城市邊緣的避難所。
巨大的十字形爆炸光柱在城市中心沖天而起。碇真嗣抱著膝蓋，蜷縮在冰冷的牆角，巨大的轟鳴聲彷彿敲打在他的心臟上。
“我…我已經，決定不再駕駛了…”他死死咬著下唇，試圖用疼痛驅散腦海中翻騰的畫面——徐楠博溫柔的笑容，綾波麗平靜的臉，明日香驕傲的眼神…“徐君…綾波麗，明日香，抱歉…”他痛苦地低語，將臉深深埋進臂彎。
“轟隆——！”
一聲震耳欲聾的巨響在避難所入口處炸開！碎石和煙塵簌簌落下！
真嗣驚恐地抬起頭——
一個巨大頭顱，如同被斬落的首級，重重地砸落在他面前幾步遠的地面上，眼睛正對著他因恐懼而放大的瞳孔。
紫色的血液流出，形成一片血池。
是二號機的頭顱。
“明日香…”真嗣失聲低呼，巨大的衝擊讓他渾身冰涼。
…
LCL液體從破損的頸部中汩汩湧出，迅速在地面蔓延開一片橙色。
“可惡…對不起，討厭鬼…”一個微弱、帶著巨大痛苦和不甘的聲音，崩潰一般的嘆息響起。
是插入栓裡的明日香。
…
力天使巨大的白色身軀如同移動的山嶽，無視了癱瘓的二號機，徑直朝著NERV總部那被撕裂的缺口移動。
“初號機呢？！”美里在指揮大廳裡問道。
“傀儡系統準備完畢…等等！脈衝消失！傀儡被拒絕！”瑪雅的聲音驚恐。
“它連傀儡都不願意接受嗎？”冬月副司令看著螢幕上那冰冷的拒絕訊號說。
“冬月，這裡暫時交給你了。”碇源堂忽然站起身，臉上沒有任何表情，只有鏡片反射著螢幕的冷光。他轉身，步伐沉穩地離開了指揮台，彷彿身後那迫在眉睫的毀滅與他無關。
…
“受傷的人！快點去第六區！”
“快走！”
“快！”
混亂的呼喊聲在硝煙瀰漫的街道上回蕩。碇真嗣如同丟了魂的木偶，呆呆地站在一片狼藉的街心，看著軍隊徒勞地向那白色的巨影傾瀉著炮火。
“喂！你在幹什麼？想死嗎？！”一個滿臉菸灰的大叔衝著他大吼，見他毫無反應，啐了一口，慌忙跑開。
“明日香…”真嗣喃喃自語，腦海中全是那顆砸落在地的、染血的二號機頭顱。
“這不是真嗣嗎？”一個平靜得突兀的聲音在旁邊響起。
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