機場檢查人員並未察覺任何異常，便讓他們上了飛機。
這裡要提一句，那時候的安全檢查程式存在漏洞，刀具長度小於4英寸是被允許攜帶上飛機的。
與此同時，在同一個機場，聯合航空公司175號航班UA175，也正在準備起飛，同樣前往洛杉磯。機上載有包括5名劫機者在內的56名乘客和9名機組人員。
在華盛頓杜勒斯國際機場，美國航空公司77號航班AA77正在等待起飛，目的地為洛杉磯。機上載有包括5名劫機者在內的58名乘客和6名機組人員。
在新澤西州紐瓦克國際機場，聯合航空公司93號航班UA93，計劃飛往舊金山。機上載有包括4名劫機者在內的37名乘客和7名機組人員。原計劃是5名劫機者，缺少的人就是被遣返穆薩維。
這四組劫機者，幾乎在同一時間，通過了安檢，登上了各自的目標航班。
上午7:59，AA11航班從波士頓洛根國際機場32號跑道順利起飛。
上午8:14，UA175航班從波士頓洛根國際機場9號跑道起飛。
上午8:20，AA77航班從華盛頓杜勒斯國際機場30號跑道起飛。
上午8:42，UA93航班因為機場要控制流量，因此晚點了四十分鐘，才從紐瓦克國際機場4號跑道起飛。
也就是因為這次晚點，原本週密的計劃出現了疏漏。
天空湛藍，飛行最初階段一切正常。
上午8:46左右，AA11航班飛行至紐約州北部空域時，劫機行動開始。
阿塔和奧馬裡以及其他幾名在經濟艙同夥突然發難。他們使用聲稱化學毒氣的噴霧劑和藏匿的刀具，迅速控制了頭等艙的乘客和試圖反抗的空乘人員。
阿塔手持刀具，強行衝入駕駛艙，刺殺了機長和副駕駛，控制了飛機。
“我們掌控了飛機……都給我安靜坐著不要動，飛機就不會有事。我們正在返回機場，請保持鎮定。”阿塔用磕磕絆絆的英語透過機上廣播系統說道，試圖穩定乘客情緒。
隨即關閉了飛機的應答器，並改變了航向。
飛機突然轉向南下，朝著紐約市的方向飛去。
北美防空司令部（NORAD）的雷達操作員注意到了AA11航班應答器訊號消失，並出現了異常轉向。但此時，他們正在按照演習計劃模擬應對來自北方的假想敵襲擊，指揮系統出現了肯特所期望的混亂和延誤，被判斷為演習的內容。
上午8:51，一名受重傷的空乘人員透過機上電話偷偷聯絡到美航運營中心，急促地報告：“駕駛艙沒人接電話，商務艙有人被刺傷了，我覺得機上可能有炸彈。”
這是來自AA11航班的確鑿劫機警報，也是唯一的警報。
這條關鍵資訊在官僚系統的層層轉接和核實中被延誤了，等到它被正式確認並傳遞到軍方時，最佳反應視窗已經錯失。
UA175航班上也發生了幾乎一模一樣的劫持過程。劫機者控制了飛機，關閉應答器，轉向朝著紐約飛去。
上午9:03，就在NORAD終於緊急下令戰鬥機從奧蒂斯空軍基地起飛攔截AA11航班時，令人震驚的一幕發生了。
AA11航班，這架龐大的波音767客機，並沒有如一些人猜測的那樣要求降落或進行恐嚇，而是以接近500英里的時速，徑直撞向了紐約世界貿易中心北塔1號樓的北立面。
巨大的爆炸聲震撼了整個曼哈頓下城，飛機撞擊在94層至98層之間，瞬間引發沖天大火和濃煙，鋼鐵、玻璃、混凝土碎片如同雨點般落下。
街道上的人們被這突如其來的災難驚呆了，驚恐的尖叫聲、哭喊聲瞬間響起。
然而，災難才剛剛開始。
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