葉笙歌在徹底掌控東廠後，做的第一件大事，便是對東廠的內部架構進行改革。
他坐在值房中，面前攤著一份他親手繪製的組織結構圖，上面用細密的毛筆字標註著各個部門的職能和隸屬關係。
他研究了東廠現有的運作模式，發現其中存在大量的職能重疊和權責不清的問題，情報收集和行動執行混在一起，監察和辦案也沒有明確的區分，導致各部門之間經常互相推諉或爭功。
他決定從根本上改變這種混亂的局面。
他將東廠原有的架構打散，重新劃分為三個獨立的部門：情報司。行動司。監察司。
情報司負責情報的收集。整理和分析，由江鶴川擔任司長；行動司負責具體的抓捕。搜查和武裝行動，由韓鐵衣擔任司長；監察司負責內部紀律的監督和案件的覆核，由沈聽瀾擔任司長。
三個部門互不隸屬，各司其職，但又相互配合，形成了一套完整而高效的運作體系。
改革推行之初，難免遇到一些阻力，有些老人習慣了過去的做事方式，對新架構不適應；有些人則因為利益受損而心生不滿。
但葉笙歌態度堅決，對於那些消極怠工或暗中阻撓的人，毫不客氣地予以調離或清退。
不到一個月的時間，新架構便在東廠中全面鋪開，運轉流暢，辦事效率比之前提高了不止一倍。
沈玉樓被捕後，葉笙歌沒有就此止步。
他讓江鶴川和沈聽瀾對沈玉樓進行了深入的審訊，從他口中挖出了沈萬源多年來在朝中編織的保護傘名單。
那份名單上的人不少，但真正起到關鍵作用的有三個：都察院的兩位御史和戶部的一位郎中。
這三個人多年來一直收受沈萬源的賄賂，在朝中為他通風報信。掩蓋罪行。
葉笙歌將證據整理好後，沒有直接呈送御前，而是先交給了趙元朗。
趙元朗以刑部的名義立案調查，確認證據屬實後，正式向皇帝提交了彈劾奏章。
皇帝看完奏章，批示了四個字：「依法辦理。」
兩名御史被罷官奪爵，發配邊疆；那名戶部郎中則被判處斬監候，家產抄沒。
沈家的勢力，至此被徹底剷除，再無翻身的可能。
沈家案塵埃落定後，皇帝又將清查田畝的任務交給了東廠。
這項任務比整頓鹽政更加複雜，因為涉及的範圍更廣，全國各地的田畝數量。歸屬。等級。產量，都需要重新登記和核查，工作量巨大，且極易受到地方官員的抵制和造假。
葉笙歌接手後，沒有急於派人下去清查，而是先在京中設計了一套新的田畝登記和核查流程。
他借鑑了現代統計學中的抽樣調查和交叉驗證的方法，要求各地在上報田畝資料時，不僅要報送總數，還要附帶各村的明細臺帳，同時由東廠派駐各地的眼線隨機抽取一定比例的村莊進行實地核查，將核查結果與上報資料進行比對，誤差超過一定比例的，直接認定為造假，追究當地官員的責任。
這套方法大大減少了地方官員弄虛作假的空間。
以前他們可以透過篡改總數來矇混過關，但現在有了明細臺帳和隨機核查的雙重約束，造假的風險和成本都大大增加。
清查工作進行了一年多，最終的結果讓皇帝和戶部都大吃一驚，全國有將近兩成的田畝被瞞報漏報。
