隨著籠罩朝堂魏閹陰霾散去，被壓抑己久的清流力量開始重新抬頭。作為東林魁首之一，且素有聲望、通曉實務的徐光啟，自然成為了朝野上下矚目的焦點，要求其重新出山的呼聲日益高漲。
然而，崇禎皇帝朱由檢心思深沉。他欣賞徐光啟的學識和操守，也深知其在曆法、火器、農政等方面的巨大價值，尤其是眼下正面臨南海危機，急需此類人才。但徐光啟畢竟是東林一脈，崇禎既要用他，也需平衡朝中勢力，避免出現新的黨爭，更要確保徐光啟的才能能為己所用，而非成為掣肘。
這一日，崇禎在文華殿召見幾位近臣，議及朝中空缺及東南事務，他似是無意間提起：
“徐子先學問博洽，精通實務，尤善泰西之法。前朝因魏閹蔽塞，致使賢才閒置。如今乾坤朗朗，若使其終老林泉，實乃朝廷之失，朕心亦有不忍。”
此言一齣，嗅覺敏銳的官員立刻明白了皇帝的心意。很快，由幾位重量級官員聯名上疏，舉薦徐光啟復出。
崇禎順水推舟，下旨召徐光啟即刻還朝。當徐光啟應召抵達京城時，崇禎在平臺（明代皇帝召對臣工之所）單獨召見了他。
望著鬚髮皆白但精神矍鑠、目光清澈的老臣，崇禎感慨道：“徐先生，別來無恙。魏閹亂政，使先生等正人君子蒙塵，是朕之過，亦是朝廷之失。”
徐光啟從容應對，言辭懇切：“陛下言重了。雷霆雨露，莫非天恩。如今陛下勵精圖治，掃除奸佞，臣為天下蒼生賀！臣雖老邁，然報國之心未冷，但憑陛下驅策。”
崇禎滿意地點點頭，話鋒轉入正題：“朕知先生精於歷算、火器、農政，乃國之棟樑。如今海疆不靖，倭寇與西夷勾結，為禍日烈。韓雲在東南整飭水師，需才孔亟。先生於泰西之學深有研究，門下多通曉實務之才，於鑄炮、造船、測量等事，想必多有心得。朕欲借重先生之長，不知先生可願為朕分憂？”
徐光啟心中明瞭，這是要他將畢生所學，尤其是融合了中西技術的實務知識，應用於強兵固海之大業。這正是他的志向所在。他躬身道：“陛下信重，臣敢不竭盡駑鈍！臣於西法略知一二，願與同僚共研，以期有助於海防。臣之門生如孫元化等，於火器一道頗有建樹，亦可為陛下效力。”
“好！”崇禎撫掌，“朕己決議，重新啟用先生，加太子太保銜，入閣參贊機務，兼領工部尚書，總管軍器、舟車、土木、水利等諸般工程製造，並協理京營戎政，督導東南水師武備事宜。”
這是一個極其重要的職位！工部掌管國家工程和製造，協理京營戎政涉及京城防衛，督導東南水師武備則首接與韓雲的海防改革對接。崇禎此舉，既給予了徐光啟極高的榮譽和實權，讓他能夠發揮其技術專長，又巧妙地將他的影響力限定在“技術”和“實務”層面，一定程度上避免了其首接捲入核心的政治決策，體現了崇禎用人的“中庸”與平衡之道。
徐光啟鄭重叩拜：“臣，領旨謝恩！定當鞠躬盡瘁，以報陛下知遇之恩！”
徐光啟的重新出山，在朝野引起了巨大反響。清流為之鼓舞，認為這是“正人復位”的標誌；務實派也感到欣慰，期待他能用實學解決國家困境。而對於此刻的韓雲而言，這更是一個天大的利好訊息。有了徐光啟這位德高望重、且掌握技術核心的重臣在朝中作為援手和協調者，他推行水師改革、引進西洋技術、呼叫相關人才時將更加名正言順，阻力也會小很多。
就這樣，徐光啟與韓雲，一在朝，一在野；一提供理論與技術支撐，一負責執行與戰場檢驗，兩人雖不再頻繁首接溝通，卻因共同的目標——利用先進科技鞏固海防、抵禦外侮——而形成了一種緊密的相互扶持關係，共同推動著大明這艘古老的巨輪，在驚濤駭浪中嘗試調整方向。
韓雲知道，魏忠賢倒臺，作為清流領袖和科技泰斗的徐光啟自然會被重新啟用，可沒想到會這麼快就被重新啟用，可能是自己這個小蝴蝶翅膀扇快了。
一早就交好光啟父子，無疑是正確無比的選擇，特別是徐光啟大力倡導並身體力行引進、翻譯、研究西方科學技術，與利瑪竇等傳教士交往深厚，合譯了《幾何原本》等重要著作，這些不這是韓雲需要的嘛。韓雲還想著，依靠徐光啟這顆大樹多蒐羅一些專業技術類人才，同時，還可以交好“東林黨”人士，為下一步推動工農商業改革政策埋下伏筆。
