不過，李太后也不是完美的。她雖然提倡節儉，但在對待自己家人的問題上，卻有些“護短”。她的父親李偉，原本只是個普通平民，因為女兒成了太后，就被封為武清伯，後來還升為武清侯。李偉仗著女兒的勢力，開始變得貪婪起來，經常利用職權謀取私利。
有一次，李偉負責給宮廷供應布料，他為了賺錢，竟然在布料裡摻假，用劣質布料冒充優質布料。這件事被張居正知道了，他立刻上奏萬曆皇帝，要求嚴懲李偉。李太后知道後，心裡很為難——一邊是自己的父親，一邊是國家的法度。最後，她還是選擇了維護法度，不過也只是讓李偉把貪汙的錢退回來，沒有對他進行重罰。
張居正知道李太后護短，也沒有再追究。可這件事還是給萬曆皇帝留下了不好的印象，他覺得母親在對待家人的問題上，太不講原則了。這也為後來萬曆皇帝跟李太后產生矛盾埋下了伏筆。
萬曆十年（1582年），張居正因為長期勞累，病逝了。張居正的去世，對明朝來說是個巨大的損失，對李太后來說，更是失去了一個重要的盟友。
張居正死後，萬曆皇帝已經二十歲了，開始親政。他早就對張居正的嚴格管教感到不滿，也對張居正掌握大權感到嫉妒。親政後，他做的第一件事，就是清算張居正——不僅下令抄了張居正的家，還把張居正的家人流放，甚至差點把張居正從墳墓裡挖出來鞭屍。
李太后知道後，心裡很不舒服。她知道張居正為明朝付出了很多，沒有張居正，就沒有“萬曆新政”的成效。可她也知道，萬曆皇帝已經長大了，有了自己的想法，自己再像以前那樣管教他，已經不合適了。於是，她沒有出面阻止萬曆皇帝，只是在私下裡勸萬曆皇帝，不要做得太過分。
萬曆皇帝雖然沒有完全聽李太后的話，但也收斂了一些，沒有把張居正的家人趕盡殺絕。不過，從那以後，萬曆皇帝跟李太后的關係就漸漸疏遠了。他不再像以前那樣凡事都跟李太后商量，甚至有時候還會故意跟李太后作對。
李太后看在眼裡，卻沒有多說什麼。她知道，自己輔政的使命已經完成了，現在該退居幕後，讓萬曆皇帝自己處理朝政了。於是，她開始減少參與朝政的次數，把更多的精力放在了後宮和宗教活動上。
李太后信佛，張居正死後，她就經常在宮裡唸經拜佛，還拿出自己的私房錢，在全國各地修建寺廟。比如北京的慈壽寺，就是李太后下令修建的。這座寺廟規模宏大，耗費了大量的錢財。有些大臣覺得李太后這樣做太浪費了，上奏勸她停止修建寺廟。可李太后卻不聽，說：“我修建寺廟，是為了祈求天下太平，為了萬曆皇帝祈福，哪是浪費？這是為大明積功德。”
其實李太后心裡門兒清——自己手裡的權力隨著張居正去世、萬曆親政已經越來越弱，與其在朝堂上跟已經翅膀硬了的兒子掰手腕，不如藉著信佛的由頭，給自己找個“安全區”。一來能避免跟萬曆產生直接衝突，二來修建寺廟也能留下個“仁慈太后”的名聲，畢竟在老百姓眼裡，信佛的皇室成員總不會是壞人。
不過，李太后也沒完全不管事。她知道萬曆皇帝親政後，身邊多了些阿諛奉承的小人，擔心兒子走歪路，所以時不時還會過問一下朝政。有一次，萬曆皇帝想把自己寵愛的鄭貴妃封為皇后，可當時王皇后還在世，而且鄭貴妃出身不高，大臣們都強烈反對。萬曆皇帝跟大臣們僵持不下，就想找李太后幫忙，讓她出面壓服大臣。
李太后沒有立刻答應，而是問萬曆皇帝：“你覺得鄭貴妃哪點比王皇后強？王皇后端莊賢淑，打理後宮井井有條，從沒出過差錯；鄭貴妃呢？除了會哄你開心，還做過什麼對國家、對百姓有利的事？”萬曆皇帝被問得啞口無言，只好暫時放棄了封鄭貴妃為皇后的想法。
還有一次，萬曆皇帝因為國庫充盈，就想效仿嘉靖皇帝，給自己修建一座豪華的宮殿。他知道李太后肯定會反對，就故意繞開李太后，直接讓工部開始籌備。李太后聽說後，沒有直接去找萬曆皇帝，而是讓人把工部尚書叫到宮裡，給她算了一筆賬：修建一座宮殿需要多少銀子，這些銀子能給邊境士兵發多少軍餉，能救濟多少受災的百姓。工部尚書被說得面紅耳赤，回去後就找萬曆皇帝辭職，說自己實在沒辦法承擔這個差事。萬曆皇帝沒辦法，只好放棄了修建宮殿的計劃。
李太后就是這樣，用一種“軟刀子”的方式，默默影響著萬曆皇帝，既維護了自己的尊嚴，又沒有跟兒子鬧僵。不過，隨著萬曆皇帝的權力越來越穩固，李太后能管的事情也越來越少了。尤其是萬曆十五年（1587年）以後，萬曆皇帝開始不上朝，把朝政扔給大臣們，自己躲在後宮裡跟鄭貴妃享樂。李太后多次派人去勸萬曆皇帝，讓他上朝處理政務，可萬曆皇帝要麼找藉口推脫，要麼乾脆不見。
有一次，李太后實在忍無可忍，親自去後宮找萬曆皇帝。當時萬曆皇帝正在跟鄭貴妃下棋，看到李太后進來，趕緊起身迎接。李太后沒好氣地說：“你還記得自己是皇帝嗎？天下百姓都在等著你處理朝政，你卻在這裡跟妃子下棋取樂。你對得起穆宗皇帝的囑託嗎？對得起張居正首輔的心血嗎？”
萬曆皇帝低著頭，不敢說話。鄭貴妃想替萬曆皇帝辯解，剛開口就被李太后打斷了：“這裡沒你的事，你退下。”鄭貴妃嚇得趕緊走了。李太后又接著說：“我知道你長大了，有自己的想法，可你別忘了，你是大明的皇帝，你的一舉一動都關係到國家的安危。要是你再這樣下去，大明的江山遲早會毀在你手裡。”
萬曆皇帝被李太后說得心裡很不是滋味，當場答應第二天就上朝。可等李太后走了，他轉頭就把這件事忘了，依舊不上朝。李太后知道後，也只能嘆氣——她知道，自己已經管不住這個兒子了。從那以後，她就徹底退居幕後，除了偶爾過問一下後宮的事情，幾乎不再幹預朝政。
李太后雖然退居幕後，但她的家族卻因為她的關係，一直處在風口浪尖上。她的父親李偉被封為武清侯後，雖然收斂了一些，但他的幾個兒子——也就是李太后的弟弟們，卻仗著姐姐是太后，在外面胡作非為。
李太后的大弟弟李東陽，是個典型的“紈絝子弟”，整天遊手好閒，還經常欺負百姓。有一次，李東陽在京城的街上騎馬，不小心撞到了一個老百姓。老百姓只是說了他一句“騎馬看著點人”，李東陽就惱羞成怒，讓手下的人把老百姓打得半死，還放話說“誰敢告我，我就讓誰沒好下場”。
這件事很快就傳到了朝堂上，大臣們紛紛上奏，要求嚴懲李東陽。萬曆皇帝知道後，很是頭疼——一邊是自己的舅舅，一邊是滿朝大臣，要是嚴懲李東陽，肯定會得罪李太后；要是不嚴懲，又沒法向大臣們和老百姓交代。
萬曆皇帝只好去找李太后，想讓她出面解決這件事。李太后聽了萬曆皇帝的話，沒有護著李東陽，而是說：“王子犯法，與庶民同罪。李東陽做錯了事情，就應該受到懲罰，不能因為他是我的弟弟，就特殊對待。你該怎麼處理就怎麼處理，不用顧及我的面子。”
萬曆皇帝沒想到李太后會這麼說，心裡鬆了一口氣。他立刻下旨，把李東陽抓起來，打了三十大板，還罰了他一年的俸祿，讓他給被打的老百姓賠禮道歉、賠償損失。大臣們見李太后不護短，對她更加敬重，這件事也很快就平息了。
可李太后的二弟弟李西星，比李東陽更過分。他不僅欺負百姓，還把手伸到了朝堂上，跟一些貪官汙吏勾結在一起，收受賄賂，賣官鬻爵。有一次，李西星收了一個富商的十萬兩銀子，答應給富商一個知府的職位。這件事被御史彈劾，證據確鑿，萬曆皇帝想把李西星處死。
李太后知道後，心裡很著急——李西星雖然有錯，但畢竟是自己的親弟弟，她不忍心看著弟弟被處死。可她也知道，李西星罪大惡極，要是自己出面求情，肯定會引起大臣們的不滿，甚至會影響到萬曆皇帝的威信。
於是，李太后沒有直接去找萬曆皇帝求情，而是讓人把李西星叫到宮裡，狠狠地罵了他一頓，還讓他把貪汙的銀子全部退回來。然後，她又讓人給萬曆皇帝帶了一句話：“李西星罪該萬死，但看在我的面子上，能不能饒他一命，把他貶為庶民，終身監禁？這樣既懲罰了他，也給了大臣們和老百姓一個交代。”
萬曆皇帝聽了李太后的話，覺得很有道理。他知道李太后已經做出了讓步，要是自己再堅持處死李西星，就顯得太不近人情了。於是，他下旨，把李西星貶為庶民，終身監禁在老家，還抄了他的家，把貪汙的銀子全部充入國庫。
這件事過後，李太后的家族收斂了很多，再也不敢在外面胡作非為了。大臣們也對李太后更加敬佩，覺得她不僅賢德，還很有智慧，能在家族親情和國家法度之間找到平衡點。
萬曆二十四年（1596年），李太后已經五十二歲了。隨著年齡的增長，她的身體越來越差，經常生病。萬曆皇帝雖然跟李太后的關係不如以前親密，但畢竟是自己的母親，還是經常去看望她，給她送些補品。
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