李善道留下了魏徵、于志寧、屈突通、李靖、高曦、裴矩等數人，另有兩樁事與他們商議。比之追剿宇文化及等三事，雖這兩樁事，不如之急切，然若比之重要性，這兩樁事，實際上才是真正的“緊要”，長遠來說，遠比追剿宇文化及等三事重要得多，是關乎到國運的大計。
一個，便是李善道與裴矩等提及過的“完善典章制度”。
一個，是軍制上，李善道也打算做個完善、調整。
與諸臣移步殿邊的小堂，李善道和魏徵等就此兩事，細細計議，直到夜深方才暫止。商議出了一個大致框架。具體的內容，李善道指示魏徵、屈突通等，分頭再作詳細籌劃。典章制度這塊兒，由魏徵、裴矩等全權負責；軍制的完善、調整由屈突通、李靖、高曦等全權負責。
無須贅述。
只說數日後，兩個方面的籌劃初見成效，魏徵等人擬定了典章制度的細則，屈突通等提交了軍制改革方案。李善道審閱後，頗為滿意，遂下令宣旨，頒佈推行。
典章官制方面，依隋舊制，參酌時宜，確立了三省六部之制！
設尚書省，總領政務，暫未設尚書令，以魏徵為尚書左僕射，遷裴矩為尚書右僕射。
下設六部尚書，分掌吏、戶、禮、兵、刑、工各任。六部尚書及副手侍郎等職的出任臣工，均由李善道親自選定，或為舊臣，或為新臣，俱一時之選，無不才幹出眾之士。
各部既定，政務井然，朝野上下，氣象一新。
又設門下省，以于志寧為長吏納言，掌審議封駁，確保政令通達無阻。又設內史省，掌機要詔令，與尚書省一樣，暫也未設長吏，任薛收為內史侍郎，王宣德等為內史舍人等。
三省六部以外，又設主掌監察百官、彈劾違法的御史臺，與負責審理重大案件的最高司法審判機構大理寺等機構；又設分掌祭祀、膳食、儀仗、王室事務、車馬、外交、農業、財政等具體事務的太常寺、光祿寺、衛尉寺、宗正寺、太僕寺、大理寺、鴻臚寺、司農寺、太府寺的等機構，——這九個機構合稱“九寺”，長吏稱卿，副手稱少卿；又設負責教育的國子監、手工業製造的少府監、工程建設的將作監、兵器製造的軍器監、水利和航運的都水監等機構，——合稱“五監”，長吏稱監，副手稱少監；又設管理倉儲的太倉監等等。
也是分別從老臣與新臣中，選擇了合適的可用之才，任為這些機構的官吏。
李善道起事已經兩年多了，直到現下，這才算是從形式上正經地構建起了新朝行政的骨架。
軍制改革方面，李善道採納屈突通等人的方案，裁汰冗兵，強化精銳，並亦依隋制，完善確立了衛府軍的制度，設立了十六衛府，分掌宮禁宿衛及征伐之事。
每衛府設大將軍一人，副將兩人。
以劉黑闥為左衛大將軍，以屈突通為右衛大將軍，王須達、李靖、黃君漢、高曦、高延霸、宋金剛等等諸將，分別出任其它各衛府的大將軍之職。各衛府副將亦由李善道精心挑選，也是糅合了老臣、新臣。並及各衛府的長史等任，亦均由李善道親自選任。
十六衛的這個府兵制度，說來承襲的是隋之舊制。
但與隋的十六衛，李善道目前的這個十六衛，事實上還是有些與之不同。
隋的十六衛的基礎，是建立在遍佈帝國各郡縣的諸多折衝府之上。李善道當前只有河北、河東的一半地域，在其治下，他沒有足夠的郡縣地方上的折衝府，來做他這十六衛的兵源基礎，並且河北、河東等地原有的折衝府也多已遭到了破壞，故其十六衛府的設立，更多依託的是其現有的兵力，而非傳統的郡縣折衝府體系。——某種程度來說，他的這個十六衛，其實更接近後世的“野戰軍”制度，每一個衛府，暫定員一萬兩千人，近類於後世的一個野戰師。
每個衛府，皆是步騎混雜，以步卒為主。
得益於汲縣之戰繳獲的堆積如山的兵械，還有大量因歸路斷絕而投降的關中驍果，李善道麾下，不僅步卒的力量得到了增強，騎兵的力量也得到了很大的擴充。
十六衛之外，專門又組建了兩支騎兵部隊，分名“驍騎”、“突騎”，各轄騎兵五千。主將，也稱大將軍，品秩與十六衛的主將相同。兩騎軍的主將，任給了蕭裕、獨孤神秀。
屈突通、李靖等提交的軍制完善、改革方案，大體分為兩個部分。
野戰軍是一個部分；地方守備是一個部分。
地方守備這塊兒上，同樣採用隋制，他們建議，由郡兵、縣兵單獨的列成一個系統，由郡都尉、縣尉統領，專門負責維持地方治安，清剿盜匪等任。地方守備體系獨立運作的話，能有效分擔十六衛的治安壓力，可使衛府軍專注對外征伐。李善道很贊成他們的此議，也採納了。
屈突通、李靖又建議，為保證穩定的兵源補給，可先將河北的府兵舊制恢復，——河東等地，可以等到更加穩定之後再說，於諸郡舊有之折衝府的根基上，重建軍府，重召府兵，授予土地，農時耕種，閒時操練，戰時聽調。又此外，河北畢竟只是一州，如果全靠義務兵，兵源還是比較有限，故建議同時推行募兵制，廣募壯勇義士從軍，以作府兵的補充。
這兩個提議，深合李善道之意，亦都採用了。
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