但他廣考逸書，深研文獻，竟將周公測影，定都於洛陽的原因考證得明明白白！意即周公測影，以洛邑為天下之中，故建王國。這就有點敏感了。南朝立國江南，以正統自居，但天子不居於天下之中，而居於金陵，豈不是法統不正？
更要命的是他還在書中羅列了很多文獻，從紛雜浩蕩的史料中爬梳出一條關於“洛邑是天下之中”這一觀念自古以來的形成線索，其追溯之久，考述之明，簡直讓人辨無可辨。所以很快便有學者登門，希望他把這一部分刪掉。老先生當然不肯，堅持學術以求實為目的，你不同意我說的，可以反駁，哪有刪掉的道理？
然後太常也派人來施壓，事情越鬧越大，幾個衙司都捲入其中，輪番下場交涉，老先生固執已見，就是堅持不改。最後竟陵王親自出面調停，其他各方都同意退讓一步，只讓老先生刪去測影差兩度和其中三條引文便算了事，竟陵王還許諾，此事過後，便請老先生入幕西邸，為西邸學士。
豈料老先生連王爺的面子都不給，不僅一條不刪，還大罵竟陵王枉有賢王之名，而無是非之心。竟陵王訕訕而退，老先生也一直犟到了獄中，本來是系尚方獄，只要改易文字，便可贖金抵罪，但老先生鐵了心，一字不易！
有司審定之後，剝奪他奉朝請的官職（政策研究室榮譽顧問），改下廷尉獄，這就是要開始重辦了。
兒子多方奔走，打聽到訊息，今日便是議罪之期。如果定的罪名是“遘造非端，貶訕國祚”，那便是九死無生。所以才有了現在這麼一齣哭求父親改書的場面。
父聽子言，大怒：
“事實俱在，改什麼？欺人乎？欺天乎？
自欺也！
崔杼弒君，齊太史記之而見殺。其弟再書，又被殺。治史的不怕死，難道治經的就怕死嗎？！
我一生學問在《尚書》、《春秋》兩經，《尚書》我寫成《尚書音訓義疏》，此書已經流傳出去，就算他們禁燬，也不會湮沒。
《春秋》我寫成《春秋釋例引序》，亦足傳世。只是尚未來得及全部授與諸生，便被抄沒。
你現在是此書全本的唯一傳人！一定要牢牢記住其中的關節之處！我死之後，等世間允許我書刊佈的時候，你要幫我寫出來！
如果你沒等到那一天，那就讓你的兒子背誦，代代相傳，總要把這個問題講明，不讓後來學人蔽於暗室。”
子伏於地上，泣不成聲。
父看著子，有些心疼，把手伸出鐵柵，摸著兒子的頭，溫聲道：
“吾兒莫哭。人生百歲，七十者稀，我便是多活十年，又能如何？不過得個長壽的名頭罷了。何謂壽？老子說‘死而不亡者壽’。學有傳承，可謂死而不亡矣！所以你一定要記住我的書。只要你記著，我便活著！”
子抽噎著點頭，握緊父親的手，捨不得鬆開。
只聽甬道口一個聲音傳來：“杜乾光何在？帶路。”
腳步漸近。
子知道最後時刻到了，因為如果議的不是死罪，不會這麼快來提人，所以放聲大哭。
父亦驚恐，叫道：“兒啊，記住了，是三尺五寸！冬至之日，日在牽牛之初，晷長丈三尺五寸！你可千萬別記差了！”
子哭喊道：“兒記住了！是三尺五寸！是三尺五寸！”
幾個獄吏走來，開啟牢門。父抽出手，整衣站起：“走吧。”
廷尉丞一愣：“杜大人已經知道了？”
父手發抖，心砰跳，努力鎮定神色，攥緊手掌，給自己打氣：
“生亦我所欲，所欲有甚於生者，故不為苟得也！《逸周書》雲：‘作大邑成周於土中’，《尚書》言：‘王來紹上帝，自服於土中’；《周本紀》言：“周公復卜申視，卒營築，居九鼎焉。曰：‘此天下之中，四方入貢道里均。’此皆常書，抹殺不掉！你們就算把我收集的那幾條逸書文獻刪掉，難道還能把天下書都改了不成？！洛邑測影，天下之中，故周公宅焉！我死也是這句話！”
子嚎啕大哭！
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