解決了火銃一事，鄭經召洪旭。黃廷。陳永華等重臣商議重建朝廷架構一事。
臺灣全島新設三府，除承天府外，再設高雄府。天興府與萬年府。
高雄府統轄承天府以南的臺南地區，管著高雄商榷和南部墾區。
天興府轄臺北一帶，雞籠便在其轄區內。
萬年府則管轄臺中地區的墾荒屯田與中部水道。
三府各設知府，統一聽命於中央朝廷。
朝廷設六官：吏官掌人事銓選與考核，戶官掌財政稅賦與戶籍，禮官掌禮儀祭祀與對外交涉，兵官掌軍械糧餉，刑官掌司法刑獄，工官掌工程建設與匠作。
六官之上，另設諮議輔政大臣，即內閣輔臣，由洪旭與黃廷二人擔任。
洪旭是鄭氏老臣，從鄭芝龍時代便跟隨鄭家，他的孫女洪婉如今是鄭經的正妻，洪家與鄭家已是姻親至戚。
黃廷是水師老將，德高望重，他的兒子黃射是鄭經的書辦。心腹。
這二人不僅是鄭氏的老人，更已與鄭經深度繫結，一榮俱榮，一損俱損。
另設諮議參軍一職，總管臺灣的開發建設與屯墾事務，由陳永華擔任。
陳永華這兩年主持墾荒安置。編練教化營，早已是臺灣公認的能臣幹吏。
這套官制與大明的傳統六部架構一脈相承，卻刻意避開了尚書。侍郎等正式官銜，只以“某官”稱之。
諮議輔政大臣也不稱大學士或內閣首輔，正是為了避嫌。
鄭經雖自稱監國，但天下皆知大明天子血脈已絕，若公然以大明朝廷之名分封六部尚書，難免招來僭越之名。
用這套折中的官制，既能實際運轉一個完整的朝廷體系，又不給外界留下口實。
在軍事方面，鄭經在六官兵官之外另設了一個直接聽命於他本人的機構——都督府。
都督府不隸屬於任何一官，也不受內閣輔臣節制，專司軍令排程。作戰籌劃。情報蒐集與軍隊的日常戰備監督。
都督府設大都督一人，由鄭經親自兼任。
下設副都督二人，掌管日常軍務。
時光匆匆，轉眼已是永曆十八年，滿清康熙三年，西元1664年的十月。
距離鄭經從日本凱旋歸來，已過去了整整半年。
這半年間，臺灣的發展堪稱飛速。
高雄商榷的貿易額一月高過一月，商稅收入屢創新高。
沿海的莊園一座接一座地拔地而起，甘蔗田和玉米地沿著海岸線不斷向南北延伸。
新建的榨糖。榨油作坊和鹽場日夜不停地冒著炊煙。
田地裡除了傳統的水稻和小麥，番薯和玉米的種植面積也大幅增加。
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