“你們不要把我當成權威。”韓雲在一次課堂上說，“我說的話，不一定全對。你們覺得不對，可以反駁。只要有道理，我願意聽。”
剛開始，學生們不敢。韓雲是大將軍，誰敢反駁他？但慢慢地，有人開始試著提出不同的意見。
有一次，韓雲講到一個財政政策的問題，一個叫劉澤清的學生舉手說：“大將軍，學生的看法和您不同。您主張減稅，但學生以為，減稅固然好，可幕府的開支怎麼辦？軍隊要錢，官吏要俸祿，學校要經費，這些錢從哪來？”
韓雲沒有生氣，反而很高興：“你說得好！那你說說，你覺得應該怎麼辦？”
劉澤清想了想：“學生以為，減稅可以，但不能一刀切。富戶不減，窮戶減；災區減，豐區不減。這樣既減輕了窮人的負擔，又保證了幕府的財政收入。”
韓雲點了點頭：“你這個想法有道理。不過，你怎麼區分富戶和窮戶？怎麼保證各府縣能如實上報？如果縣官徇私，把富戶報成窮戶，怎麼辦？”
劉澤清被問住了，漲紅了臉，答不上來。
韓雲沒有為難他，而是轉頭對全班說：“你們看，這就是治政的難處。每一個方案都有利弊，沒有完美的方案。但我們要做的，就是在各種方案中找出最優解。劉澤清能提出問題、提出方案，這很好。雖然他的方案還不完善，但只要繼續思考、繼續完善，總有一天能成為一個好方案。”
從那以後，學生們不再把韓雲的話當成金科玉律，而是開始獨立思考、勇於質疑。課堂上的氣氛越來越活躍，辯論越來越激烈。
黃宗羲私下對韓雲說：“大將軍，您這種教法，老朽聞所未聞。但效果出奇的好。學生們不再死讀書，而是開始動腦子了。”
韓雲笑道：“黃先生，我一首相信一句話——‘授人以魚，不如授人以漁。’教給他們知識，不如教給他們思考的方法。有了思考的方法，他們一輩子都能學習、都能進步。”
文學院的另一項重要內容，是“見習制”。
每個學生都要在學業的最後一年，到各府縣衙門去見習。見習期間，他們要跟著縣令或縣丞處理實際政務——審理案件、徵收賦稅、調解糾紛、巡視鄉村、應對災害。
見習的目的，是讓學生們“知行合一”——把在課堂上學到的理論知識，用到實際工作中去；在實際工作中遇到的問題，回到課堂上來討論。
顧炎武是見習制度的積極推動者。他說：“治政的本事，不是坐在書齋裡學來的，是蹲在田埂上學來的，是在衙門大堂上學來的，是在和百姓聊天中學來的。你們不去見見習，就永遠不知道真正的治政是什麼。”
第一批見習的學生，被分派到了幕府治下的六個縣——上元縣、江寧、句容、溧陽、高淳、六合。
一個叫陳子涵的學生，被分到了上元縣。他跟著縣令馮志遠處理了一樁土地糾紛案。兩家農戶因為一塊地的界限爭執不下，鬧到了縣衙。馮志遠沒有拍案決斷，而是親自帶著陳子涵去實地勘察，丈量土地，走訪鄰居，查閱地契。忙了三天，才查清了真相——原來是乙戶的地契被水泡爛了，看不清界址。馮志遠讓人重新繪製地契，在界址處埋了界石，兩家農戶終於握手言和。
陳子涵回來後，在課堂彙報中說：“學生以前以為，當官就是坐在大堂上，一拍驚堂木，案子就判了。去了才知道，真正的官不是坐在衙門的官，而是走在百姓中間的官。”
韓雲聽了他的彙報，非常滿意：“你能領悟到這一點，見習就沒有白去。”
另一個叫周文彬的學生，被分到了江寧。見習期間，當地爆發了一場小規模的疫病。周文彬按照在醫科大學旁聽時學到的防疫知識，建議縣令隔離病人、消毒疫區、發放草藥、宣傳衛生常識。縣令採納了他的建議，疫情很快得到了控制。
周文彬回來後，寫了一篇《防疫策》，詳細記錄了自己在疫病中的觀察和應對措施。這篇文章後來被編入了文學院的教材，成為後來學生的必讀篇目。
文學院不僅有課堂和見習，還有一項特殊的活動——“百姓問政”。
每個月，文學院會邀請南京城的百姓代表到學院來，和學生們面對面交流。百姓代表可以提出任何問題——對幕府政策的疑問、對地方官的抱怨、對生活的困難、對未來的期望。學生們則要現場回答，或者記錄下來，帶回課堂討論。
第一次百姓問政，來了一位滿頭白髮的老婆婆。
老婆婆說：“民婦是城南賣豆腐的。大將軍減了稅，民婦的日子好過了不少。但有一件事，民婦想問問——以前那些當官的，總是欺壓百姓，現在還會不會？”
學生們面面相覷，誰也不知道該怎麼回答。
韓雲正好在場，便走上前去，對老婆婆說：“老人家，以前欺壓百姓的官，是朝廷的官。現在我們是東海幕府的官，我們不允許官欺壓百姓。如果您發現哪個官欺壓百姓，您到警備司來告狀，我給您做主。”
老婆婆聽了，眼淚都出來了：“大將軍，您真是青天大老爺啊！”
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