“三物溯源法”揪出黑暗文明的蛛絲馬跡後，聯盟的危機並未平息。激進勢力依舊在星際網路散佈謠言，聲稱“晶片是聯盟自導自演的騙局”，甚至偽造出“莉婭與黑暗文明勾結”的假證據；同心星的核心能源爐汙染持續加重，金色屏障出現大面積暗斑，部分星球已完全失去能源供應，陷入一片黑暗；更致命的是，星際和平衛隊的一名副隊長被策反，帶著三支精銳小隊叛逃，搶走了聯盟最新研發的“反噬靈武器”圖紙。
莉婭深知，不找出潛伏在聯盟內部的黑暗殘餘首領，危機便永無寧日。她與陳宇、埃蘭商議後，制定了“引蛇出洞”計劃：對外宣稱“同心苗”已徹底枯萎，聯盟失去了溯源能力，且星核能源汙染已無法逆轉，準備啟動“星際遷徙預案”，放棄部分邊緣星球；對內則秘密組建“溯源突擊隊”，由陳宇帶隊，利用晶片殘留的能量訊號，追蹤黑暗殘餘的藏身之處。
計劃一齣，果然奏效。星際網路上的謠言突然轉向，激進勢力開始號召“搶佔核心星球資源”，甚至公佈了所謂的“聯盟遷徙路線圖”；更重要的是，陳宇的追蹤裝置捕捉到，晶片的能量訊號與星際薪火學院的一處秘密實驗室高度吻合。“是副院長凱里！”陳宇調出實驗室的許可權記錄，瞳孔驟縮，“他是當年黑暗艦隊覆滅後，聯盟收留的‘無主文明難民’，沒想到竟一直潛伏在我們身邊！”
凱里的身份曝光，讓所有人震驚。他在星際薪火學院任職二十年，桃李滿天下，不少跨文明青年領袖都是他的學生；他曾主導過多項星際實業技術研發，深受各星球民眾愛戴，誰也沒想到，這位“和平使者”竟是黑暗文明安插在聯盟的最高臥底。
莉婭立刻下令封鎖星際薪火學院，但凱里早已不見蹤影。實驗室的電腦裡，留下了一份未刪除的黑暗文明計劃書：他們計劃先汙染“寰宇同心之力”，瓦解聯盟的信念與防禦；再利用策反的衛隊小隊，襲擊各星球的能源樞紐；最後啟用隱藏在星軌通道深處的“黑暗母巢”，釋放大量噬靈因子，將所有同源文明轉化為黑暗傀儡。
“黑暗母巢的位置，就在蒼梧星的地下！”埃蘭看著計劃書上的座標，臉色凝重，“當年我們重建蒼梧星時，凱里主動請纓負責能源樞紐工程，沒想到竟趁機修建了黑暗母巢！”
此時，蒼梧星傳來緊急通報：叛逃的衛隊小隊已抵達蒼梧星，正協助凱里啟動黑暗母巢。星球表面的木棉林瞬間被黑色藤蔓覆蓋，能源樞紐的煙囪噴出滾滾黑霧，黑霧所到之處，民眾紛紛陷入昏迷，原本重建的城市再次淪為人間煉獄。
莉婭親自率領星際和平衛隊主力，乘坐“和平號”旗艦馳援蒼梧星。陳宇則帶著技術團隊，乘坐隱形戰機潛入黑暗母巢，試圖摧毀啟動裝置；埃蘭則帶領啟明星的艦隊，守住蒼梧星的軌道，阻止黑暗勢力向其他星球擴散。
當“和平號”抵達蒼梧星軌道，眼前的景象令人心驚：黑色藤蔓已覆蓋大半個星球，黑暗母巢的頂端射出一道巨型黑霧柱，直衝向同心星的核心能源爐，金色屏障的暗斑正以肉眼可見的速度擴大。凱里站在母巢頂端的平臺上，透過全息投影向全聯盟喊話：“同源文明不過是宇宙的笑柄，弱肉強食才是永恆法則！今日，便是你們的覆滅之日！”
戰鬥一觸即發。莉婭下令艦隊發起攻擊，雷射炮火與黑霧碰撞，爆發出刺眼的光芒。但黑霧具有極強的腐蝕性，聯盟戰艦的裝甲很快被侵蝕，不少戰艦失去動力，墜入星球表面。“必須先摧毀黑霧柱的能量來源！”莉婭駕駛著座機，衝破黑霧屏障，直逼黑暗母巢。
與此同時，陳宇的技術團隊成功潛入母巢內部。這裡佈滿了黑暗文明的技術裝置，噬靈因子瀰漫在空氣中，稍有不慎便會被感染。陳宇帶領隊員，利用木棉纖維製成的防護衣抵禦噬靈因子，一路突破重重防線，終於抵達啟動裝置所在的核心控制室。
但控制室裡，等待他們的不僅是守衛，還有被策反的衛隊副隊長。“你們以為能阻止大人的計劃？”副隊長冷笑道，“黑暗之力早已滲透聯盟，你們的失敗是註定的！”雙方展開激烈廝殺，陳宇憑藉對星際環境的熟悉，與隊員們默契配合，最終擊斃副隊長，控制了控制室。
然而，啟動裝置已進入倒計時，且被設定了多重加密鎖，無法強行關閉。陳宇看著螢幕上不斷跳動的數字，突然想起了溥儀的“三物同源”理念。他立刻取出隨身攜帶的古木棉嫩芽、花生原種、可可新葉，將三者的汁液混合後，滴入裝置的能源介面。奇蹟發生了，混合汁液與裝置內的黑暗能量發生反應，產生了強烈的共振，加密鎖瞬間被破解，倒計時停止了。
黑霧柱的能量來源被切斷，同心星的金色屏障停止了惡化。莉婭抓住機會，下令艦隊發起總攻，雷射炮火集中轟擊黑暗母巢的核心部位。凱里見大勢已去，駕駛著一架小型戰機，試圖衝破包圍圈逃離蒼梧星。莉婭早已預判到他的動向，駕駛座機追了上去。
兩架戰機在蒼梧星的大氣層中展開殊死搏鬥。凱里的戰機搭載了黑暗文明的武器，火力兇猛，但莉婭憑藉著對“寰宇同心之力”的感悟，操控座機靈活閃避，不斷髮起反擊。“你以為你贏了？”凱里透過通訊頻道嘶吼，“黑暗文明遍佈宇宙，就算我死了，還會有更多人來摧毀你們！”
“你錯了，”莉婭的聲音堅定，“我們的力量，從來不是源於武器或能源，而是源於‘萬邦同心’的信念。這種信念，是黑暗永遠無法摧毀的！”話音剛落，莉婭找準時機，發射了一枚“可可凝香乾擾彈”，擊中了凱里戰機的能源核心。戰機失控爆炸，凱里葬身火海。
黑暗母巢被摧毀，蒼梧星的黑霧逐漸消散。陳宇帶領技術團隊，利用“三物同源”的原理，研發出淨化噬靈因子的藥劑，救治了被感染的民眾；埃蘭組織各文明的人力物力，幫助蒼梧星重建家園；莉婭則在全聯盟同步直播中，公佈了黑暗殘餘的陰謀與聯盟的反擊過程，那些被謠言矇蔽的民眾，終於看清了真相。
激進勢力失去了靠山，很快被聯盟平定；叛逃的衛隊小隊，在走投無路之下選擇投降，聯盟念其曾為和平立下戰功，從輕發落，將他們派往星際邊境駐守；同心星的核心能源爐，在“三物同源”的淨化下，逐漸恢復穩定，金色屏障重新綻放出耀眼的光芒。
數月後，蒼梧星舉行了盛大的重建慶典。曾經枯萎的木棉林抽出新枝，金色花生田重新煥發生機，可可園裡結出了飽滿的果實。莉婭、陳宇、埃蘭站在慶典的主席臺上，看著臺下不同文明的民眾載歌載舞，心中滿是欣慰。
“溥儀陛下當年說，‘同心’是文明火種與初心之同心。”莉婭舉起手中的“萬邦同心”徽章，對著漫天星辰說道，“這場危機讓我們明白，無論宇宙多麼廣闊，無論黑暗多麼強大，只要我們堅守初心、彼此信任，就沒有跨不過的難關，沒有破不了的迷局。”
風掠過蒼梧星的木棉園，帶著熟悉的清潤、醇香與芬芳，與各星球的微風交織在一起。星際網路上，“萬邦同心”的話題再次刷屏，不同文明的民眾紛紛分享著彼此的堅守與感動。
星漢依舊遼闊，危機或許還會再次降臨，但星際和平聯盟的初心從未改變。莉婭知道，只要“木棉承露、花生銜光、可可凝香”的信念代代相傳，“萬邦同心”的光芒就會永遠照亮寰宇，指引著同源文明在宇宙中，繼續書寫和平與繁榮的永恆傳奇。
