然而，賢臣輔政並非一帆風順。朝中仍然有一些守舊勢力，對改革持反對態度。
弘治十二年，朱祐樘想要進一步整頓軍備，改革衛所制度。這個想法遭到了以成國公朱儀為首的勳貴集團的強烈反對。
“陛下，”朱儀在朝會上慷慨陳詞，“衛所制度乃太祖所定，歷經百年，不可輕改。若變更祖制，恐動搖國本。”
不少武將也隨聲附和：“成國公所言極是！”“衛所制度關係國防，不可妄動！”
朱祐樘心中不悅，但沒有立即表態。退朝後，他召見徐溥、劉健、馬文升等大臣密議。
“諸位愛卿以為如何？”朱祐樘問道。
馬文升率先開口：“陛下，衛所制度確實弊病叢生。軍戶逃亡，屯田荒廢，軍備廢弛。若不改革，國防堪憂。”
劉健道：“然勳貴集團勢力龐大，若強行改革，恐生變亂。”
徐溥沉吟道：“臣以為當循序漸進。可先在個別衛所試點改革，若見成效，再推廣全國。”
朱祐樘採納了徐溥的建議，下令在宣府、大同兩鎮進行衛所制度改革試點。果不其然，改革遭到當地勳貴將領的抵制，進展緩慢。
這時，兵部尚書劉大夏想出一個妙計。他上書建議：“陛下可派遣御史巡視九邊，考核將領功過。優者賞，劣者罰，如此可收整頓之效。”
朱祐樘依計而行，派遣剛正不阿的御史巡視邊境。這些御史鐵面無私，查處了一批貪腐無能的特領，提拔了一批年輕有為的軍官。勳貴集團見皇帝態度堅決，只得讓步。
在賢臣的輔佐下，朱祐樘克服了一個又一個困難，推動著改革不斷深入。
弘治十五年的元宵節，北京城張燈結綵，百姓歡度佳節。朱祐樘與張皇后在宮中設宴，款待徐溥、劉健等重臣。
宴席間，朱祐樘感慨道：“朕登基十五年，全賴諸位愛卿輔佐，方有今日之治。回想當年，朝政腐敗，邊備廢弛，民生凋敝。如今政通人和，百廢俱興，實乃社稷之幸。”
徐溥舉杯道：“此皆陛下聖明所致。陛下勤政愛民，虛懷納諫，方能使賢臣盡展其才。”
劉健補充道：“臣觀史書，明君賢臣，如魚得水。陛下能親賢臣，遠小人，故能成中興之業。”
朱祐樘搖頭：“朕常思，為君者當如唐太宗，虛懷納諫；為臣者當如魏徵，直言敢諫。朕雖不才，願與諸位愛卿共勉之。”
這番話讓在座的大臣無不感動。他們知道，遇到這樣明事理的皇帝，實在是臣子的幸運。
然而，長期的操勞也開始損害朱祐樘的健康。弘治十七年，他開始時常感到疲倦，太醫院診斷是勞累過度。
張皇后勸他多休息，朱祐樘卻道：“朕承祖宗基業，負天下重任，豈敢懈怠？”
他依然每日上朝，批閱奏章至深夜。徐溥、劉健等大臣見狀，更加盡心竭力，為他分憂解難。
弘治十八年春天，朱祐樘一病不起。在病榻上，他召來太子朱厚照和諸位大臣。
“朕...朕的時間不多了。”朱祐樘氣息微弱地說，“這些年來，多虧諸位愛卿輔佐，方有今日之治。望你們...繼續輔佐太子，保我大明江山...”
徐溥泣道：“陛下放心，臣等必當竭盡全力，輔佐新君。”
朱祐樘又對太子說：“厚照，你要...親賢臣，遠小人...勤政愛民...不可...不可負了這大好河山...”
話未說完，朱祐樘溢然長逝，終年三十六歲。
弘治皇帝的去世，結束了一個短暫的中興時期。他在位十八年，勵精圖治，任用賢能，開創了“弘治中興”的局面。
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