卻說司馬休之、魯宗之、韓延之等曾奔投後秦。後秦為晉朝所滅，魯宗之已死，司馬休之等人見機先遁，轉而逃入北魏之地，北魏朝廷對其各給官階，使他們參軍政。
司馬休之尋找士卒，子文思及魯軌等人，遂為北魏之臣。劉裕大力搜尋而不獲，只好罷休。
義熙十三年（417年），晉朝廷已派遣琅琊王司馬德文，與司空王恢之，先後來到洛陽，修謁五陵。劉裕欲上表奏請遷都，仍至洛陽，王仲德謂勞師日久，士卒則思歸，遷都之事未可驟然而行，劉裕於是罷議。晉朝廷已加授劉裕為相國，總掌百揆，封十郡為宋公，備九錫禮，劉裕又佯裝推辭不受。再進爵為王，增封十郡，劉裕仍然上表固辭。封爵雖崇，終未滿意。更欲進略西北，為混一計。這個時候，忽然由京中遞來急報，乃是前將軍劉穆之，得病身亡，劉裕聽說，禁不住驚惶悲慟，淚下數行。時，劉穆之享年五十八歲。
當初在元興三年（404年），劉裕於京口（今江蘇省鎮江市）起兵討伐桓玄，佔領京口後向何無忌詢問主簿人選，何無忌就推薦劉穆之擔任。劉裕不久就擊敗桓玄，攻佔了建康，當時決定大事的都是劉穆之，縱然很多事都要倉促決定，但都處理得相當妥當。劉裕亦視劉穆之為心腹，凡事都詢其意見；劉穆之亦盡心協助，不遺餘力。當時東晉法律寬鬆，綱紀不立，門閥豪強可恃勢凌人，平民則無法自處。劉穆之都以當時形勢調校矯正法令，更讓平民對法律有所適從。在劉裕以身作則下，很快就改變了當時的政治風氣。
劉穆之一度轉任尚書祠部郎，及後再任劉裕的府主簿，再轉紀室錄事參軍，領堂邑太守。又因平定桓玄的功勳，封西華縣五等子。
在義熙五年的時候（409年），劉裕北伐南燕，劉穆之隨軍；次年滅南燕後因應盧循叛亂威脅建康，劉穆之又隨劉裕率軍回守建康。劉穆之在這兩件事上都經常在背後計謀劃策，決定要事。劉毅因而厭惡劉穆之，常故作平常地和劉裕表示劉穆之權力太重，但劉裕卻更加信任劉穆之，並讓劉穆之轉任其司馬。
義熙十三年（417年）九月，劉裕滅亡後秦，佔領關中，並打算以關中作基地繼續進行北伐。但是，“前鋒已平洛陽，而未遣九錫，弘銜使還京師，諷旨朝廷。時劉穆之掌留任，而旨反從北來，穆之愧懼，發病遂卒。”
劉穆之於十一月辛未日（11月27日）去世，享年五十八歲。
劉裕聞訊後，感到震驚和悲痛，亦感到自己於京邑根本之地已空虛無靠。
劉裕於是決意起行返回建康，留年僅十三歲的劉義真與王鎮惡等諸將留守關中。關中重地，偏留稚子居守，未知何意？
劉裕令諮議將軍王修為長史，王鎮惡為司馬，沈田子、毛德祖、傅弘之為參軍從事，留輔劉義真，自己率領各軍東還。
三秦父老，聽聞劉裕整裝欲返，俱詣軍門泣請道：“殘民不沾王化，已閱百年，今復得睹漢儀，人人相賀。長安十陵，是公家祖墓，指漢高以下十陵。咸陽宮闕，是公家舊宅，舍此將何往呢？”
劉裕亦黯然欲涕，隨即慰諭道：“我受命朝廷，不得擅留，諸君誠意可感，今由次子義真及文武賢才，共守此土，汝等勉與安居，諒不至有意外變動呢！”
大眾聽後乃退。
沈田子忌憚王鎮惡的軍功，屢言王鎮惡家住關中，不可保信，至是復與傅弘之同入對劉裕說這些話。
劉裕答道：“猛獸不如群狐，這是古人名論。今留卿等文武十餘人，統兵逾萬，難道還怕一王鎮惡麼？”既知軍將相忌，奈何不為之防，反導之使亂，想是纂弒心急，故不遑遠圖。語畢即行，自洛入河，開汴渠以歸。
當時後秦西北，有統萬城，為夏主赫連勃勃的根據地。勃勃本姓劉，父名衛辰，建牙代他，衛辰為北魏所滅，勃勃奔至後秦，後秦授他為安北將軍，使鎮朔方。
後秦與北魏通好，勃勃背秦而自主，僭稱夏王，改姓赫連氏，屢寇秦邊。及聞劉裕入秦，顧語群臣道：“劉裕此行必得關中，但不能久留，若留子弟及將吏戍守，必非我敵，我取關中不難了！”於是秣馬厲兵，進據安定，收降嶺北郡縣。劉裕曾遺勃勃書，約為兄弟，勃勃含糊答覆。劉裕不遑西顧，倉猝東歸。勃勃即遣子璝率兵二萬，南向長安，使前將軍赫連昌出潼關，長史王買德出青泥，自率大軍為後繼。
關中的守將沈田子與傅弘之一起督兵出發防禦，因而聽聞夏兵勢盛，不敢向前，退屯留回堡，遣使者回去報告給王鎮惡等。王鎮惡對王修說道：“劉公以十歲兒付我儕，應該竭力夾輔，乃大敵當前，擁兵不進，試問將如何退敵呢？”王鎮惡為劉裕出力，雖然事非其主，但不負委託，心術尚可節取。遂遣還來使，自率部曲（士兵）前往救援。
沈田子得使人返報，益加怨恨王鎮惡，當下造出一種訛言，謂王鎮惡欲盡殺南人，送歸劉義真，自據關中為王。這謠語一傳，此唱彼和，幾乎眾口同聲。惟王鎮惡尚未得聞知，匆匆來到留回堡，與沈田子會議軍情。
沈田子邀請王鎮惡到弘之的軍營，託言有密計相商，請屏左右。王鎮惡不知有詐，單騎馳入，突然由沈田子的族黨沈敬仁，驅兵殺出，竟而將王鎮惡砍死在軍營幕下。
殺死了王鎮惡之後，沈田子即而矯 稱是劉太尉（劉裕）的密命，飭令誅殺王鎮惡的。王鎮惡本前秦王猛之孫，南奔而投靠劉裕，劉裕與其一見如故，擢升為參軍，任至上將，前進讒言，後起訛傳，原因從此處補出。至如今是為沈田子所殺。傅弘之未免感到驚懼，於是奔告劉義真，劉義真急忙召來王修計劃此事。
王修擁劉義真披甲登城，暗中令親軍埋伏在城外，從容待變。俄見沈田子率數十騎到來，即在城上遙呼，問以王鎮惡的情狀。
沈田子下馬答詞，才說出“鎮惡造反”四字來，那埋伏計程車兵已經盡數衝出，立刻將沈田子拿下。王修責他擅自戮殺大將，立刻命令將其梟首。實是該死。一面令冠軍將軍毛修之代為安西司馬，與傅弘之等一同出來拒戰。一敗赫連璝於池陽，再破夏兵於寡婦渡，斬獲甚眾，夏人乃退。
劉裕還鎮彭城，未曾入朝，聽聞王鎮惡被害，於是上表朝廷，請追贈王鎮惡為左將軍青州刺史。並令彭城內史劉遵考為幷州刺史，兼領河東太守，出鎮蒲阪。
徵荊州刺史劉道憐為徐、兗二州刺史，調徐州刺史劉義隆出鎮荊州，以到彥之、張邵、王曇首、王華等為參佐。
劉義隆年少，府事皆決諸張邵。劉裕又召諭劉義隆道：“王曇首器度深沈，真宰相才，汝當遇事諮詢，自不致有誤事了。”
劉義隆應命而去。
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