北路立陶宛軍隊配合進攻，從北面威脅德軍側後。南路波蘭第二十師繞過湖區南端，直接插向德軍後方補給線。面對被包圍的危險，德軍指揮部被迫下令放棄馬祖裡防線，向科尼斯堡收縮。
科尼斯堡是東普魯士的心臟。
當撤退的命令傳達到前線時，戈爾茨將軍已經在這座城市裡佈置了整整兩週的防禦。這位參加過上次大戰的老將把科尼斯堡變成了一座要塞。
城市的每一條街道、每一座建築都成了防禦工事的一部分。老城區的石頭建築被改造成火力點，地下室被打通連線成地下交通網，廣場和主要街道上堆滿了用碎石和倒下的樹木砌成的路障。
就連城市外圍的上個世紀的堡壘群也被重新啟用，那些古老的磚石結構在火炮和機槍面前意外地堅固。
兩天後，波蘭軍隊抵達科尼斯堡外圍。
第一波進攻在4月22日清晨開始。炮火準備持續了兩個小時，數百門火炮將數以千計的炮彈傾瀉在德軍陣地上。
柯尼斯堡的老城區多處起火，幾座中世紀教堂的尖頂在爆炸中坍塌，堡壘的磚牆也被炸出巨大的缺口。
在一輪猛烈的炮火轟炸後，波蘭軍隊開始浩浩蕩蕩地向柯尼斯堡發動進攻。
德國這邊，他們嘗試在第一道防線就阻攔波蘭人的腳步。
德國動用了大量的機槍和輕型火炮，為的就是對付波蘭的騎兵和輕型坦克部隊。
為了對付這些裝甲，德國甚至創造性的設立了反坦克步兵，說白了就是讓士兵拿著炸藥包和捆綁在一起的手雷，冒著生命危險爬到敵人的坦克周圍，引爆並且炸燬敵人的坦克。
在德國的種種防禦措施下，波蘭的坦克損傷慘重，騎兵部隊也傷亡巨大。
但這些根本無法阻止波蘭軍隊的進攻，他們對東普魯士勢在必得。
波蘭指揮部從後方調來更多的火炮和飛機，對科尼斯堡進行晝夜不停的轟炸。老城區在轟炸中變成一片廢墟，街道被瓦礫堵塞，地下水道被炸塌，守軍的補給越來越困難。
雙方在柯尼斯堡的城區進行了猛烈的攻防戰，每一棟樓都要被來回攻防好幾遍。
上半天波蘭人成功佔領了一棟樓，下半天德國士兵就會重新奪回來。
在此期間，雙方軍隊都有巨大的傷亡。德國憑藉防禦方的優勢對於波蘭軍隊造成了更大的殺傷，但因自身兵力劣勢的原因，根本無法阻止柯尼斯堡的陷落。
為了摧毀德國軍隊的抵抗，波蘭可謂無所不用其極。
一開始，波蘭軍隊還只是派出步兵去清剿佔領的房區。隨著德國軍隊的激烈反抗，波蘭選擇了全部摧毀這些房子，順帶著也能炸死潛藏在房子中的德國士兵。
這麼做雖然降低了進攻的效率，但也有效降低了自己的傷亡，對於波蘭來說是個好訊息。
4月25日，經過連續三天的猛攻後，波蘭軍隊終於突破了外圍防線，進入老城區。
在這裡，戰鬥變得更加殘酷。老城區的街道太窄，波蘭人的騎兵和坦克完全喪失了作用。
因為之前的大規模轟炸，老城區大多都是殘垣斷壁。這種地形根本無法展開大部隊的叢集式攻擊，戰鬥也變成了小規模持續性的巷戰。
德國軍隊再次展現出了自己的韌性，他們躲藏在城市廢墟中的任何角落，為的只是偷襲突然出現的波蘭士兵。
在如此不要命的反抗下，波蘭軍隊很快出現了大量的傷亡，對柯尼斯堡的進攻也陷入了停滯。
不過德國軍隊很快就面臨重大問題。東普魯士終究是一塊飛地，在戰爭爆發後被波蘭和立陶宛三面包圍。
德國是沒有空軍部隊的，這也代表德國根本不可能跨越上百公里的波蘭領土範圍，去向東普魯士運輸武器裝備和醫療物資。
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