工部的軍器局也要分出來，成立一個專門的生產軍事裝備部門，負責發展裝備規劃計劃、研發試驗鑑定、採購管理等等，設軍器司。
現在軍隊中的督撫官，就是一個專門政治部門，管軍紀，設為軍事督察。
今後兵部、五軍都督府、軍事督察直接向皇帝負責，皇帝就是軍政院的最高負責人。
兵部經過皇帝后，有權力可以調動軍隊，但是沒有打仗指揮權。
五軍都督府是中、左、右、前、後軍都督府的總稱，今後就是指揮作戰的部門。
軍事都察設有督撫官和軍事法庭。
軍隊裡的督撫官就是給軍隊宣傳政治思想和監督軍紀的，類似於明朝的坐營太監，後世的政委。
朱由崧一開始就沒有在三大御營讓太監去坐營，而是招聘了一幫窮秀才進軍營當兵。
朱由崧覺得太監對皇帝忠心是忠心，但是太監的心理缺陷太多了，根本就不適合呆在軍隊。
歷史上崇禎數次軍事上的失誤，都是和派出去臨軍的太監有關。
鑑於前唐武將割據，現在五軍都督府是沒有募兵權，沒有負責後勤的。
每個朝代會出現武將割據，無非是將軍可以私自招募士兵，還有財源後勤，將軍和士兵長期待在一起。
監督軍隊一律由軍事督察來，有軍事法庭做威懾，有督撫官做思想教育。
督撫官是不能干涉軍隊作戰，只有管紀律和生活作息即可。
這樣就不會影響到打仗的時候，武將們的發揮了。
朱由崧還準備讓督撫官們教士兵們學習文化，讓軍隊士兵全面提升，但這是一個漫長的過程。
還有因為這次叛亂，五城兵馬司的主要武官也被砍了。
五城兵馬司經過一番大清洗，兵力不足一萬人，現在是由劉良佐來統管。
劉良佐絕對是個保命有一手的人物，正史上那麼多投降清廷的明朝武將，沒幾個有好下場的，但是劉良佐卻是舒舒服服的平安終老。
朱由崧對劉良佐這種人，心理上又沒法絕對信任。
所以拱衛京師的軍隊也要成立，明朝原本拱衛京師有二十六衛。
像是三大御營這種戰鬥部隊，隨時都要調出去打仗，如果京師沒了武力保障，這是不行的。
特別是皇宮，除了錦衣衛，和內侍守衛只有幾百人之外，守衛力量太薄弱了。
錦衣衛的事情太多了，能分出的守衛力量有限。
朱由崧把金吾衛、羽林衛和虎賁衛的編制先弄起來。
金吾衛的指揮使由趙大擔任，羽林衛的指揮使由李來亨擔任，虎賁衛的指揮使由甘輝擔任。
這些都是天子護衛軍，品級上是比普通軍官高出很多了。
朱由崧把自己的設想寫好，召集內閣大臣和武將把事定下來。
