自此開始，他則不可避免地開始面臨黨爭與政治派別的影響。
只是，生性正直的李清臣，雖然贊同並傾向於變法，但他卻沒有像其他的變法派成員那樣，大張旗鼓地一昧盲從王安石，以至於還一度被激進的變法者指責為保守派。
但是，在神宗皇帝去世後，保守派在高太后的支援下開始大肆廢除新法，打擊新黨之際。李清臣卻堅定地站了出來，在蔡確、章惇先後都被逐出朝堂，保守派一手遮天的情形下，李清臣以他大無畏的精神與堅定的勇氣，成為最後一個階段對於新法的維護者與堅守者。
元佑二年四月，李清臣終於被罷尚書左丞，以資政殿學士知河陽、再知河南永興軍。
直到元佑八年，隨著高太后的身體欠佳，趙煦親政的機率增大。朝中開始有人運作讓一些具有新黨傾向的官員提前回京佈局。
首當其衝的就是李清臣。
當年六月，在兩次召回失敗之後，新黨終於在第三次，成功地將在知真定府的李清臣召回京城，任戶部尚書。
在這個時候，具體的官職已經不重要了，重要的在於表達出了一個鮮明的政治訊號。
正如時間進行到了十二月，上月底從杭州召回京城的章惇只是非常低調地被任命了一個不領實職的群牧制置使，甚至都沒有成為執政堂中的執政之一，但大家誰都清楚現在朝堂中作主的是誰。
宋王朝這具龐大的馬車已經決定了轉向，只是在完全實現方向的轉變前，還需要很多的準備工作要做。
至少，像各個在元佑期間被放逐到地方的新黨干將，要把他們全部陸續地調回京城，則必須要走一系列的正規手續。然後如果要相應安置到各個重要的位置上的話，原來位置上的那些舊黨官員還得找出問題一一逐放。所有的這一切，都需要足夠的時間，都需要如今新黨的實際掌舵人章惇在背後細細地籌劃。
如此一來，此時的李清臣，便站在了面向激烈動盪的朝局最前沿。
已經經歷過人生大起大落的李清臣當仁不讓，首創提出了“紹述”之議，建議皇帝旗幟鮮明地繼承先帝神宗的成法之績，這便非常符合趙煦內心的政治意圖，也算是開始在朝堂明確地吹響了重啟變法思想的號角。
而大多數的官員都是盲從的，新黨當政時他們跟著歌頌新法，舊黨上臺時則預設廢法，而到了政治空氣再一次扭轉過來的時候，明哲保身的最大多數人，則開始各顯神通地尋找新的出路或靠山。
雖然章惇個人做事不拘小節，但其回京時對郊迎百官的肆意忽視以及在朝時的陰冷神情，令大多數有心攀附之人望而生畏。
而修身自律的李清臣，卻因為平易近人的性格，成為太多人有心巴結的物件。
即便是李尚書不好美女錢財，但總有可以鑽營的地方吧！
此時，在李府後堂正廳，李清臣的第四子李禠正跪在堂下，口中猶在辯解：
“大人息怒，這也不能全怪孩兒啊。當時只是想，這也不過就是百多斤的木炭而已，對方說得又很誠懇……”
“誠懇？”饒是冷靜的李清臣也不禁被這話氣得更怒了，“你才認識幾個人？這京城之中，也就是你等這種不成器的衙內，才會把各種狗苟蠅營之徒看成是誠懇之人。”
“大人責備的正是。孩兒知錯了，只是入冬以來，孃親屢受木炭煙塵而咳嗽不斷，當時聽來人說這銀霜炭不起煙霧、不起異味，一時好奇便想拿來試試。哪會知道這種事物的價格，居然會那般離奇地昂貴啊！”李禠半是服軟、半是解釋地說道。
這李清臣共有四子一女，其中前三子一女都是原配韓氏所育，韓夫人是北宋名相韓琦的侄女，只可惜去世較早。
之後李清臣娶了前“同制科館職”的孫洙的季女為繼室，孫夫人嫁來時小他二十歲，為他只生了這第四子李禠，另有一女早夭。所以，李清臣甚疼愛這孫氏，而孫氏也是較為溺愛自己親生的這個小兒子。
李清臣當然是知道孫氏年長之後的咳嗽問題，聽得李禠的孝心表露，火氣也是消了大半。
“銀霜炭。”李清臣注意轉到了這個木炭身上，冷冷地哼了一聲，“這等不食人間煙火之權貴享用的奢糜之物，又豈是我們這等人家可以使用的？”
早在李禠埋頭挨訓之始，他的伺候小廝就悄悄地退出，飛也似地去找孫夫人求援。
不多時，孫夫人便及時趕到。
“奴家見過老爺！”孫氏進來後，便跪在了兒子的前面，“禠哥此番的不是，奴家已經聽過了。老爺可責罵、可處罰，但是還請看在他的本心只是為了孝敬父母這點上，不要太過於生氣了。再有什麼惱怒，便都先罰一下奴家這個管教不嚴的母親吧！”
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