高杉等人無奈，只能停止對石州口的進攻之事。
他們轉而進攻小倉城的幕府軍以及安藝的幕府軍。
兩處幕府軍難以抵擋長州軍的猛攻，小倉城被攻佔，九州諸侯譁變，同時間，安藝的幕府主力也開始敗退，一部分跑到了石見內，一部分撤退至大阪。
而大阪城內，一橋慶喜還在和老中們博弈，他沒有接任將軍，最終只是代理，然後開始處理將軍的後事。
朝廷這邊，因為孝明天皇還在，朝廷還站在幕府這邊，不過朝廷這邊已經在勸說幕府與長州藩和談了。
柳生對此早有預料，因此不管戰局如何變化，他也是守著石州口一帶，保證自己的安全。
長州軍也刻意避開石見，在攻佔小倉和安藝後，就退兵休整。
此時，薩摩藩的大久保，西鄉等人看出幕府已經徹底失敗，再加上幕府處理家茂的葬禮，他們立刻勸說島津久光等人，與長州聯手，出兵倒幕。
島津久光也很果斷，同意了此事。
這時候，幕府內部達成了協議，老中們同意慶喜進行幕政改革，慶喜接任將軍之位，改名德川慶喜。
隨即他以將軍的名義同意了朝廷的建議，與長州藩議和。
勝海舟帶著朝廷和幕府的旨意抵達石州口。
他一到石州口，就派人前往長州藩傳信，請求長州進行和談。
長州內，關於是否和談一事展開了討論。
最終高杉晉作力排眾議，同意和談，他說道：「長州藩經此一戰，已經向世人展示了自己的姿態和決心。
我們現在休戰，不是因為膽怯，而是為了更好的進行之後的事情。
諸位，我們需要時間休整，等到我們以最好的狀態，上洛，倒幕！」
眾人聽了高杉晉作的演講，也同意了議和。
隨後勝海舟便和長州藩代表廣澤真臣和井上聞多在宮島進行和談。
這次談判對於勝海舟來說十分艱難，畢竟幕府十萬大軍慘敗，小倉等諸多領地被長州藩佔領。
好在柳生攻佔了石州口，也算是挽回了一些局面。
經過一番拉扯，雙方終於在停戰協議上簽字畫押。
勝海舟拿著停戰協議，感慨萬千。
柳生搖了搖頭：「這份停戰協議就沒什麼用處，長州不過是想喘口氣罷了。」
勝海舟嘆了口氣：「幕府又何嘗不是呢？現在因為戰爭的事情，導致各地糧價上漲，出現了大規模的動亂。
柳生大人，幕府也已經無以為繼了。」
柳生聞言，沉默了，他只能讓部隊收拾營地，跟隨勝海舟一起離開石州口，撤軍返回大阪。
他一回到大阪，就得到了幕府的賞賜，勝海舟一臉感慨道：「家茂公臨終前，還在惦記你，而且還告誡眾人，不能剝奪你的北海道總督之位。」
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