這引起蕭寶卷十分不滿。
裴叔業得知皇帝打算對自己動手，於是率全部人馬連同壽陽城，向魏國投降。
壽陽城是南齊重要軍事據點，魏國非常重視，先命就近的奚康生、楊大眼兩員大將接管壽陽城，然後派驃騎大將軍、彭城王元勰和車騎將軍王肅，率10萬大軍前來接收豫州。
蕭寶卷調蕭懿任豫州刺史，領三萬陸軍，崔慧景領四萬水軍，討伐裴叔業、爭奪壽陽。
崔慧景早有反意。此時他兵符在手，趁機動員族人崔恭祖以及舊時同僚，起兵誅討昏君、聲稱另立新皇蕭寶玄。
叛軍一路抵達京口，與蕭寶玄合兵，攻打建康城。
蕭寶卷調令蕭懿放棄攻打壽陽，先救建康。
蕭懿大軍抵達建康城，崔恭祖脫離叛軍，向蕭懿投降。
二人合攻崔慧景、蕭寶玄。
崔慧景、蕭寶玄被殺。
蕭懿立下大功，被擢升尚書令。
其弟蕭衍得知這事，立即修書一封，急送到兄長手上。
蕭衍在信裡建議兄長：要麼趁手中大軍控制了建康城，像霍光那樣，死死拿捏住皇帝；要麼立即回益州刺史任上。千萬不要放棄軍權，入朝為官。
蕭懿沒有接受弟弟建議。他銷燬來信，興致勃勃到尚書省赴任，打算輔助皇帝幹一番大事。
茹法珍向蕭寶卷進言：蕭懿入朝掌握大權，其弟蕭衍在外掌握重兵。二人今後一定是朝廷大患。
蕭寶卷聽從勸告，找個藉口，給蕭懿送去一杯毒酒，了結了後者性命。
蕭衍在襄陽聽說了兄長死訊，大怒之下，立即宣佈起兵討伐昏君，擁立荊州刺史蕭寶融為帝。
上庸太守韋睿，第一時間率2000部曲投靠蕭衍。
蕭寶卷命令輔國將軍兼巴蜀郡太守劉山陽、荊州行州府事（軍政實際掌控者）蕭穎胄，聯合北上，討伐雍州刺史蕭衍。
經過多方考量、博弈，蕭穎胄最後斬殺了劉山陽。
蕭穎胄以荊州刺史、南康王蕭寶融名義，任命蕭衍為使持節、都督前鋒諸軍事，準備一起攻打建康。
西元501年正月，蕭衍正式領軍從襄陽出發，與荊州大軍會合後，拿下了郢州（武昌附近）。
三月，13歲的南康王蕭寶融在江陵稱帝，任命蕭穎胄為尚書令，蕭衍為左僕射。
南齊於是有了兩個皇帝。
蕭衍與蕭穎胄分工：蕭穎胄率一部分軍隊就地抵禦各路撲來的徵虜軍；蕭衍集中精銳兵力，向下遊江州方向進發，直指建康城。
江州刺史陳伯之經過權衡，最後向蕭衍投降。
蕭衍大軍士氣更加高昂，所到之處，朝廷派來的軍隊盡皆潰敗。
6月，蕭衍大軍與蕭寶卷的最後10萬徵虜軍，在建康南面秦淮河上朱雀橋一帶決戰。
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