三人至滁州境內，玉真子引他們入深山道觀。這道觀外觀破敗，內裡卻機關重重，竟藏著十餘個建文舊部。有位獨目老者見到玉璽，跪地痛哭：“臣等苦候三十年矣！”原來皆是昔日忠良之後，暗中積蓄力量，以待天時。
眾義士商議後，決定分三路赴京：一路由玉真子率高手暗殺紀綱；一路往鳳陽皇陵聯絡守陵舊軍；柳生與瑤卿則攜密詔設法面聖——因當朝宣德帝實為建文親侄，素有撥亂反正之心。
柳瑤二人扮作遊學夫婦，取道山東。這日在濟南府大明湖畔，恰逢元宵燈會。瑤卿見水面蓮燈璀璨，不覺淚垂：“去歲此時，尚在父母膝前承歡……”柳生為其拭淚，指天立誓：“必當手刃奸佞，還天下公道！”
忽聞喧譁聲起，人群紛紛避讓。原來是布政使家公子攜妓遊湖，畫舫撞翻許多民船。一漁家女落水呼救，公子竟擲箭射之：“驚了本少爺雅興！”柳生怒髮衝冠，欲理論時被瑤卿拉住：“大事為重！”
誰知那公子瞥見瑤卿容貌，竟令惡僕搶人！柳生護住瑤卿，被打得頭破血流。正危急時，斜刺裡飛來塊石子，將惡公子門牙打落。但見個黑衣少年蹲在柳樹上啃燒餅，冷笑：“狗彘不如的東西，也配欺男霸女？”
少年武藝高強，片刻間擺平十餘惡僕。得知柳生是舉人，竟抱拳道：“小子唐突，原是讀書種子。”自稱姓莫名驚雷，泰安人民，上京投軍途經此地。三人投宿客棧，夜談時莫生取出塊青銅虎符：“家祖乃濟南衛指揮使，燕兵破城時戰死。此符可調動一支隱軍……”
柳生見虎符紋路與玉璽暗合，恍然大悟：太祖皇帝竟佈下這許多暗棋！三人結伴北上，行至德州地界，忽遇流民潮。一打聽，竟是黃河決堤，官府貪墨修河款，致三十萬百姓流離失所！
莫驚雷怒髮衝冠，欲殺往府衙。柳生攔住：“擒賊先擒王！紀綱不除，天下貪官豈能絕跡？”遂寫下萬言書，詳陳河患根源，託義士快馬送京。瑤卿則散盡盤纏，設粥棚賑災。
這日正在施粥，忽有衙差鎖拿“煽亂刁民”。衝突間，莫驚雷奪過殺威棒橫掃官差。忽聞鳴鑼開道，八抬大轎中走出個紅袍大員——竟是巡按御史周新，有名的鐵面青天！
周御史查明情由，當即摘了知府烏紗，開倉放糧。夜訪粥棚時，柳生遞上血書詔書。周御史顫聲道：“陛下密尋此物久矣！”原來他竟是宣德帝心腹，此行明為巡河，實為暗訪建文舊事。
周御史飛章入奏，不日有密旨到：令其護送二人速京。一行人改走水路，沿運河直抵通州。這夜月明如晝，柳生與瑤卿立於船頭，忽見岸上烽火連天。周御史色變：“紀綱反矣！”
但見戰船圍來，箭如飛蝗。周御史拔劍喝道：“本官在此，誰敢造次！”對面船頭立著個蟒袍太監，陰陰一笑：“奉廠公令，格殺勿論！”竟是東廠提督——紀綱義子曹少欽！
混戰中，周御史中箭落水。莫驚雷舞刀護住柳生二人，且戰且退。曹少欽冷笑：“放火龍出水！”但見三支火箭弩射來，船帆頓成火海。正當萬分危急時，下游突然撞出數條艨艟戰艦，旗號竟是“靖海侯”！
當先船頭立著個老將，白髮蕭然卻目光如電：“曹太監好大威風，要燒老夫的貴客？”曹少欽頓時矮了半截：“侯爺說笑…不知是您的人…”老將彎弓搭箭，一箭射落曹太監冠纓：“滾！”
這靖海侯原是永樂朝名將，手握水師重兵。早年受建文恩典，暗中一直尋訪故主血脈。見玉璽痛哭失聲：“老臣等得苦也！”遂整軍護送入京。
入得京城，方知局勢詭譎：紀綱早控九門兵馬，以清君側為名圍了皇城！宣德帝被困奉天殿，羽林軍血戰三日。玉真子率義士夜闖紀府，卻中伏被擒——原來有內奸洩密！
靖海侯欲強攻，柳生諫道：“紀賊必防著侯爺。小子有一計…”當夜，瑤卿喬裝成歌女混入紀府宴席。紀綱正宴請群奸，酒酣耳熱時，瑤卿忽抽娥眉刺疾刺！紀綱老奸巨猾，偏身躲過，瑤卿失手被擒。
柳生在外見得訊號，急令莫驚雷率死士炸開西水門。靖海侯水師突入城內，與錦衣衛巷戰。柳生自領一隊直撲詔獄，救出玉真子等義士。混戰中找到瑤卿時，她正被縛在高臺，紀綱持刀欲斬！
柳生彎弓射落鋼刀，紀綱冷笑：“書生也敢動兵戈？”話音未落，柳生突從袖中甩出硃紅葫蘆——原是玉真子早先給的迷煙彈！白霧瀰漫間，柳生救下瑤卿，紀綱卻被莫驚雷一刀斷臂！
老賊困獸猶鬥，竟開啟密道逃往皇城。眾人追至金水橋，卻見紀綱劫持了小太子！宣德帝怒喝：“卿本國之柱石，何至如此？”紀綱獰笑：“朱家欠我的！”原來他本是建文心腹，當年開城降燕，實因建文疑他功高……
正對峙時，瑤卿忽撫琴高歌。琴聲激越處，紀綱恍見建文帝魂靈立於雲端，手一軟被玉真子拂塵擊倒。禁軍一擁而上，奸黨盡數成擒。
三日後大朝會，宣德帝示血書詔書於百官，泣道：“靖難之變，骨肉相殘，朕心實痛！”下詔為建文舊臣平反，誅紀綱九族。封柳彥為翰林學士，瑤卿為郡主，餘者各有封賞。
柳生卻辭官不受，攜瑤卿歸隱鐘山。宣德帝親書“忠義雙全”匾額賜之。後人常見一對璧人泛舟秦淮，男子吹簫，女子撫琴，琴簫和鳴處，煙水俱澄澈。
有詩讚曰：
金陵王氣未全收，化作清輝照玉樓。
一局殘棋消劫火，五湖煙水洗吳鉤。
血書已證山河誓，鸞鏡終諧鳳侶儔。
莫道書生無膽氣，丹心猶可闢千秋。
