最後因為人數過少加上達斡爾、赫哲和費雅喀等當地民族的英勇反擊，這支遠征隊折損百人後撤回了雅庫茨克。
不過沙俄並沒有因此放棄黑龍江流域，反而是更加眼饞這塊豐碩的沃土。
順治七年，沙俄殖民軍頭目哈巴羅夫率領一支百人小隊侵佔了雅克薩城。
他們繼續之前的野蠻行徑，當地的赫哲人一邊抵抗一邊向清廷求援。
順治得知此事後大怒，當即派人趕走了這支殖民軍。
沙俄方面則是再次派出援軍。
經歷數次拉扯之後，總算在順治十七年徹底肅清了黑龍江流域的沙俄軍隊。
然而沙俄賊心不死，很快又捲土重來佔據了雅克薩城。
不過這時沙俄的重心主要放在與準噶爾和奧斯曼帝國的戰爭上，暫時沒有再與清朝發生大規模衝突。
等到康熙平三藩、收復臺島之後便把目光放在了盤踞在雅克薩城的沙俄人身上。
這段時間雖然沒有大規模衝突，但是沙俄人仍舊時不時的出兵劫掠。
康熙決定徹底解決這個隱患。
於是派出使者言辭要求雅克薩城的沙俄人主動離開。
沙俄不僅沒有聽，反而是主動派人前往璦琿劫掠。
康熙大怒之下派寧古塔副都統薩布素將沙俄人擊敗，並且將他們建立的據點全部焚燬。
只剩雅克薩一座孤城仍在堅守。
為了解放雅克薩，兩年之後康熙派都統彭春率領三千人趕往雅克薩城。
雅克薩城的沙俄頭目托爾布津仗著手下有四百五十人，加上三門火炮。
想要依託雅克薩城與清軍周旋。
不料彭春直接用火炮轟擊雅克薩城，托爾布津無奈只能請求撤離。
清軍將雅克薩城夷為平地之後撤離。
可沙俄仍舊不甘放棄，聽聞清軍撤退之後他們再度捲土重來。
托爾布津在廢墟上重建了雅克薩城。
這次他帶來了近千名士兵，以為能夠與清軍繼續周旋。
對於這種背信棄義的行為康熙很是憤怒。
再度派出兩千大軍圍住了雅克薩城。
沙俄人在圍困中戰死病死了八百餘人，最後只倖存了幾十人。
頭目托爾布津更是被流彈擊中身亡。
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