葉瑾那日關於雷電的“驚雷一問”以及葉明深入淺出的解釋，如同一塊投入深潭的石頭，在宋應文和林文博心中激起了久久不散的漣漪。
兩人編纂《自然格致》啟蒙的熱情愈發高漲，思路也愈發清晰，力求在“啟發思考”與“避免僭越”之間找到精妙的平衡。
然而，樹欲靜而風不止。就在《自然格致》初具雛形，蒙學堂第二批學子逐漸適應了新式教學之際，一場針對格物院，尤其是針對其“離經叛道”學說的風浪，終於醞釀成型，並以一種看似無可辯駁的方式，洶湧而來。
這一日並非大朝會，但皇帝卻在偏殿召見了包括葉明在內的幾位相關官員，以及欽天監監正、幾位以學問淵博著稱的翰林學士。氣氛顯得有些凝重。
召見的起因，是一份由十七名在野士林頗有名望的老儒聯名上奏的《闢異端正學風疏》。
這份奏疏並未直接彈劾葉明，而是以憂國憂民的口吻，痛陳當下學風浮躁，有“妄人”借“格物”之名，行“悖逆”之實，列舉數條“罪狀”：
其一，妄改數符，摒棄祖宗成法，致使算學根基動搖。
其二，鼓吹匠作之術，混淆士農工商之序，誘使學子捨本逐末。
其三，也是最為嚴重的一條，即“妄測天機，褻瀆天道”。奏疏中特別指出，格物院有人公然宣揚“雷電乃雲氣相撞所致，光速聲緩乃自然之理”。”
“此等言論，完全無視《洪範》五行、《易經》八卦之奧義，更將“雷霆雨露，莫非天恩”之聖訓置於何地？實乃“動搖國本，惑亂民心”之首惡！
這份奏疏引經據典，文采斐然，將學術問題直接提升到了“天道”、“國本”的政治高度，殺傷力遠超之前的流言蜚語和商業竊密。
而那“雷電”之說，顯然是有心人透過某種渠道，探聽到了格物院內部討論的風聲，並加以歪曲和放大。
欽天監監正，一位鬚髮皆白、神色肅穆的老者，率先發言，他聲音低沉卻帶著不容置疑的權威：“陛下，天象示警，人事攸關。雷電乃陰陽激盪，上天垂象，或示警懲，或彰天威。”
“若如市井所言，將其歸於雲氣摩擦等粗淺物理，則置天道於何地？臣觀近日星象紊亂，恐非吉兆，或與此等妄言滋生有關。”
他將自然現象與星象、人事禍福直接掛鉤，這是當時主流的天人感應觀。
幾位翰林學士也紛紛附和，引述《禮記》、《春秋》等經典中關於敬畏天地的論述，強調“君子不語怪力亂神”並非不敬鬼神，而是保持敬畏，豈可如格物院般妄加揣測？
壓力瞬間集中到了葉明身上。所有人的目光都投向了他，有擔憂，有審視，更有毫不掩飾的敵意。
李雲軒端坐其上，面色平靜，看不出喜怒，只是淡淡道：“葉愛卿，諸卿所言，你有何看法？”
葉明深吸一口氣，出列躬身，神色坦然，並未急於辯解奏疏內容，而是首先明確了前提：“陛下，臣與格物院同僚，從未敢有絲毫褻瀆天地、不敬鬼神之心。天地造化，奧妙無窮，臣等唯有敬畏。”
他先站穩了“敬畏”的立場，堵住對方扣來的最大帽子，然後才道：“然，聖人亦云‘格物致知’。臣等所為，不過是效仿古之先賢，觀察天地萬物之現象，試圖理解其執行之常理，以期能更好地順應天時，利用厚生，並無冒犯之意。”
他看向欽天監監正，語氣恭敬但堅定：“監正大人精通天文，可知日月食之發生，何時開始，何時結束，皆可提前推算，分毫不差？此乃古人格物之成果，掌握了日月執行之常理所致。敢問監正，推算出日月食，可是褻瀆了日神月神？”
監正一愣，張了張嘴，一時語塞。日月食預報是欽天監的本職和權威所在，他無法否認這是基於對天體執行規律的掌握。
葉明繼續道：“同理，臣等觀察雷電，先見光後聞聲，此乃無數人親見之事實。思索其緣由，提出光速迅於聲速之猜想，亦是格物求索之過程。”
“此猜想是否成立，尚需更多驗證，但觀察事實、提出疑問，本身應無罪過。若因畏懼而不敢觀察，不敢發問，則‘格物致知’從何談起？《詩經》三百篇，亦有大量草木鳥獸之名，古人觀察之細緻，今人豈能不如？”
他巧妙地將對方的攻擊，拉回到了“觀察事實”和“格物過程”的層面，並引用古人觀察自然的現象為自己正名，避開了直接與“天道”硬碰硬。
一位翰林學士忍不住斥道：“強詞奪理！日月食可推算，乃聖人演易之妙，豈是尋常雲氣摩擦可比？爾等妄言，已引得士林譁然，學子不安！”
葉明轉向他，平靜地問道：“敢問學士，若有一蒙童問您，為何先見閃電後聞雷聲，您當如何回答？是告之以‘雷公電母’之神話，還是引導其觀察事實，思考緣由？格物院蒙學堂，所面對者，正是這般充滿好奇的蒙童。臣以為，教導他們觀察、思考，明辨事實，正是為了使其將來能更深刻地理解聖賢之道，而非背離。”
他再次將問題引向了教育方法和啟蒙必要性，將自己置於“教導蒙童”的合情合理的位置上。
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