至於兵變的原因，還是錢的問題。
許銘任職甘肅鎮巡撫，在處置軍士月薪上犯了錯誤。
他將兵士的月薪由直接給糧變為摺合糧價，發給同等於月糧數量的銀錢。
但是這麼一搗鼓，軍士的月薪就要因市場價的波動而波動，一旦處置失誤很容易引起兵變。
根據記載，甘州月糧一石，摺合銀七錢，但兵變當月米價賤，糧價才折銀三錢三，軍士的實際收入減少一大半，這誰幹啊！然後士兵就造反了。
只是事後偵知，因軍餉譁變只是藉口，真是原因還是巡撫張銘和甘肅總兵李隆之間的恩怨，張銘因為任事擋了李隆的財路，故而李隆暗中指示士卒譁變，殺死張銘。
甘州兵變本來就是造反有據的事，但是世宗年輕，優柔寡斷，對李隆的罪行遲遲不能敲定，所以大大影響了朝廷的威信，致使此後兵變多發，成了明朝的心腹大患之一。
嘉靖之前也有兵變，但規模小且不殺高官，譁變僅是士兵們向朝廷表示抗議的手段。
而嘉靖朝的甘州兵變，實開以後兵變的正規化，造反士兵將矛頭直指巡撫等地方高官，巡撫等高官在兵變中接連被殺，士兵兵變的性質也由向官員要錢的抗議改為指向中央朝廷的造反，兵變成了威脅明朝統治的難題。
即便最終，李隆被斬首示眾，但是惡劣的頭已經起了，就再難收住。
嘉靖三年的時候，大同巡撫、都御使張文錦實行殘酷的統治，引起了軍隊的反抗。
兵變的主要首領有郭鑑、柳忠、陳浩、胡雄、郭疤子等人，他們在夜間舉火為號，殺死貪官張文錦，開啟倉庫，發放糧食，砸開監獄，釋放囚犯，佔領了大同城。
又過了九年，曾當過山陰總兵的朱振又組織王福勝等士兵首領在大同發動兵變，火燒總兵府，總兵李道自殺。
朝廷派總督劉源清與總兵郜永帶兵前去鎮壓，明軍駐在聚樂，以計誘捕朱振，朱振自殺。
接著，明軍又逮捕、殺害了王福勝等三十多人，才平息了這次兵變。
自嘉靖皇帝登基以後，每兩三年發生一起兵變似乎已經成為鐵律一般，除了地方在不停變換，從遼東鎮由東到西一直到甘肅鎮，規模也有大有小，但譁變似乎已經成為家常便飯。
九邊那些年沒怎麼消停，不是和蒙古韃子幹仗，就是衛所士卒鬧餉譁變，只是在南京城這樣的帝國中心也發生士卒鬧餉譁變，這是嘉靖皇帝從來沒有想到過的。
在他看來，應該又是官員們集體漂沒、貪墨的結果，把軍餉吃了個七七八八，最後分到士卒手中的銀錢過少，特別是南直隸去年到今年又是連連遭災，士卒日子難過。
官員們的漂沒，嘉靖皇帝自然是知道的，可又能怎麼樣？
殺一批，換上來的官員還不是接著貪。
還能如何，也只能挑能幹的貪官辦事兒。
畢竟，朝廷的各項決策，都需要下面的人去執行，不能因為貪腐就把人擼了，到最後找不到一個乾淨的人去辦事兒。
嘉靖皇帝，實際上已經對手下官員們的操守絕望了。
可是從今天看來，和他想的有點出入，這事兒還真是馬坤、黃懋官的責任，對士卒過於苛刻引發的。
而作為南京戶部尚書蔡克廉也沒有履行自己的職責，雖然卻是有病之身，可是犯了這麼大的錯，可不是有病就能推脫乾淨的。
“詔，罷克廉，令坤致仕，禠攸躋、謙削職為民，珏、綬等留用，按規停俸戴罪視事，令自陳。
把總、指揮張鵬等而下二十九人降級逮治有差。”
把所有情況都考慮清楚後，嘉靖皇帝開口下達旨意，南京戶部尚書蔡克廉罷職，令現任戶部尚書馬坤致仕，南京員外郎方攸躋和主事安謙削職為民。
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