合眾地區，飛雲市。
小智和小剛落地飛雲機場不久後，
就遇見了合眾地區傳說中的道之三龍，代表著陰陽中的陰，
理想之龍——捷克羅姆。
當然，小智和小剛只是在烏雲之中見到了一個模糊的黑影，
也不知道那就是捷克羅姆。
為了保護小智和小剛，
皮卡丘吸收了捷克羅姆的交錯閃電，這短暫地導致了皮卡丘的電力過載。
小智和趕來的母親花子，以及大木博士分享著他們看到的身影。
“但是在航站樓裡只能看到一團烏雲。”
小智依舊對此耿耿於懷，
“到底是什麼呢？”
就在這時，一道年輕的聲音打斷了小智的思緒。
“大木博士，我來遲了，對不起。”
眼前的是將棕色長髮盤起，身穿白色T恤，外披藍色研究員制服的女博士。
大木博士爽朗一笑，
“沒關係，紅豆杉博士。”
大木博士給小智和花子介紹了一下紅豆杉博士，
“這位是研究寶可夢起源的紅豆杉博士，在學術研究中具有很高的成就哦。”
大木博士正是收到紅豆杉博士的邀請過來的。
看著知性的紅豆杉博士，
小剛瞬間大姐姐之魂附體...
但是還沒等小剛牽起紅豆杉博士的手，不良蛙的毒刺已然貫體。
“麻...麻痺了...”
插曲很快便過去，眾人乘坐上了紅豆杉博士的車，前往研究所。
在一路上，小智看到了一些在旅行沒有看過的寶可夢。
在前往研究所的時候，皮卡丘的電氣袋總是不受控制地冒出電流。
紅豆杉博士道：“到研究所的時候，再檢查一下吧。”
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