長州藩兵在撤出御所之後，退到了京都的大佛妙法院。
一來是因為這座寺廟沒有住人，地方開闊能夠容納下很多士兵。
二來是因為這裡是土佐藩的地盤。
三條實美現在和土佐的山內榮堂是姻親，武市半平太派岡田以藏他們來是私下裡進行的。
在明面上土佐這次並沒有參與政變，所以朝廷暫時沒有對土佐用兵的理由，他們躲在這裡還算安全。
但這並非長久之計，天皇就算是脾氣再好，也不可能能容忍一批人想把自己綁走的活著，所以三條實美他們只好和長洲藩一起離開了京都。
果然，醒來之後的孝明天皇下達了敕命。
他首先表示，昨晚上會津和薩摩在按照自己的意願行事。
這一句話就對昨天的事情做了定性，給會津和薩摩偷偷派人潛入皇居的行為做了背書，沒有人再能因為這個攻擊他們。
緊接著他下令逮捕了長州藩的豐臣大藏、萬里小路氏等公卿，並對三條實美等人釋出了通緝令。
但他沒有對這次的罪魁禍首真木和泉和久坂玄瑞下通緝令，不是不想而是，他實在丟不起這個人。
天皇作為萬世一系的象徵，其安全與尊嚴是朝廷乃至整個國家的重中之重。
深更半夜，被幾個浪人給綁了，最後還差點被帶出了御所，要是傳出去，這無疑是對皇室權威的嚴重侮辱，將對朝廷權威造成難以挽回的打擊，更是會讓會津和薩摩成為其他藩國攻擊物件。
所以綜合考慮，會津和薩摩選擇以大局為重，十分默契的保持了沉默。
至於抓捕真木和泉和久坂玄瑞只能暗地裡進行了。
因為這個，浪士隊這次立下的大功也無法公開說明。
為了掩人耳目，朝廷這邊只說浪士隊駐守禦花園有功。
這一說法既符合事實，又能巧妙地掩蓋綁架事件的存在，從而避免不必要的麻煩和輿論壓力。
不過天皇也不是提上褲子不認賬的人，浪士隊並非一無所獲，他們得到了讓所有隊員都滿意的禮物。
朝廷的正式認可和賜名。
浪士隊從今天起更名為“新選組”。
“新”為嶄新之意，“選”為選擇之意，新選即為新挑選的隊伍，說明成員是經過嚴格挑選的精英。
透過正式賜名，朝廷肯定了浪士隊在此次事件中的貢獻，更是將其納入了正式的官方體系。
這麼一來，他們從此不再是依靠會津藩供給或自行籌措軍餉的臨時武裝人員，搖身一變成了吃公家飯的正式工。
除了名字之外，浪士隊也就是新選組的人事架構也有了一些變化。
性格優柔寡斷的松平容保總算果斷了一次，他直接把這次政變中沒有露頭的芹澤鴨以及另外三十多個人給直接開除了。
而新選組第一任局長的職位，自然而然就落到了夏川頭上。
