劉邦被封為漢王后，賜樊噲為列侯，號臨武侯，並升為郎中，隨漢王劉邦進入漢中。
劉邦在漢中站穩腳跟後，用名將韓信指揮還定三秦之戰，從而拉開了楚漢戰爭的序幕（所謂“三秦”，是項羽為了困鎖可能與其爭奪天下的劉邦，將巴、蜀、漢中分封給劉邦後，又將關中地區分割為三個部分，分別封秦王朝降將章邯為雍王、司馬欣為塞王、董翳為翟王，是為三秦。項羽如此分封，目的是希望用三秦王控制關中，防止劉邦東進）。
楚漢之爭開始後，樊噲帶兵在白水北面攻打西縣縣丞的軍隊，在雍縣南面打敗雍王的輕快車騎部隊；跟隨漢王攻打雍、斄二城時，樊噲首先登城；在好畤攻打章平的軍隊時，樊噲同樣率先登城衝進敵陣，斬殺縣令、縣丞各一人，斬獲十一人的首級，俘虜二十人，被提升為郎中騎將；跟隨漢王在壤鄉東擊退秦軍車騎部隊，被提升為將軍；之後，在攻打趙賁，佔領郿縣、槐裡、柳中、咸陽，引水灌廢丘等戰役中，樊噲都是功勞最大的。到櫟陽後，漢王賜杜陵的樊鄉為樊噲的食邑。再之後，跟隨漢王攻打項羽，血洗煮棗；在外黃打敗王武、程處的軍隊，攻佔鄒縣、魯縣、瑕丘、薛縣等縣。一路打來，可以說樊噲都是戰功赫赫，特別是跟隨高祖襲擊項羽，佔領陽夏時，俘虜楚將周將軍、士卒四千人；在陳縣包圍項羽，把幾乎是戰無不勝的項羽打得大敗，並血洗胡陵。
這是樊噲在楚漢之爭中的功績。
項羽死後，劉邦坐上皇帝寶座，異姓王開始陸陸續續反叛，樊噲跟隨高祖攻臧荼，擒韓信，平韓王信，打陳豨，擊盧綰，同樣是戰功累累。司馬遷在《史記·樊酈滕灌列傳》中專門列舉了樊噲的赫赫戰功。據《史記》記載，樊噲跟隨高祖征戰時，共斬敵首一百七十六個，俘虜敵兵一百八十八人。他自己單獨帶兵打垮七支敵軍，攻下五座城池，平定六個郡、五十二個縣，俘虜敵人丞相一人，將軍十二人，二千石以下到三百石的官員十一人。
可以說樊噲是漢王朝從建立到穩定的重大功臣。
從樊噲的累累戰功中可以看出，他不愧是一個見血不眨眼的劊子手。
高祖對功臣論功行賞時，改賜樊噲為列侯爵位，賜舞陽為其食邑之地，號舞陽侯。和諸侯一樣剖符為信，要使其爵位世代相傳。
由於樊噲一直跟隨在高祖左右，並且戰功累累，加上娶了呂嬃為妻，和高祖的關係就更是密切。
可就是這種密切關係，也險些被高祖誅殺。
西元前195年，高祖劉邦率兵打敗叛軍英布後回到長安。剛回到長安，原來的創傷便發作病倒了。在這個時候，高祖聽說燕王盧綰又叛變了。作為和高祖同年同月同日生的至密好友，盧綰的叛變，對高祖的打擊非常大，雖然派樊噲以相國的身份率軍去討伐，但心裡仍然感到非常氣憤。可當樊噲領兵離開京城後，便有對樊噲不滿的人在高祖面前奏本說“樊噲跟高後串通一氣，想在皇上百年後圖謀不軌，皇上可得早加提防啊！”
高祖對高後干預朝政早就不滿，只是想到自己在世時，高後也不能對朝政怎麼樣，現在聽說高後竟然和她的妹夫串通一氣，要在自己死後圖謀不軌，感到情況嚴重，擔心樊噲利用手上掌握的兵權作亂，便決定臨陣換將。但高祖拿不定主意究竟如何處理更好，便把陳平找來商議後。陳平給高祖出謀，建議高祖派一個人去樊噲軍中傳令，同時安排一個將軍暗隨傳令者，趁樊噲前來接旨的機會，將其處斬。
聽了陳平的建議，高祖便順勢派陳平作傳令使者，讓陳平以個人名義前往樊噲軍中傳詔，讓周勃暗隨陳平，誅殺樊噲後，由周勃代替樊噲平息英布的叛亂。
劉邦清楚高後在朝廷上下的影響，擔心高後得知訊息後作梗，為防止意外出現，高祖要求陳平儘快把樊噲的人頭取來讓他驗看。
陳平完全沒想到自己給高祖出主意，自己卻被高祖套了進去。他自然清楚高祖、高後、樊噲、呂嬃之間的微妙關係，雖然他並不知道有人在高祖面前奏本的事，卻知道高祖對高後的不滿，清楚處理此事的棘手。但為了在高祖面前表現出忠誠，陳平馬上便和周勃動身前往樊噲軍營。途中，陳平將自己心中的顧慮告訴周勃，周勃雖然不大瞧得起陳平，但對陳平的過人之處還是認同的。兩人邊走邊合計，陳平說：“樊噲不僅是陛下的老部下，又是漢王朝建立的累累功臣，還是太后的妹夫，是皇親國戚，位高爵顯。眼下，陛下在氣頭上要我們去殺他，萬一陛下後悔，我們怎麼辦？高後姐妹二人必然會在陛下面前搬是弄非，到那時高祖只能拿我們兩人來平復高後姐妹的情緒，畢竟疏不間親，到時候我們兩人必然是吃不了兜著走。”
在處理棘手問題上，周勃肯定不如陳平，聽了陳平的話後問道：“難道我們把樊噲放了？”陳平說：“放肯定是不能放，我們不如把他綁上囚車送到長安，要殺要赦，讓皇上自己決定。”聽了陳平的話後，周勃自然覺得是好主意，便認同了陳平的主意。
以陳平的頭腦，肯定不會做沒有退路的事。
到樊噲的軍營後，陳平馬上命隨行人員在樊噲的軍營前修築起一座高臺，作為傳旨的地方，另外派人持節去傳樊噲。
樊噲已經知曉皇上派使者來傳旨的訊息，當然，他並不知道皇上有什麼旨意給自己。聽說只有陳平一個文臣，便認為只是傳達平常的敕令，沒有多想，便一個人騎馬趕來接詔。不料，剛到傳旨臺，周勃忽然從背後轉出來，並當即將樊噲拿下，釘入囚車。之後周勃馬上趕到中軍大帳，傳達皇上旨令，接替樊噲的主將之職，繼續攻打英布，陳平則押解囚車返回長安，向高祖覆命。
