但陷入沉睡時的萊希拉姆卻沒想到，自己的決定讓它成為了唯二倖存下來的寶可夢。
除了有一次被超魔神戲耍吵醒之外，萊希拉姆不知道沉睡了多少歲月。
待萊希拉姆再度甦醒時，是一個年輕的人類少女喚醒了它。
在萊希拉姆疑惑的表情下，人類少女道出了她的來歷。
萊希拉姆以為少女是某種它所不認識的直立行走寶可夢，就像是烈焰猴那樣。
少女卻自稱為人類，來自被風暴之壁隔絕的另一端，人類的大陸。
為了讓一直沉睡沒跟外界交流的萊希拉姆理解如今的狀況，少女將一切從頭講起。
原來，做出了不讓強大的寶可夢和孱弱的人類互相打擾決定的創世神在兩塊大陸的邊緣設下了風暴之壁，人類和寶可夢也一直理所當然的認為那裡就是世界的邊緣，只有極少數的寶可夢知道真相。
時間之龍帝牙盧卡、空間之龍帕路奇亞便是知曉真相的兩個個體，畢竟那風暴之壁中也融入了它們的力量。
在超魔神胡帕大鬧一番後，創世神阿爾宙斯以它的全能之力的具象化，被稱作生命之源的石板的力量製作出懲戒之壺，將超魔神胡帕的大部分力量封印，讓它變成了懲戒形態並關入創世之谷。
等什麼時候胡帕想明白自己哪裡錯了，它就能離開創世之谷。
做完這一切後，被吵醒的阿爾宙斯便繼續陷入深深的沉睡，對它而言，創世後的大部分時間它都在沉睡，這次不過是胡帕的動靜鬧大了把它驚醒了罷了。
但胡帕被封印這件事卻成為了一切爆發的導火索。
被寶可夢、人類的各種負面情緒吸引而來的黑暗物質闖入了這個世界，它是負能量的化身，世界的癌。
將一切都拖入黑暗後，黑暗物質就會以那個地方為根據地，開始侵入其他的世界。
不知是不是命運的惡作劇，黑暗物質剛好遇見了被封印在懲戒之壺內的胡帕惡念，與因為被阿爾宙斯封印起來而憎恨一切的胡帕惡念達成約定。
它幫胡帕惡念脫困並佔據本體胡帕的身體，而胡帕惡念則要協助它進入人類的大陸。
那不知從何而來來的黑暗物質很清楚，人類產生的負面情緒數量是恐怖的，只要跨越風暴之壁，它就能以此作為基礎壯大起來。
後面的事情便很簡單了，胡帕惡念和黑暗物質互相利用，胡帕惡念脫困佔據了在創世之谷被困住的胡帕本體的身體，取代了它，而黑暗物質則是如願以償來到了人類大陸，以負面情緒壯大了自己。
可胡帕惡念卻沒想到黑暗物質早已在它身上做了手腳，它變成了黑暗物質手下的第一號傀儡，以金色圓環的時空間之力不斷傳送寶可夢，讓黑暗物質壯大了它的黑暗軍隊，把人類世界攪了個天翻地覆。
等鎮守風暴之壁，身處各自空間的帕路奇亞和帝牙盧卡意識到時，黑暗物質已經將人類大陸化作一片廢土，並來到寶可夢大陸佔據了世界初始之樹。
同時，因為傳說精靈之間基本不會交流的原因，已經有不少傳說精靈不慎被胡帕惡念傳送，然後被強行拉入了黑暗，成為一具沒有自我意識，只為黑暗物質征戰的空殼。
也不知道黑暗物質用了什麼手段，沉睡中的阿爾宙斯完全沒察覺到問題，帝牙盧卡和帕路奇亞又無法進入阿爾宙斯的空間喚醒它。
無奈之下，時空雙龍只能集結起僅存的兵力進行反抗，同時指引風暴之壁另一端人類大陸還殘留的部分人類透過風暴之壁，來到寶可夢的大陸。
只因為它們曾經聽阿爾宙斯提到過在其他的世界裡，人類作為訓練家與寶可夢配合，能發揮出難以想象的力量。
但阿爾宙斯並不這麼認為，它覺得人類和寶可夢之間隔離開來是最好的處理方式。
抵抗黑暗物質的聯軍節節敗退的現在，它們也只能賭一把，引渡殘餘的部分人類來到寶可夢的大陸，讓他們與寶可夢結成夥伴，加入了抵抗之戰。
果不其然，殘餘的人類中湧現了許多出色的存在，他們被稱作勇者，虹之勇者、理想勇者、波導勇者等......
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