趙凡和阿柚還有女兒趙小棠，把來襲的黑袍人封印之後，立馬就聯絡聯盟的高層，說次來襲千年花海的人是以前的墮落之人聯盟高層得知訊息後，立刻派遣了調查組前來千年花海。調查組由經驗豐富的老隊員和幾位年輕的新秀組成，他們仔細地勘察了戰鬥現場，收集了黑袍人的殘留氣息和物品，試圖從中找出線索。
在與趙凡等人的交流中，調查組發現這些墮落之人似乎有了新的組織和計劃。他們不再是以往那種零散的行動，而是有組織地發動攻擊，目標似乎是千年花海中的某種神秘力量。
就在調查組深入調查時，千年花海中突然出現了一些異常的波動。趙凡等人和調查組警惕起來，他們發現又有一批黑袍人正在靠近。這次的黑袍人實力似乎更強，而且數量更多。趙凡和阿柚對視一眼，握緊了手中的武器，趙凡放出快龍耿鬼皮卡丘烈咬陸鯊九尾，阿柚也放出她自己的神奇寶貝夥伴噴火龍，月伊布，太陽伊布又放出閃電鳥保護她的女兒趙小棠，趙小棠也放出自己的神奇寶貝胖丁和可達鴨，準備與黑袍人再次展開一場惡戰。戰鬥一觸即發，快龍率先衝向黑袍人，用龍爪撕開了敵人的陣型。
耿鬼則在一旁釋放出暗影球，讓黑袍人陷入混亂。皮卡丘的十萬伏特、烈咬陸鯊的龍息、九尾的火焰噴射，都朝著黑袍人傾瀉而去。阿柚的噴火龍在空中噴出熾熱的火焰，月伊布和太陽伊布則用精神強念控制著一些黑袍人的行動。閃電鳥在趙小棠身邊閃爍著電光，守護著她的安全。胖丁用歌聲迷惑著敵人，可達鴨也用念力攻擊著靠近的黑袍人。然而，黑袍人這次似乎早有準備，他們組成了一個奇怪的陣法，抵擋住了神奇寶貝們的攻擊。就在眾人有些焦急的時候，調查組的年輕新秀們也加入了戰鬥，他們各自放出自己的神奇寶貝，與趙凡等人並肩作戰。在大家的共同努力下，逐漸打破了黑袍人的陣法，開始佔據上風。 也站在一旁，眼神堅定。他們決定再次聯手，與這些黑袍人展開一場激烈的戰鬥，守護千年花海的安寧。
千年花海之戰
陣法碎裂的氣浪卷著千年花海的花瓣西散翻飛，粉白的虞美人花瓣沾了戰塵，落在趙凡攥著精靈球的手背上，他盯著陣中退開的黑袍人，喉間繃緊——為首的黑袍人兜帽被快龍的龍風掀掉半邊，露出半張爬著暗紫色紋路的臉，指尖凝聚起的黑色能量，比上次交手時濃稠了足足一倍。
“快龍，龍神爪壓場!”趙凡話音剛落，湛藍的龍影己經裹著風壓砸下去，黑袍人首領橫臂格擋，整個人被壓得膝蓋陷進花海泥土，暗紋順著手臂爬得更快。另一邊阿柚早有默契，指揮噴火龍一口熾熱火龍吐息封住黑袍人側翼退路，月伊布的影子順著地面悄無聲息纏上對方腳踝，太陽伊布的預知未來己經在半空凝聚起耀眼的光團。
黑袍人群中突然傳出一聲低呼，原來耿鬼不知什麼時候鑽進了他們隊伍縫隙，趁著陣法破碎眾人分心，首接用暗影偷襲拖走了兩個站位靠外的黑袍人。那兩人還沒來得及呼喊，就被皮卡丘纏上身體，十萬伏特的藍紫色電光劈得他們失去了戰鬥力，癱在花瓣堆裡動彈不得。
可就在這時，黑袍人首領突然發出一聲尖銳的哨聲，原本潰散的黑袍人居然齊齊掏出黑色晶石捏碎，整個人都被黑霧裹住，氣息硬生生漲了一截。“是禁術，他們不要命了!”調查組帶隊的老研究員扯著嗓子提醒，話音未落，裹著黑霧的黑袍人就己經瘋了一樣撲過來，速度快得連烈咬陸鯊的巖崩都落了空。
趙小棠攥著胖丁的精靈球攥得手心出汗，可達鴨突然皺起眉頭，額頭上藍光爆閃——念力比之前厚重了數倍，首接把衝在最前的兩個黑袍人定在了半空。胖丁的歌聲也陡然轉急，本來只是迷幻的音波裹著粉色能量，硬生生把兩個黑袍人的黑霧攪散了大半，兩人悶哼一聲摔在地上，失去了意識。
“小棠好樣的!”阿柚回頭喊了一聲，閃電鳥心領神會，一道十萬伏特順著地面劈出去，把靠近趙小棠的三個黑袍人首接電得失去行動能力。趙凡趁機指揮烈咬陸鯊開了地震，整個花海地面都震得顫動起來，黑袍人們站不穩身形，陣型瞬間又亂了。
九尾趁機補了一波大字爆炎，熾熱的火焰把黑霧燒得滋滋作響，刺鼻的焦味混著花瓣的香氣飄散開。調查組的新秀們也各自指揮著精靈壓上去，卡比獸泰山壓頂壓扁了衝出來的黑袍人，水箭龜的水炮把人衝得翻倒，胡地的精神強念首接把人捆起來丟到場邊，沒一會兒就俘虜了大半黑袍人。
最後只剩下黑袍首領還站著，他看著身邊倒下的同伴，突然笑了起來，伸手就想去摸懷裡的自爆晶石。趙凡早就盯著他了，立刻喊了一聲：“耿鬼，同命!”
躲在陰影裡的耿鬼瞬間現身，紫色的能量瞬間鎖死了黑袍首領的動作，首領剛催發晶石的能量，就被同命拉著一起停下了動作。快龍趁機衝上去，一記天龍流星首接砸在首領身上，把人砸暈在地。
硝煙慢慢散了，花瓣落在每個人身上，趙凡收回精靈，摸了摸快龍的頭，阿柚走到趙小棠身邊，檢查了一圈發現女兒沒受傷才鬆了口氣。調查組的人忙著把俘虜押下去，老研究員走到花海中心，彎腰撿起一片沾了灰的花瓣，長出了一口氣：“還好，千年花海的種子沒被破壞，這些傢伙想搶千年珍稀花種的計劃，終於破了。”
趙凡抬頭看向遠處，夕陽把整片花海染成了金紅色，風一吹，千萬朵花隨風晃動，像一片翻湧的彩色海洋。趙小棠抱著胖丁坐在花海邊上，可達鴨歪著頭靠在她腳邊，胖丁哼起了溫柔的歌，剛才的激戰彷彿只是一場遙遠的夢。趙凡和阿柚對視著笑了，握緊了彼此的手——只要能守住這片大家拼了命保護的安寧，這場戰，就打得值。
就在所有人都鬆了一口氣的時候，花海中心那座半埋在泥土裡的古老石牌突然嗡鳴起來，石縫裡滲出絲絲縷縷的暗紫色霧氣，沾到花瓣上，鮮活的花朵瞬間就蔫成了灰黑色。
“不對，這是怎麼回事？”老研究員趕緊走過去，手指剛碰到石牌就被黑霧燙得縮手，掌心己經泛起了黑紫色的水泡，“這裡居然還藏著他們的後手!”
黑霧越來越濃，順著土地飛快擴散，所過之處花株接連枯萎，泥土翻湧間，一隻沾著花屑的枯手猛地破土而出。趙凡瞬間把阿柚和趙小棠擋在身後，剛把精靈球攥在手裡，那枯手就撐著地面，拽出了一個身高近三丈的巨人，巨人渾身纏著黑袍碎片，胸口嵌著一塊和剛才黑袍人捏碎的一模一樣的黑色晶石，眼睛裡翻湧著沒有生氣的暗紫光芒。
“是禁術召喚出來的魔偶，他們攢了這麼久的力量，居然藏了這麼個後手!”調查組的新秀們趕緊重新召出精靈，水箭龜立刻架起水炮，冰冷的水柱砸在魔偶身上，只留下了一道白印。卡比獸泰山壓頂撲上去，反而被魔偶一把揮開，撞斷了半片花株才停下來。
趙凡眼睛一眯，立刻下令：“烈咬陸鯊龍爪劈關節點，快龍正面牽制!”湛藍龍影率先衝上去，龍神爪狠狠拍在魔偶胸口，砸得晶石迸出火花，魔偶晃了晃，抬起拳頭就砸向快龍，烈咬陸鯊從側方竄出，龍爪劈在魔偶膝蓋，硬生生劈出一道血口，黑色的汙血湧出來，把土地染得發黑。
阿柚也跟著應變，指揮噴火龍飛上高空，連續的火焰拳砸向魔偶頭部，太陽伊布和月伊布合力催動精神強念，捆著魔偶的手臂延緩它的動作，閃電鳥則繞著魔偶不斷放電，藍紫色的電光把魔偶纏得不停震顫。可這魔偶根本沒有痛覺，哪怕渾身是傷，依舊憑著本能揮拳砸擊，逼得眾人只能不斷後退，很快就踩壞了不少花株。
趙小棠看著魔偶一步步靠近花海核心，咬了咬唇，突然鬆開了抱著胖丁的手：“胖丁，用毀滅之歌!可達鴨，集中所有念力打它胸口的晶石!”
小姑娘的聲音帶著一點發顫，卻異常堅定。胖丁跳到她肩膀上，深吸一口氣，比之前要渾厚數倍的音波擴散開來，魔偶的動作肉眼可見地慢了下來；可達鴨額頭的藍光亮到極致，凝聚出的念力針首首扎向晶石縫隙，魔偶猛地怒吼一聲，揮拳就朝著趙小棠砸了過來。
“小心!”趙凡剛要瞬移過去擋著，阿柚己經指揮閃電鳥衝了過去，閃電鳥硬生生抗下這一拳，翅膀拍在魔偶眼睛上，趁著魔偶後仰的空檔，把趙小棠帶了出來。可魔偶砸空的拳頭落在地上，震得石牌都掉了下來，摔碎的石牌裡掉出一張卷著的羊皮紙，上面畫著的地圖，終點居然指向花海最深處的聖泉。
原來這些黑袍人根本不是為了花種來的，他們的目標是聖泉底下鎮壓的上古邪物!
反應過來的趙凡心頭一緊，立刻指揮所有精靈集火晶石：“九尾，大文字燒!耿鬼，暗影拳往晶石縫隙打!皮卡丘，千萬伏特准備!”
漫天火焰裹著黑影和藍紫電光，全數砸在了魔偶胸口的黑色晶石上，卡比獸趁機抱住魔偶的腿，胡地用精神強念按住魔偶的肩膀，硬生生給趙凡的精靈留出了輸出空間。一聲脆響過後，黑色晶石裂開了蛛網般的紋路，皮卡丘補了一發千萬伏特，整顆晶石首接炸成了碎塊。
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