊為1旗。 每隊30人，是核心作戰單元。
每個隊內部實現冷熱兵器、遠近程火力、攻防能力的合成，設隊長1人（指揮、刀盾）、副隊長1人（協同指揮、刀盾）、火銃手7人（遠端火力核心）、弩手6人（安靜狙擊、彌補火銃射速）、長槍手7人（結陣防禦、反騎兵、登陸）、鏜鈀手（兼爆破、工兵）6人、醫護兵2人（由略通醫術計程車兵擔任，基礎救治）。
二是確定核心作戰實體為4個“水師（陸戰）司”（對標後世軍隊加強營級單位，簡稱水陸司），是承擔戰役戰術任務的核心多兵種合成單位，具備獨立作戰和持續作戰能力，火力、機動、防護、保障得到全方位加強，是戰場上的拳頭單位。各作戰司下轄4個旗（每旗300人），並設司首屬警衛旗1個200人。
各司設司統領1人（除了沈煉兼領1司外，其餘3司均由武藝高超且兼具指揮能力的戚家軍後人負責），副統領1人（基層骨幹選拔任命），參謀2至3人（講武堂畢業學員擔任，負責情報、計劃、通訊。
三是設首屬工械司600人，下轄3個旗（每旗200人），由暫由徐驥負責，司所有官員暫由徐驥任命，並報韓雲批准，裝備輕型佛朗機炮或大型抬槍，提供伴隨火力支援。這司堪稱是韓雲“寶貝”中“寶貝”。
西是設首屬偵察突擊（警衛）司600人，丁修親領此司 ，下轄3個旗（每旗200人），司所有官員暫由丁修任命，並報韓雲批准，由最精銳計程車兵組成，負責偵察、滲透、破襲、攻堅。
五是設首屬聯勤保障司400人，暫由裴倫代管，下轄醫護旗1個100人、輜重旗1個100人、工兵旗1個100人、巡迴宣傳旗1個100人，司所有官員由裴倫任命，並報韓雲批准，負責醫護、架橋、修路、佈置營地、管理輜重等後勤保障工作。
六是設首屬情報資訊司300人，暫由裴倫統領，下轄3個旗（每旗100人），司所有官員由裴倫任命，並報韓雲批准，由江湖經驗或閱歷豐富計程車兵組成。
七是設教導司300人，暫由韓雲親自統領，下轄3個旗（每旗100人），司所有官員由韓雲首接任命。人員由狼牙特種大隊隊員、相關專業技術人員、講武堂講師組成。
八是設立“武毅營”本部（對標加強團級），是完整的、能夠執行復雜戰役任務的獨立作戰團體。 下轄“水師（陸戰）司”4個5600人、首屬工械司1個600人、首屬偵察突擊（警衛）司1個600人、首屬聯勤保障司1個400人、情報資訊司1個300人、教導司1個300人。
武毅營統領由韓雲擔任，副統領沈煉，副統領兼參謀長裴倫，監軍太監高起潛。這支新軍從“隊”到“旗”，到“司”再到“營”，均強調冷熱兵器、不同兵種的協同，改變了舊式軍隊功能單一的弊端。指揮層級清晰（營-司-旗-隊），指揮鏈短，資訊傳遞快，決策和執行效率高。參謀體系的引入，使決策更加科學。後勤、醫療、技術支援獨立成體系，保障了核心作戰單位的專注度和持續戰鬥力。
特別是，韓雲將戚家軍後人的經驗智慧、錦衣衛的情報網路與後世現代的資料分析手段進行相結合，碰撞出超越這個時代的最為可靠的情報網路。
沒錯，一支真正意義上的新式軍隊“武毅營”（兩棲作戰合成旅，是的，兵力己快達旅級建制），即將在明朝末年的東南沿海，破繭成蝶。
