遙遠的過去，搭載著亞當的「白之月」率先抵達地球，並開始繁衍名為使徒的超級生命。
如果一切按部就班，這顆星球最終會成為使徒的樂園，人類可能根本不會出現。
但命運就是這麼喜歡開玩笑。
好巧不巧，搭載著「莉莉絲」的「黑之月」也來到了地球，還引發了劇烈的撞擊，也就是所謂的「第一次衝擊」。
更巧合的是，因為這次撞擊，「白之月」內作為抑制器的朗基努斯之槍，竟然不知所蹤了。
失去了抑制器，莉莉絲開始瘋狂繁衍生命，於是，人類，以及地球上其他形形色色的生命，便由此誕生。
而因為莉莉絲的過度繁衍，反而使得「黑之月」內，作為抑制器的朗基努斯之槍開始運作，抑制了使徒的繁衍。
就這樣，機緣巧合之下，這顆本該成為使徒樂園的星球，陰差陽錯地，成為了人類的樂園。
之後，一些先民記錄下了這些資訊，最終演變成了那本《死海文書》。
「還真是有意思啊！」
張啟臉上寫滿了興奮，使徒是技術的產物，那就意味著它們是可以被研究原理的存在，是可以被拆解。分析。甚至逆向工程的！
不過，在此之前，他必須優先保證自己的安全。
SEELE並沒有完全相信碇源堂，這一點，從劇場版裡那十二臺量產機搭載了人造S2機關就能看出來。
這說明他們彼此之間也是互相提防，並沒有完全的信任可言。
而這，恰恰給了他周旋的機會。
「而且，我現在是NERV組織的技術負責人，能調動的資源比原來多了不少。」
張啟眯起了眼睛，海量的資源加上他在【GI】裡留的後門程式，可以執行下一階段的計劃了……
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與此同時，漫威世界。
距離託尼。史塔克宣佈成為鋼鐵俠，已經過去一年多的時間了。
哈利。奧斯本坐在自己的私人實驗室裡，看著新聞裡關於史塔克工業博覽會的直播。
「鋼鐵俠二開始了嗎？」
哈利摸著下巴說道，他早就按照約定，成功取出了鋼鐵俠胸口的彈片。
所以，這位億萬富翁並沒有像原著裡那樣，受到鈀元素中毒的影響。
不過那位安東尼還是出現了，準備像史塔克集團發起復仇。
他本來是想摻一腳的，順便測試一下新的殖裝。
可就在他考慮這件事的時候，科爾森又找上了門。
「哈利先生，我們最近在新墨西哥州發現了一些奇特的東西。」
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