金陵城外，烏衣巷尾，有寒士名柳文舟，雖才高八斗，然時運不濟，屢試不第。這年隆冬，炭賤衣單，簷角冰稜垂尺許，北風穿牖，吹得案頭殘燈明滅不定。文舟獨居破廬，呵凍執筆，為書坊抄錄《昭明文選》，一日僅得三十文，常以粥水度日。
這夜正抄得手指僵直，忽聞叩門聲甚急。開門見觀，一老僕渾身覆雪，眉須皆白，遞來泥金名帖：“我家主人偶得古卷，聞先生善辨古籍，特請過府一鑑。”文舟暗驚這般天氣，非顯貴不能遣僕。雖疑竇叢生，然思及或得潤筆之資，終隨而行。
踏雪行三里，至一宅邸，朱門獸環，峻牆高聳，門楣懸“墨韻齋”匾額。入得廳堂，暖香撲面，四壁圖書縹緗千帙。主人葛袍玄冠，約莫三十年紀，自稱姓墨名塵，言談間博古通今。二人先論《蘭亭》真偽，再辯《祭侄稿》筆墨，竟至忘倦。
忽聞更鼓三響，文舟起身告辭。墨塵自多寶閣取出一紫檀木匣：“此硯伴我多年，今贈知己，莫要推辭。”文舟啟匣觀之，見那硯色如玄玉，叩之有金聲，硯池深峻，隱隱透出松紋雲脈。奇的是，捧於掌中竟覺暖意融融，呵氣成雲之夜，硯中自有水汽氤氳。
歸家後，文舟將硯置於陋室唯一完好的柏木案上。當夜抄書，覺下筆如有神助，往日艱澀處皆暢通無阻。更怪的是，磨墨三分，竟能書寫千字而不枯。三日後雪霽，晨光透牖，文舟驚見硯臺在日光下流轉七彩，池心似有煙雲流動。
是夜月華滿室，文舟正作文，忽見硯中升起淡淡煙靄，漸聚漸濃，竟成一女子形貌。雲鬢霧鬟，目如秋水，身著墨色羅衣，裙襬似漾開墨痕，翩然躍出硯池，斂衽作禮：“妾身墨卿，乃硯中靈魄，感君日夜相伴，特來相見。”
文舟驚得跌坐在地，墨卿掩口輕笑：“君勿懼，妾非妖異。前朝萬曆年間，有制墨名家墨雲林，取黃山古松煙炱，合以玉屑珍珠，淬以心血，方成此硯。妾乃其女，隨父制硯時不幸殞身爐中，魂靈附於硯臺，至今已二百餘載。”
文舟見其談吐雅緻，漸去懼意。二人圍爐夜話，墨卿於制墨之道、書畫鑑賞竟有精妙見解，更知前朝秘辛。自此，墨卿每夜現形，或磨墨添香，或紅袖伴讀。文舟文章日益精進，更在墨卿指點下，仿前人筆意作《寒江獨釣圖》，筆法直追宋元名家。
清明日，文舟攜畫入城鬻賣，恰逢知府大人踏青。那知府本是進士出身，見畫大驚：“此畫頗有李營丘遺風！”詢知是文舟所作，當即邀至府中詳談。文舟依墨卿平日所教，論畫說藝，句句中的。知府大喜，聘為西席，教其幼子讀書。
誰知禍福相倚。半月後知府宴請江南按察使周大人，席間展示文舟畫作。周按察使把玩良久，忽道：“本官在京時，曾在首輔張大人府中見一古畫，與此作一般無二，然張大人那幅確係唐時古物，這就奇了。”當下疑心文舟欺世盜名，厲聲詰問。文舟惶懼之間，言語支吾，被收監候審。
獄中昏暗，文舟自嘆時運不濟。夜半時分，忽見硯臺微光流轉，墨卿現形，淚落如珠：“妾累君至此！那周按察使所言古畫，實是妾父臨摹之本，真跡早毀於兵火。今唯有找到妾身遺骨，啟出土中證物，方能證君清白。”
言罷泣告當年舊事——其父為避權貴追索，將制硯秘錄與往來書信藏於青檀木匣，隨其葬於西山之陽。墓旁有雙株連理梅，經冬不凋。
次日恰逢大雨，獄卒鬆懈。墨卿施術迷倒守監，攜文舟越獄而出。二人冒雨奔至西山，但見荒冢累累。墨卿感應舊時氣息，指一株老梅樹下：“便是此處。”文舟手刨泥土，十指盡裂，果得一小棺，中有白骨一具，旁置青檀木匣。開匣視之，不僅有制硯秘錄，更有一幅絹本《寒江獨釣圖》，題跋歷歷，時間確在唐末。
正當此時，驟現火把如龍，周按察使率官兵圍住山崗，冷笑道：“早算得你會來取證！”原來他已知文舟越獄，特來守株待兔。文舟正待辯解，周按察使忽見那幅古畫，臉色驟變，撲上前細觀題跋，雙手劇顫：“這…這竟是先祖遺物！”旋即伏地大哭。
眾皆愕然。周按察使泣訴：“我家祖上正是制此硯的墨雲林！當年為避禍將女兒許配權貴為妾，不料小姐寧死不從，投爐殉硯。祖上悔恨終生，臨終囑咐後世子孫務必尋回此硯…”言罷向墨卿遺骨叩首不止。
真相既白，周按察使親為文舟平反，更欲重金購回古硯。文舟卻道：“此硯有靈，非金銀可易。大人既為墨家後人，理當物歸原主。”周按察使感其誠，不僅贈銀百兩，更修書薦與京中名儒。
臨別前夜，墨卿身影漸淡：“妾心願已了，塵緣當盡。”文舟悲慟欲絕，墨卿輕撫其面：“君且珍重，來年科場，必當高中。”言畢化作青煙，沒入硯中，再無聲息。
次年春闈，文舟果中進士。殿試之日，見考題《墨道通玄論》，恍見硯臺微熱，下筆如得神助，竟被欽點探花。授翰林院編修後，漸覺官場汙濁，常獨對古硯沉思。
某日宮中設宴，首輔張大人見文舟袖中微露硯角，驚問來歷。文舟實言相告，張大人嘆道：“此乃前朝失傳的‘松煙凝碧硯’，聞能預知吉凶。當年嚴嵩曾遍尋不得，不料藏於君處。”自此，文舟得硯之事漸傳於朝野。
忽有西域番僧求見，言此硯實乃佛門至寶“摩訶硯”，能聚天地靈氣。番僧夜半施法，硯臺突發異光，墨卿重現形貌，卻雙目赤紅，狀若瘋魔。原來番僧實為當年逼死墨卿的權貴後人，欲取硯中魂魄煉長生藥。
文舟死護硯臺，被番僧邪術所傷。危急時，周按察使率大內侍衛趕到。原來他早疑番僧來歷，暗中查訪，得知其乃白蓮教餘孽。雙方鬥法三日，終破邪陣。番僧遁走前獰笑：“硯靈已染魔障，三年必成禍害！”
文舟攜硯歸鄉休養，果見墨卿日漸狂躁。每到月圓，硯中便湧出黑霧，草木觸之即枯。文舟遍訪名山，終在茅山求得解法：需以摯愛之血洗淨魔氣，然施術者必遭反噬。
霜降之夜，文舟設壇作法。割腕瀝血入硯，黑氣翻湧中見墨卿痛苦掙扎。忽聞一聲輕嘆：“君之情重，妾已盡知。然生死有命，豈可強逆？”但見墨卿掙脫黑霧，奪過匕首自刺心口，碧血濺入硯池，霎時光華沖天。
待文舟醒來，見硯臺裂紋如蛛網，中有血絲遊動。墨卿聲音微弱如絲：“妾以殘魂鎮魔氣，尚可護君三載。君當速往崑崙，求西王母座下青女相助...”
文舟即刻西行，跋涉萬里，歷經沙漠幻陣、雪山迷窟，終在瑤池得見青女。仙子取玉淨瓶露水，嘆道：“硯靈本可往生，因君執念滯留人間。今欲救之，需舍三十年陽壽。”文舟叩首應允。
歸來後，依青女所授，每夜子時以心頭血養硯。七七四十九日後，裂紋漸消，墨卿重現，卻忘盡前塵。文舟不悔，悉心教導，恍如當年燈下相伴時光。
三年後番僧再度來襲，欲奪完全復甦的寶硯。墨卿雖記憶未復，卻本能護主，與番僧同墜懸崖。文舟搶回殘硯，嘔血三升，一夜白頭。
忽有異人登門，自稱墨塵，笑曰：“當日贈硯，實試君品。今劫數已滿，當完璧歸趙。”言罷袖中飛出萬千光點，殘硯復原如初。墨卿自硯中走出，記憶盡復，二人執手相看，恍如隔世。
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