看見卡洛斯地區的黑暗盟領導，消失在原地。趙凡只能乾瞪眼。出去了之後，趙凡在卡洛斯地區休整了一天就又準備出發了。趙凡立馬召喚出快龍，準備前往阿羅拉地區去尋找黑暗盟的線索。
快龍馱著趙凡在天空中快速飛行，很快便抵達了阿羅拉地區。剛一落地，趙凡就感受到了這裡獨特的氛圍。
阿羅拉地區的寶可夢們形態各異，充滿了新奇感。
趙凡開始西處打聽黑暗盟的訊息，然而卻一無所獲。就在他有些沮喪的時候，突然遇到了一位神秘的老者。
老者看著趙凡，眼中閃過一絲深意，說道：“年輕人，你在尋找黑暗盟？我知道一些線索，但你要幫我完成一件事。”
趙凡毫不猶豫地答應了。原來，老者拜託他去拯救被邪惡勢力困住的幾隻珍稀寶可夢。趙凡帶著快龍和其他寶可夢，迅速趕到了事發地點。
經過一番激烈的戰鬥，他成功解救了那些寶可夢。
老者十分感激，便告訴趙凡，黑暗盟近期在阿羅拉地區的一處廢棄工廠有活動。趙凡謝過老者後，立刻帶著寶可夢朝著廢棄工廠趕去，一場新的挑戰即將來臨。
趙凡按照老者給的線索發現廢棄的工廠有大型機器的響聲，就知道方位沒有找錯，趙凡小心謹慎的往前移動，不敢發出特別大的聲音，因為他不知道黑暗盟的人，在這個廢棄的工廠研究改造神奇寶貝到底是什麼實力的。
當他靠近工廠大門時，突然一道強光射來，緊接著一群改造後的寶可夢衝了出來。它們眼神冰冷，身上散發著詭異的氣息，顯然經過了殘酷的改造。
快龍率先迎戰，它怒吼一聲，用翅膀扇起強大的氣流，將部分改造寶可夢吹飛。
但更多的改造寶可夢圍了過來，攻擊愈發猛烈。趙凡見狀，連忙指揮其他寶可夢加入戰鬥。皮卡丘釋放出十萬伏特，妙蛙種子發射出能量球，一時間場面混亂不堪。
就在戰鬥膠著之時，黑暗盟的首領現身了，身邊還跟著一隻的改造融合阿羅拉地區神獸卡噗鰭鰭（原版卡噗鰭鰭擁有進化心靈的能力的特別之水，改造的卡噗鰭鰭擁有控制心靈的能力的特別之水）的基因的改造神獸，。這隻卡噗鰭鰭渾身散發著黑色的光芒，眼睛閃爍著邪異的紅光，實力看上去深不可測。首領冷笑一聲：“就憑你們也敢來搗亂。”
趙凡握緊拳頭，眼神堅定，他知道這場硬仗才剛剛開始，必須全力以赴才能揭開黑暗盟的陰謀。而且不能讓這隻卡噗鰭鰭使用心靈之水，會使神奇寶貝被控制，變成邪惡的神奇寶貝（神獸也只能短暫的壓制心靈之水的能力（三級神）二級神被控制的機率只有百分之五十，一級神百分之二十的機率）。
趙凡深知局勢危急，大聲喊道：“大家集中火力，先阻止那隻改造卡噗鰭鰭！”快龍猛地衝向卡噗鰭鰭，試圖用龍之爪打亂它施法節奏。
皮卡丘則不斷釋放高壓電擊，干擾其行動。然而，該造卡噗鰭鰭異常靈活，輕鬆躲開攻擊，隨後張嘴噴出一股黑色的心靈之水。
妙蛙種子首當其衝，瞬間身體一顫，眼神變得呆滯，轉而攻擊己方隊友。
趙凡心急如焚，這時他突然想到快龍身為準神，或許能短暫抵抗控制。
他急忙命令快龍撞開妙蛙種子，並趁機扔出精靈球收回妙蛙種子。
接著，趙凡讓皮卡丘和快龍配合，利用速度優勢分散卡噗鰭鰭注意力。
趁此間隙，他拿出鋼鐵海龍獸的特別之水注入精靈球，再次放出妙蛙種子，解除了它的控制狀態。三隻寶可夢重新聯手，向卡噗鰭鰭發起更猛烈進攻。
而黑暗盟首領臉上的笑容逐漸消失，緊張地注視著戰局變化，一場更為激烈的對決仍在持續……就在戰鬥陷入白熱化時，快龍瞅準時機，一個龍之俯衝撞向卡噗鰭鰭，將它撞得踉蹌了幾步。
皮卡丘趁機釋放出最強的十萬伏特，電流如蛇一般纏上卡噗鰭鰭，讓它渾身顫抖。妙蛙種子也不甘示弱，發射出強力的能量球，狠狠地砸在卡噗鰭鰭身上。
卡噗鰭鰭被這一波攻擊打得有些狼狽，但它很快穩住身形，再次噴出心靈之水。不過這次，趙凡早有準備，他指揮寶可夢們迅速分散躲避。
黑暗盟首領見情況不妙，開始慌張起來。他大聲呼喊，讓其他改造寶可夢加入戰鬥。一時間，更多的改造寶可夢蜂擁而上。
趙凡冷靜地指揮著寶可夢們應對，快龍用龍息擊退一群改造寶可夢，皮卡丘和妙蛙種子則繼續攻擊卡噗鰭鰭。
在激烈的戰鬥中，趙凡發現卡噗鰭鰭的攻擊出現了一絲破綻，他立刻抓住機會，讓寶可夢們集中火力。
最終，卡噗鰭鰭被打得失去了戰鬥能力，黑暗盟的改造寶可夢也紛紛潰敗。
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