儘管佔據主動，良且士氣高昂，但攻克擁有堅固工事且困獸猶鬥的華中派遣軍，“叛軍”方面同樣付出了沉重的代價。
各部隊因任務強度、作戰風格和“戰意”不同，傷亡差異顯著。
關東軍系統：第2師團。
經歷過淞滬登陸作戰，後續淞滬每場血戰都有其身影。
最後因為傷亡慘重，全師團包括傷員僅剩1.5萬人而松井石根留在上海附近休整，沒有參加後續戰役。
但到了叛軍這邊，這支仙台師團，再次成了攻城絕對主力，承擔最艱鉅的正面突破任務。
一萬多精銳日夜兼程趕赴南京，給松井石根後背捅上最致命一刀。
此役中，第二師團傷亡約4000人。
傷亡高度集中在初期城門攻堅戰，在突破光華門，中山門等混凝土工事時，突擊工兵在爆破作業中死傷慘重，伴隨衝鋒的步兵在守軍密集火力下損失巨大。
後續城內與第6，9師團殘部進行的逐層，逐屋爭奪，是傷亡的主要來源。
狙擊手，冷槍，詭雷，手榴彈突襲，使得經驗豐富的精銳步兵也大量消耗。
一個典型的步兵中隊，在經歷一天巷戰後，減員三分之一是常態。
但第二師團其炮兵和工兵的專業素養確實有效降低了步兵的總體傷亡，但作為先鋒的幾個步兵大隊，傷亡率仍高達40%-50%。
第4師團，大阪師團，其表現成為這場內戰中的一個“異數”。
傷亡約2000人。
傷亡來源相對特殊，多發生於無法避免的正面交火，或是在“肅清”殘敵時遭冷槍冷炮。
值得注意的是，該師團透過其擅長的“戰場交易”和“心理攻勢”，成功勸降，收編了大量華中派遣軍殘兵，客觀上減少了正面戰鬥的強度，從而在一定程度上保全了自身實力。
但其“消極避戰”的風評，也引起了關東軍內部其他師團的強烈不滿。
該師團上報的“繳獲”和“接收”的敵方物資，人員數量龐大，其“非傳統”戰法在減少自身損耗的同時，也為戰後瓜分利益積累了籌碼。
第7師團，旭川師團，關東軍勁旅，負責對下關，挹江門方向的突擊和江邊封鎖，戰車部隊則被調往配合其他師團作戰。
詳細戰報顯示傷亡約2500人，整體戰力損失不大，編制較為完整。
主要損失在強攻下關碼頭，與試圖渡江北撤的華中派遣軍後勤部隊，及潰兵發生激戰。
戰鬥在碼頭倉庫，船隻和江面上展開，極為混亂，雙方傷亡都很大。
漫長江岸線封鎖戰，部隊分散在漫長戰線上阻擊小股潰兵，戰鬥頻繁且突發性強，容易遭到隱蔽火力的襲擊。
還有就是協同作戰中的誤傷，在配合海軍艦炮射擊時，因通訊協調問題，曾發生多次炮彈誤落己方陣地的事件，造成不應有的損失。
第8師團，弘前師團，與第7師團協同作戰，主攻幕府山側翼及城北區域。
戰報統計傷亡約2200人，和第7師團一樣，損失對戰力影響不大。
該師團傷亡主要是在進攻幕府山要塞外圍支撐點時，遭遇第16師團頑強抵抗，仰攻過程中傷亡較大。
。觀可當相來起積累失損的隊部小，伏埋遭易容，雜複形地因，時域區片大北城清肅在
