他們拘泥於眼前的苟且安穩，只知道用遷移邊境地區的方法來躲避賊寇的禍患，結果使得賊寇的勢力愈發猖獗，而百姓的生活也因此變得顛沛流離。
過去的事情處理不當，災禍一直延續到現在，給朝廷帶來了極大的憂慮。”
最後，施琅在關係到國家和民族根本利益的臺灣棄留問題上，態度異常堅決地得出結論：臺灣“如果放棄，必然會釀成大禍；如果保留，確能夠永遠鞏固邊疆。”
對於議政王大臣的爭議不斷，康熙正月每日都在思考臺灣的棄留。
正月十五，康熙親自召見鄭克爽、馮錫範、劉國軒。
康熙皇帝對鄭克爽、馮錫範和劉國軒等人進行了封賜，賜予鄭克爽公爵之位，馮錫範和劉國軒則被封為伯爵。
不僅如此，他們還被納入漢軍上三旗，並得到了房屋和土地等賞賜。
施琅兌現了自己的諾言，他向康熙上書保舉劉國軒，稱：
“經過仔細觀察臺灣的港道，發現其迂迴曲折，地勢狹窄，波濤洶湧湍急，可謂是極其險峻和堅固的地方，似乎並非容易以武力奪取勝利的地方。
然而，劉國軒毅然決然地決定將生死託付給朝廷，以免給百姓帶來生靈塗炭的災難，極力主張歸順朝廷，最終使得清軍不費一兵一卒便得到了整個臺灣，他的功勞不可小覷。”
康熙皇帝對劉國軒的表現十分讚賞，於是任命他為直隸天津總兵。
在劉國軒上任之前，康熙皇帝親自召見了他，並對他說：
“臺灣地區與朝廷隔絕六十多年，你一直心懷忠誠。由於施琅率軍征討，你率先歸順朝廷，因此特別授予你總兵官的職位，以表示對你的優待和眷顧。不過，天津這個地方與其他偏遠省份有所不同，你需要格外留意安撫百姓，使士兵和民眾相安無事，盜賊絕跡。”
隨後賜給劉國軒白金二百兩，表裡綢緞各十匹，御馬一匹。
康熙二十三年正月二十七日。
在康熙皇帝的堅持和果斷決策下，力排眾議，在臺灣設立一府三縣，並設定巡道一員進行管轄。
這一府三縣隸屬於福建省，其中府名為臺灣，其附郭縣名為臺灣縣，南部為鳳山縣，北部則是諸羅縣，均由臺廈兵備道分別統轄。
與此同時，康熙皇帝還在臺灣地區設立了總兵官一員、副將二員，並配備八千名士兵，分為水陸八營。
此外，在澎湖也設立了副將一員，統領二千名士兵，分為二營，每個營都設有游擊、守備、千總、把總等各級官員。
康熙皇帝任命參領楊文魁擔任首任福建臺灣總兵官。
在楊文魁上任前向康熙皇帝辭別時，康熙皇帝特意召見他，並當面囑咐道：
“臺灣地處遙遠的海濱，剛剛平定不久，那裡新歸附的兵丁以及當地的土人、黑人等，種類繁多。你到任之後，務必採取合適的方法進行安撫和治理。對於那些需要用威嚴來震懾的人，就用威嚴來對待他們；對於那些需要用恩德來感化的人，就用恩德來關懷他們。總之，要做到既有利於軍隊，又有利於百姓，使海外地區保持安寧。”
康熙皇帝進一步告誡楊文魁：“臺灣以海洋為財富之源，海上的商船和商販必然很多。你必須嚴格約束部下，絕不能因為貪圖私利而引發事端。”
至此，大清一統臺灣，施琅立了大功、姚啟聖被氣死。
康熙對於臺灣的政策公佈，明珠呵呵一笑：“皇上聖明！”
康熙瞅著明珠的笑意問道：“聽說，納蘭性德回來了？”
