不過因為使徒尚未消滅，NERV作為對使徒機構，其中的EVA本身就是最強的武器
所以他們並未動手
後面出現了第十五天使——鳥天使
由於身處太空的緣故，nerv讓明日香使用朗基努斯之槍將其擊殺
失去了朗基努斯之槍的約束，莉莉絲下半身快速生長，形成腿部
但實際上這只是個幌子
朗基努斯之槍可以貫穿【AT力場】
seele之前對於碇源堂只是懷疑
但在朗基努斯之槍失去後，意識到了他的確跳反了
準備對其動手
明日香被其影響精神變成了植物人
零號機出手了
再度自爆
滿門忠烈
seele見狀派出了最後一個使徒
第一使徒亞當的靈魂體
第十七使徒、自由天使——諸燻
seele哄騙諸燻NERV的總部地下是他的身體
實際上亞當的身體早已被seele迴歸成了胎狀，封存在樹脂中。
又因為碇源堂的間諜的緣故
從seele中盜走落在了碇源堂的手中——他將其移植在了自己的掌心
自由天使循著使徒追尋第一使徒亞當的本能前來NERV
順利通過了NERV後，他來到了NERV的最底層
但沒有發現自己的身體
只發現了沒有靈魂的第二使徒莉莉絲的身體
他意識到了seele在騙他
意識到了seele想要人類補全成神
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