“嗯哼，啊啦啦，夢幻，在這裡啊！終於找到你了。”
歐魯德朗城上空，一架飛行器緩緩駛過，在夜的深處，沒有人會注意到這一個安靜行駛的飛行器。
一位小麥色皮膚的幹練女孩全身穿著專業的探險服，留著被紮成好幾截的雙馬尾髮型，在飛行器上微微笑道。
雖然她看起來很像個反派，這鬼鬼祟祟的樣子也和反派差不多，但她確確實實只是一位資深探險家，名為琪朵。
這一次潛入歐魯德朗城，也不過是想要給夢幻身上安裝上定位器而己。
“瑪狃拉，去吧！”
透過雷達發現夢幻的氣息後，琪朵乾脆利落地扔出兩顆寶可夢球，兩隻瑪狃拉從夜幕中穿梭而過，手中拿著琪朵為他們準備的定位器。
嗖嗖！
瑪狃拉精準地落在閣樓，從天窗裡利索地翻了進去。
“皮卡！”
“buyi！！”
而窗戶兩側，則是奉小智命令埋伏己久的皮卡丘和伊布。
兩隻瑪狃拉鑽進來的一剎那，兩發鐵尾便帶著風就呼了過來，只聽得砰的一聲，兩隻瑪狃拉就安靜地睡下了。
小智的安排是必要的，他不能讓琪朵的計劃成功，即便她是出於好意。
這位探險家的腦回路明顯和正常人不一樣，她這鬼鬼祟祟的舉動正是引發一系列事件的根源。
在小智的印象中，正是因為琪朵的突然襲擊，讓皮卡丘誤以為瑪狃拉是壞人，因而和它們纏鬥在一起。
為保護皮卡丘，夢幻使出瞬間移動，帶著皮卡丘和不小心混入其中的喵喵來到了世界初始之樹。
而在這之後，為了尋找皮卡丘和喵喵，小智一行人和火箭隊都前往了世界之樹，但卻引發了世界之樹的自我防護機制，大量類似於白細胞的不明橙色物體從樹中脫落，試圖消滅入侵世界之樹的病毒———也就是進入此處的人類。
在世界之樹的全力清剿下，小智一行人被橙色細胞完全吞噬，而夢幻為了救回小智他們，不惜透支身體逆轉世界之樹的迴圈系統。
在夢幻的全力幫助下，小智一行人得救了。然而，夢幻卻因失去了過多的力量導致無比虛弱，和夢幻一體的世界之樹也瀕臨崩潰，居住此處的寶可夢們迎來了滅頂之災。
為拯救這一切，小智和路卡利歐他們深入樹的內部，在那裡發現了亞朗留下的手套。
原來，曾經的亞朗，也是為了挽救夢幻，拯救破碎的世界之樹，用盡自己的波導，救回夢幻，犧牲了自己。
和當年一樣，小智當仁不讓地戴上了亞朗的手套，要像曾經的他那樣再度拯救世界之樹。
但，知曉了真相的路卡利歐，不願意看到有人再因此犧牲，在最後關頭，它推開小智，奉獻出了自己的波導，用自己的生命修補了世界之樹。
一切塵埃落定，但這件事卻深深烙印在小智的記憶中。
如果再有一次機會，他一定不會讓路卡利歐再度犧牲。
……
“路卡利歐，請把千年之前的故事再告訴我們吧。”
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