呂布多次勸說王允，應該赦免這些人，一來可以安撫人心，二來也能收編這支強大的軍隊。
但王允卻不同意，他說：“這些人跟隨董卓叛亂，罪大惡極，如果赦免了他們，以後還有誰會遵守朝廷的法令？”
有人又給王允出主意，說可以任命皇甫嵩（東漢名將，深得軍心）為將軍，率領董卓的舊部，慢慢加以安撫。
但王允又擔心，這樣會引起關東義軍的疑心，畢竟關東義軍當初起兵反董，就是為了討伐涼州軍。
在這種猶豫不決中，王允錯過了安撫涼州軍的最佳時機。
更糟糕的是，當時長安城內還流傳著“朝廷要誅殺所有涼州人”的謠言。
這個謠言像野火一樣蔓延開來，讓董卓的舊部們人人自危。
李傕、郭汜、樊稠等涼州軍將領，本來已經打算解散軍隊，回老家種田了，但聽到這個謠言後，頓時慌了神。
他們派人到長安向王允求情，希望能得到赦免，但王允卻以“一年內不能兩次赦免”為由，拒絕了他們的請求。
走投無路的李傕、郭汜等人，在謀士賈詡的建議下，決定起兵反叛。
賈詡對他們說：“現在你們棄軍而逃，一個小小的亭長就能把你們抓住。不如一起向西攻打長安，為董公報仇。如果事成，可以奉國家以匡正天下；如果不成，再逃走也不晚。”
就這樣，李傕、郭汜率領數千涼州軍，晝夜兼程向長安殺來。
一路上，他們不斷收編董卓的舊部，等到了長安城下時，兵力已經達到了十餘萬人。
王允得知後，連忙派董卓的舊部徐榮、胡軫率軍迎擊，但徐榮戰死，胡軫直接率軍投降了李傕。
長安城外，十萬涼州軍日夜攻城；長安城內，王允卻還在犯第二個致命錯誤——殺死蔡邕。
蔡邕是當時天下聞名的文學家、史學家，學識淵博，深受士人敬仰。
他之前曾被迫依附董卓，董卓對他還算不錯，任命他為左中郎將。
董卓死後，蔡邕在朝堂上聽到這個訊息，忍不住嘆了口氣。
王允知道後，立刻大怒，說蔡邕“懷念國賊，大逆不道”，下令把他抓進監獄。
大臣們紛紛為蔡邕求情，說蔡邕是曠世奇才，現在正在撰寫《漢史》，殺了他會讓天下士人寒心。
但王允卻一意孤行，說：“當年漢武帝不殺司馬遷，結果讓他寫出了《史記》，誹謗朝廷。現在國家危難，不能讓蔡邕這樣的人再亂寫史書！”
最終，蔡邕在獄中被折磨致死。
蔡邕之死，讓王允失去了士人的支援。
很多本來擁護他的大臣，都覺得王允太過刻薄寡恩，開始對他產生了不滿。
而此時的呂布，也因為王允的輕視而心生怨恨。
王允雖然依靠呂布誅殺了董卓，但骨子裡卻瞧不起呂布，認為他只是個“匹夫之勇”的劍客，沒有什麼謀略。
呂布自認為誅董有功，經常在王允面前炫耀，還希望能得到更多的賞賜和權力，但王允卻總是敷衍了事，甚至有時候還會當眾羞辱他。
久而久之，呂布對王允也越來越失望，兩人之間的矛盾越來越深。
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