劉裕也沒讓孫無終、劉牢之失望。他與孫恩交戰，幾無敗績。
他在劉牢之手下，由參軍做起，透過討伐孫恩，屢戰屢勝、屢勝屢升，一路高歌猛進。每次交戰，他的戰果都是斬殺、俘虜敵軍數以萬計。
很快，劉裕升到建武將軍、下邳太守。
孫恩起事，也給盤踞長江中上游的荊州刺史桓玄，找到了率軍東下的藉口。
荊州是桓玄之父桓溫經營了幾十年的老巢。桓玄擔任荊州刺史，猶如虎歸深山、龍入大海。沒用多久，他就富可敵國，操練出十幾萬水、陸強軍。
桓玄多次請求沿江而下，進駐京口，參加鎮壓孫恩暴動。
他是什麼意圖，朝堂上下清清楚楚。
司馬元顯覺得自己的地位受到嚴重威脅。於是準備向西討伐桓玄。
桓玄得到訊息，不但不懼，反而主動出擊，率軍向南進攻司馬元顯。
司馬元顯派劉牢之率北府軍前去抵禦。
兩軍在溧陽駐軍對峙。
劉裕請求出戰，劉牢之不允。
劉牢之對司馬元顯的德行十分清楚，也相當忌憚。
他覺得，自己此時擊敗桓玄，那自己必定成為司馬元顯的下個目標。
於是，他派兒子劉敬宣去向桓玄求和。
劉裕和劉牢之外甥何無忌，堅決反對劉牢之的做法。但沒效果。
桓玄最後攻入建鄴，斬殺司馬元顯，流放司馬道子。
不久，他又找機會殺死司馬道子。斬草除根。
劉牢之也是一代名將。但他先叛老闆王恭、投靠司馬元顯，導致王恭被殺；現在又叛司馬元顯、投靠桓玄，導致司馬元顯被殺。
桓玄控制了朝廷後，認為此人名聲已毀，不適合擔任北府軍統領。於是打算撤銷劉牢之兵權。
劉牢之再次露出反覆無常的本性，鼓動手下將領一起反叛桓玄。
包括劉裕在內的一眾北府軍將領，無人再願追隨他。
劉牢之便棄官逃跑了。逃出去後，他卻發現天下之大，無人願意收留他。於是上吊自殺。
劉牢之打算背叛司馬元顯、投靠桓玄時，劉裕堅決反對。
後來劉牢之又鼓動大家反叛桓玄時，劉裕也是堅決反對。
桓玄欣賞劉裕的鐵血軍人性格和非凡作戰能力，想拉攏收買劉裕為己所用。於是任命他為中軍參軍。
五斗米教教主孫恩得知晉國朝廷裡，桓玄與司馬元顯打起來了，於是趁機又率軍來攻打吳地。
但這次孫恩的運氣極差。他的隊伍一上岸就遭遇劉裕等幾路大軍圍堵，最後在臨海郡被太守辛昺擊敗。隊伍只剩不到萬人。
。盡自海投，俘被願不，堵圍被恩孫
。走逃船乘，軍殘拾收循盧主教副、夫妹的他
。亨大為號年改，後權大廷朝制控玄桓
…守太丹為之範卞小發，僕左書尚為謙桓兄從，史刺州江為生石桓兄從，史刺州二兗、徐為修桓兄從，史刺州荊為偉桓兄親命任他
…事軍諸外中督都、軍將西平、尉太為己自封玄桓
。象氣榮向欣欣暫短現出國晉。臣賢用擢、佞黜罷，後權大廷朝控掌牢牢玄桓
。惕警分十中心。位皇奪篡是的目玄桓知深，楚清得看人等忌無何、裕劉但
