昔有旃檀林，地處西竺國境，山巒環抱，雲霞常覆。中有古剎名淨慈，飛簷疊九重，金鐸鳴八風。住持慧明法師年逾百二十，眉垂若雪，目澈如泉，嘗趺坐蓮臺三日不食，周身放五色光，檀越皆謂已證阿羅漢果。
是歲仲春，寺中忽現異事。每至夜半，藏經閣樑柱間輒有窸窣聲，如鼠齧帛，如蠶食桑。執事僧秉燭視之，惟見經卷凌亂，梵夾散落，卻無半點蹤跡。如是旬日，眾僧惶惶。有小沙彌窺見一團紫氣盤旋樑上，驚啼而走，病熱三日方蘇。
慧明聞之，攜弟子十八人於閣中結金剛界曼荼羅。更漏三響時，果見東北角經櫥迸射毫光，櫥中《大般若經》六百卷無風自動，頁頁翻飛如白蝶競舞。忽有物自經頁躍出，大如雀卵，通體澄明，內蘊七彩，懸於半空鳴響若玉磬。慧明合掌微笑：“摩尼寶珠現世矣！”
此珠非凡物，乃迦葉佛時龍王所獻，能照三界業障，辨眾生根器。後因天魔擾亂，隱入法海不得見。今逢聖朝，乃重現人間。然珠方現形，驟有黑風穿牖而入，燈燭盡滅，唯聞空中金鐵交擊之聲。待明燭復燃，寶珠已杳然無蹤。
慧明嘆曰：“魔障已至，此去當有三十六劫。”遂命首座弟子道誠攜七寶缽盂，持八環錫杖，西行尋珠。道誠年方三十，眉間有硃砂痣，三歲能誦《法華》，七歲可解《楞嚴》，然未曾遠遊，今奉師命，乃負芒履，頂竹笠，飄然出山門。
行至孔雀河邊，見一老嫗匍匐泣血。詢之，答曰：“老身姓蘇，家本織錦為業。三日前有黑雲墮院中，捲走小女玉娘，惟遺此物。”示以半截紫竹簪。道誠以天眼觀之，見簪上縈繞妖氣，似與失珠相關，遂發願相助。
循妖氣西行三百里，至火焰山。山石皆赤，熱浪灼膚。忽遇群鴉蔽天，鴉羽落處即成火苗。道誠誦《滅火經》，以錫杖劃地成塹，湧甘泉三尺。鴉群驚散，巖洞中躍出紅髮羅剎，赤目獠牙，吼聲如雷：“和尚敢破我法陣！”道誠不答，擲缽盂於空，現千葉寶蓮，羅剎目眩倒地，化為一縷青煙，煙中飄落繡帕一方，上書“玉娘”二字。
續行至雪嶺，冰崖嶙峋如劍戟。有白蟒盤踞隘口，粗若甕缸，口吐人言：“留下心肝，許爾過路。”道誠結降魔印，蟒首忽垂淚曰：“吾本山神，受咒所困，求師超度。”乃道出因果：原是此山有銀礦，貪夫競採，山神怒而雪崩埋之，遂墮蟒身。道誠為說《地藏本願經》，蟒蛇蛻皮化老翁，指西方雲：“黑風妖王踞翡翠城，專攝童女煉邪術。”
涉流沙時，見商隊遺骸累累，中有垂死者告曰：“半月前有妖風捲寶珠過，珠光所照，枯骨生肉，然瞬息即滅。”道誠以楊枝灑露，救活商賈數人。夜宿沙窟，夢金甲神人示警：“妖王乃阿修羅道逃囚，善幻化，好食人腦，法師慎勿直視其目。”
越七日後，遙見翡翠城郭。城牆皆碧琉璃砌就，城中高塔聳入雲端。守門者俱是鳩盤荼鬼，持鐵戟攔路。道誠振動錫杖，誦《楞嚴咒》，諸鬼掩耳遁走。入得城內，竟見街市繁華，行人如織，然細觀之，眾人瞳仁皆泛綠光，行步僵直如提線傀儡。
忽聞鼓樂喧天，八鬼抬彩轎至，簾內嬌聲曰：“法師遠來，妾備素齋，肯顧否？”道誠見轎中女子容貌酷似繡帕所繪玉娘，然額有魔紋，心知有異，佯裝應允。隨至宮闕，見殿上端坐王者，黑袍繡金螭，掌中正盤玩摩尼寶珠，珠光已被黑氣蝕半。
妖王笑曰：“朕欲立天妃，特請法師主婚。”擊掌三聲，侍女扶出新娘，蓋頭掀處，竟是白日轎中女子。道誠驀然識破此乃“幻魔吞珠大法”——若成就冥婚，寶珠將永墮魔道。急取缽盂潑出無明真水，妖王袖袍鼓風，真水倒濺，道誠僧衣盡溼。
正危急時，殿外忽傳來鸞鈴清響。一白衣女子駕九色鹿衝入，丟擲水精瓶，瓶中飛出一線銀絲，纏住妖王右腕。妖王痛吼，寶珠脫手，道誠疾以般若掌擷取。二人合力鬥法，殿柱崩摧，群鬼啾啾。女子面紗脫落，道誠驚見其眉目與玉娘一般無二。
妖王現出三頭六臂本相，口噴毒焰。女子嘆曰：“孽障猶不悟耶？”解開發髻，取出一物——竟是半截紫竹簪！簪簪相合，迸射紫金光華，照徹妖王五臟六腑。原此女方是真玉娘，被妖王攝魂時，幸得雪山神女救度，授破魔法要。妖王所挾者實為其妹幻化。
妖王潰逃前獰笑：“雖得珠，已中吾血咒，百日必瘋癲！”道誠視臂，果有黑線蜿蜒至肘。玉娘泣曰：“為救法師，須往冥界求地藏菩薩摩尼珠。”言罷割腕瀝血畫符，開九幽之道。陰風颯颯間，道誠魂靈已離竅，墜入阿鼻地獄。
但見刀山劍樹，鐵汁銅漿。罪魂啼嚎中，忽有青衣童子執蓮燈引路：“菩薩知汝來意，特賜方便。”至第七重金剛獄，見地藏王坐赤蓮臺，旁踞諦聽神獸。菩薩溫言：“魔珠蝕心，非鳳麟洲甘露不能滌。”遂贈玉淨瓶、引路幡，又曰：“途中當遇故人，可同行。”
還陽途中，遇一青面鬼王攔路，自稱前生是淨慈寺廚下燒火僧，因偷食供果墮此。泣求道誠超度。道誠為其念《往生咒》千遍，鬼王血肉漸豐，化作胖大和尚，呵呵笑曰：“師弟別來無恙？”竟是慧明法師早年圓寂的師兄道濟！
三人同行往東海鳳麟洲。渡弱水時，有巨黿作祟，道濟吐酒霧迷其目。過炎山時，玉娘以髮簪化雨滅火。至蓬萊境，守門仙童索要買路錢，道濟假意獻寶，反剪其手足。忽聞環佩叮噹，西王母乘紫雲車駕至，佯怒曰：“狂僧敢欺吾童兒？”道誠急奉上慧明手書，王母展閱，轉嗔為喜：“原是故人弟子。”遂贈甘露三滴。
歸途經桃花渡，遇艄公擺渡。舟至中流，艄公忽摘斗笠，赫然是妖王所化！急浪掀舟時，道濟丟擲破蒲扇化舢板，玉娘拔簪刺妖王左目。妖王負痛遁走，遺落鎖骨鞭一根。道誠拾鞭，驚見鞭柄刻“淨慈”篆文——竟是寺中舊物。
返寺時恰第九十九日，道誠臂上黑線已至心口。慧明法師集百僧誦《金剛經》，以甘露滴額。黑氣自七竅湧出，凝成妖王形貌撲向寶珠。玉娘急將竹簪擲出，簪化青龍銜珠飛天。妖王追噬間，晴空忽降金剛杵，擊碎魔身——原是韋陀天尊顯聖。
寶珠落回蓮座，光華倍勝從前。照見玉娘前世乃天女散花時誤傷靈芝，墮入凡塵；道誠是護法韋陀座前童子，因動凡心轉世；妖王竟是珠中一縷妄念所化。三世因果，頓時分明。
慧明法師於月夜升座，說《摩尼寶珠因緣經》。寶珠自躍入空，遍照大千世界，疫癘消除，干戈止息。玉娘皈依受戒，號妙玉比丘尼；道誠繼主持位，重興叢林；道濟遊戲人間，濟困扶危。後有人見珠光常現於雲霞之中，凡有至誠祈請者，無不感應。
偈雲：一顆摩尼照性天，千劫輪轉亦前緣。莫道魔障深似海，心燈明處即西天。
