晉營守禦極嚴，無懈可擊，於是闔城大困。
劉裕知城中窮蹙，於是誓眾猛攻。是日適為往亡日，不利行師，劉裕奮然道：“我往彼亡，有何不利？”足破世人述夢。遂遍設攻敵器具，四面攻撲。
南燕尚書悅壽，料知不能支援，即而開啟城門迎納晉朝軍隊。燕王慕容超即率左右數十騎，惶遽越城，逃竄裡許，被晉軍追到，捉得一個不留，牽回城中。
劉裕升帳，責備慕容超抗命不降的罪狀，慕容超神色自若，一無所言。
劉裕屠殺南燕王公以下三千人，沒入家口萬餘，把慕容超囚解進京，自請移鎮下邳，進圖關洛。
劉裕在擊滅南燕的作戰中，最高明的戰略指導是善於從敵我雙方政治、經濟、自然地理等諸多方面權衡優劣，做出相應的作戰決策。比如劉裕從分析燕人“不知遠計，近利掠獲”的心理狀態中，定下了越大峴險山、直衝燕軍京師的戰略；針對燕軍騎兵眾多、機動和突擊力強，長於平原作戰的特點，採取以車戰為主，配合以步、騎兵制勝的方針。既以車陣阻擋了騎兵的衝擊鋒銳，又發揮了車兵、步兵以弓箭矢石與長矛殺傷敵人的威力。使車戰這種已從戰國之後很少再成為戰場的主要作戰形式，又於特定的環境中，重新顯示了它的異彩，體現了古代兵法“兵無常形、水無常勢”的用兵法則。在深入燕境之後，劉裕便採取了以軍事打擊為主與政治上分化瓦解相結合的方針。他一方面安撫百姓；一方面招降燕軍官吏，使南燕的一些重要大臣、將吏不斷投向晉軍，每日歸附的百姓也多達千人以上。這使燕軍計程車氣受到嚴重的打擊，軍無鬥志，人心思降，終於使自稱擁有“鐵騎萬乘”的南燕君主慕容超，成了坐困孤城束手待斃的孤家寡人。
慕容超愚笨無能，缺乏應有的戰略遠見，也是促成晉軍獲勝難得的客觀因素。南燕並非沒有謀臣戰將，像徵虜將軍公孫五樓、桂林王慕容鎮、將軍賀賴盧等都曾極力向燕主慕容超提出過頗為高明的戰略決策，但均被慕容超棄之不用。若南燕能夠按照公孫五樓提出的扼守大峴，阻敵深入，精騎沿海南下，切斷晉軍糧道，再以騎兵兩面夾擊的作戰方針行動，那麼東晉能否如此順利地擊滅南燕，無疑又當別論。由此看來，從相對意義上講，慕容超棄險不守，縱敵入峴，固守京城廣固，將腹心要害地區拱於讓於晉軍錯誤的作戰指導，幾乎成了南燕戰敗偶發的決定性因素。
話回正題，劉裕剿滅南燕，押解燕王慕容超入京，晉朝廷下令誅殺了慕容超，加劉裕兼青、冀二州刺史，擬許便宜行事。時，晉安帝義熙六年（410年）二月。
不久，卻不料盧循攻陷長沙，徐道覆陷南康、廬陵、豫章，順流而下，將襲晉都，江東大震，急得晉廷君臣，不知所措，只好飛書召傳劉裕，率領軍隊還援。盈廷只靠一人，怪不得晉祚垂盡。
原來當初，元興元年（402年）三月，孫恩兵敗自殺，孫恩的殘餘部眾數千人推舉盧循為首領。
當時，太尉桓玄打算用安撫的手段使東部地區的局勢穩定下來，於是，任命盧循為永嘉太守。盧循雖然接受任命，但是卻依然為非作歹，行劫施暴。
同年五月，盧循從臨海進犯東陽，桓玄派遣撫軍中兵參軍劉裕帶兵進攻盧循。盧循失敗，逃往永嘉。
元興二年(西元403年)正月，盧循派他的姐夫司馬徐道覆進犯東陽。二月，建武將軍劉裕率軍擊敗徐道覆。9
八月，劉裕在永嘉打敗盧循，乘勝追擊盧循到晉安（地區），再次將他打敗。盧循形勢窘迫，於是渡海向南逃走。
九月，盧循攻打廣州南海郡的治所番禺（今廣東省廣州市），廣州刺史吳隱之率軍固守抵抗。十月，盧循夜襲攻陷番禺，抓獲吳隱之，將城中府舍、民居焚燒殆盡。盧循於是自稱平南將軍，自己主持廣州事務。
盧循下令聚集焚燒數萬死者遺骨，共同安葬在洲上；並派徐道覆攻打始興，抓獲始興相阮腆之。
到了義熙元年（405年）四月，盧循派遣使節前往東晉都城建康（今江蘇省南京市）進獻貢品。當時東晉朝廷剛剛誅滅桓氏，內外多事，沒有時間前往征討盧循。四月二十一日，朝廷任命盧循為徵虜將軍、廣州刺史、平越中郎將。徐道覆為始興相，權示羈縻。
盧循贈送給劉裕益智粽（一種粽子），劉裕回贈給他續命湯。
續命湯，乃是中醫方劑名。出自《外臺秘要》卷十五引《深師方》。具有調和六腑，安五臟之功效。主治大風，風邪入心，或心痛徹背，背痛徹心，去來上下，驚恐，小腹脹滿微痛，乍寒乍熱，心中悶狀如微溫，進退無常，面赤，或白或黃。
盧循任命前琅邪內史王誕為平南長史。王誕遊說盧循道：“王誕我本來不是軍旅出身，留在這裡也沒什麼用處。我一向被劉鎮軍厚愛，如果能夠回到北方去的話，一定會得到他的委派重用，這樣，不管是為公為私，遇到機會，我一定要報答您的厚恩。”
盧循認為他說得很對。這時劉裕寫給盧循一封信，讓他派吳隱之回去，盧循沒有聽從。王誕又對盧循說：“將軍這次扣留吳公，對公對私都不是好計策。孫策豈能不想扣留華歆？只是因為一個地方容不下兩個君長罷了。”於是，盧循派吳隱之與王誕一起回去。
及義熙六年（410年），劉裕帶兵北伐南燕，徐道覆得知後，便派人勸說盧循乘東晉空虛之機襲擊建康，盧循沒有聽從。
徐道覆親自來到番禺，向盧循遊說道：“我們住在這五嶺以南的地區，難道你還以為是因為理該如此，並且可以把它傳給子孫嗎？我們正是因為劉裕力量強大，很難跟他為敵才這樣的。劉裕的大軍集結在堅固的城池之下，什麼時候回來還說不定，我們用手下這些希望回到故鄉的敢於拼命計程車兵，突然進攻何無忌、劉毅這些小輩，不過就像把手掌翻過來而已。不趁這個時機起事，而只是追求一天的平安，朝廷卻一直把您當做心腹大患。如果劉裕平定三齊地區之後，讓軍隊休息一二年，再先用詔書徵召您進京，隨後劉裕親自在豫章屯兵，派遣幾個將領率領部隊翻過五嶺，即使將軍再神機勇武，恐怕也不一定能抵擋。這個機會，是萬萬不可錯過的。如果我們搶先攻克建康，把他們的根基全部摧毀，劉裕即使回來，也沒有什麼辦法。您如果不同意，我就要率領始興的兵眾直接進攻尋陽。”
盧循非常不願意起事，但卻沒有說服徐道覆的辦法，因此，只好同意他的意見。
當初，徐道覆暗地準備製造船隻，便派人到南康山砍伐可以製造船隻的木材，謊稱要到下游城中販賣。後來，徐道覆說勞力少無法運到下游，便在始興廉價出售，價格比市面上低好幾倍，居民們貪圖便宜，賣掉衣物而爭相購買木材。贛江水流急而且多石，出船很難，木材都儲存在當地。因而這樣許多回，百姓的船板積存得極多，百姓卻沒有任何懷疑。徐道覆舉事起兵後，根據賣木材的收據一一索取，不準隱藏不報，僱用許多人拼裝戰船，十多天便完成。到了盧循從始興出發進犯長沙，徐道覆進犯南康、廬陵、豫章諸郡，這些地方的官員都放棄職守逃跑。
盧循攻打長沙，一鼓即下，道覆且連連攻陷南康、廬陵、豫章諸郡，沿江東趨，舟楫甚盛。江荊都督何無忌，自尋陽引兵拒賊，與道覆交戰豫章。道覆令弓弩手數百名，登西岸小山，順風迭射，何無忌急忙命船內水軍，用藤牌遮護。偏偏是西風暴急，戰船停留不住，竟而由西岸飄至東岸，賊眾乘勢馳擊，用著艨艟大艦，進逼何無忌坐船，何無忌麾下，頓時駭散，何無忌厲聲語左右道：“取我蘇武節來！”
至節已取至，何無忌持節督戰，風狂舟破，賊勢四蹙。可憐的何無忌身受重傷，握節而死！何無忌亦一時名將，可惜死於小賊之手。
這個時候，劉裕已然奉召來到下邳，用船載運輜重，親自率領精銳部隊步歸。道出山陽，接得何無忌的凶耗，恐京邑失守，急忙卷甲疾趨，引數十騎至淮上。遇著朝使敦促，便探問訊息。
”。憂無可便，都還速公教但，至未尚賊“：道說使朝
。見可此於，移潛祚運朝晉。欣常非，甘逢旱久似多不差，呼歡手額是統，麾旗見，民居左江，口京至江過。止風移舟，舟登眾麾遂”！害何溺覆，死一過不則否，息自當風，我助命天“：道然慨裕劉，難有俱眾大，騰浪急風值正，濱江至馳。喜甚下心，言聞裕劉
。征南軍部率願，勇告自，毅劉督都州豫。嚴解師京令詔，恐無恃有廷朝晉，劃規寇敵防陳，見陛都即日二越
。云云賊破機相，上江師會弟老與願，畢垂船修今，當可不鋒，利獲新賊言略，毅劉覆回書齎，藩劉弟從毅劉令，表毅劉得既。師出備預，械舟治整方裕劉
”？麼裕劉及不真我謂便汝，重推時權，起發裕劉因過不，逆平義舉次前“：道藩向看而目瞋，怒有已，終未書閱毅劉，毅劉給信書將，姑到來藩劉
。中隊師水毅劉攻然突，銳高是甚頭船，來前艦艤，檝鼓流順，賊兩覆道徐、循盧值正，洲落桑至駛急。兵忿謂是。發出姑從，萬二師舟集立，上地棄擲書來把，著說
。走遁狽狼，岸登船棄，人百數著帶好只，撐支法無毅劉。擄被船全或，沉俱舟與或，遑不避逃隊軍毅劉得害，突西隳東，眾徒揮指渠賊兩。散渙刻立軍全，散一隊舟，旁兩避奔何奈沒，損碎不無，撞相艦賊與爾偶，脆低艦船毅劉
？裕劉及可力能是果，問自試毅劉。去掠軍賊被，心江置拋兒腦一，械糧重輜有所
。萬盈不數，寥寥曲部是也但，衛風聞皆然雖，人等憐道劉、民長葛諸，千數滿不，士戰邑京，復未痍瘡，還初師北時。計控為，城頭石治修，兵為民居募招忙急裕劉，懼震下上，中都達傳報敗這
。下東檣聯，言之覆道徐從方，日數論議人兩。取進勝乘宜謂覆道徐獨，陵江打攻而轉，尋還退循盧。心驚到免未，業建軍還裕劉聞聽，裕劉一畏只中目心他。中江行橫，丈二十至高船樓，絕不里百車舟，萬餘十眾有，鎮二豫、江破連，毅劉敗打，忌無何斃殺，賊二覆道徐、循盧那
。許不裕劉獨，江過輿乘奉，寇避議建倡提，民長葛諸、昶孟。敵輕應不，盛甚勢賊稱統亦，還逃軍敗有還，中都達飛，似相片雪與報警
”！辭此從請，公隨忍不僕，議時徇誤若公？士將召號能何，夫匹同勢，去逃自先若；潰驚當必，還公聞驟，寇虛乘賊妖今，合六震威，功大建新公明“：道，裕劉言進德仲王軍參
”！疑勿君願，移不志此，改可山南“：道諭亟裕劉
”！言復勿君，決已計我。呢活苟生，間草伏竄甘不斷，國殉以，門廟橫當我，敗挫一萬，休同主臣，勝得若戰，戰一足尚，雖士兵今，了罷日時延苟過不亦，北江至得使就？至得可豈亦北江，解瓦全，徙遷或一，寇強，傾外鎮重想試？麼妄舉輕可尚，日何日今“：道，怒而然裕劉，已不請固尚昶孟
”！遲未死再，戰一我看且汝“：道叱呵聲厲，起裕劉得惹，死先願自，詞陳泣涕尚昶孟。符不後此惜可，日天貫忠似幾，言此裕劉據
？盡自毒服就，納採到得有沒，避北江進帝安晉議建就，果結後最沒還爭戰？呆不是呆說你。盡自藥毒服後然，就封既表”。下天謝以咎引謹，罪死知自臣，稷社及危，進虛乘賊強令，計裕贊臣唯，同不議眾，討北裕臣“：道表草自筆提手，第歸惘惘昶孟
。青同水山，碧一波煙覺但，蹤之寇敵見未尚初起。西城登常遂”。了擒易容便，靡已鋒賊，岸西泊回或倘，料可未尚，負勝來將，避迴時暫好只，抵易不，進直亭新由若賊“：道勢賊揣預，將諸集召且，思意的難紓家毀示表，士軍勵鼓此藉是只裕劉，齡四僅年隆義劉。口京戍往，隆義劉子三第引，粹劉軍參議諮使，頭石屯出自裕劉，城宮守督文德馬司王琊琅，嚴戒外，口淮到來經已循盧聞聽，久多沒
”。了為能無，盛雖黨賊。料所我出不果“：道，喜為憂變乃，洲蔡泊回船敵見嗣。容憂略，右左顧旁的由不裕劉，亭新向引，沒出船敵有遠遠，耳到聲鼓而俄
。西復東既，中江徊徘以所，全萬出，決果有而疑多生循盧獨獨。上直舟焚，兵進亭新由擬本，口淮既覆道徐來原
。駛西椗拔面一，說面一”。明掌反如康建取，話的波奔命賣雄英位一為幸有能我果如。功會不定一事，誤耽公盧被將終我“：道息嘆是於覆道徐
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）力能護防與力懾威強增，裝塗的紋斑虎披馬戰，鎧鐵披皆馬人（
：道詠詩有
。驚免得然安鬯匕，城頭石鎮坐容從
。生殘斷藥仰皇倉，義慕徒夫怯笑可
。解分回下待且，何如退進，賊二覆道徐、循盧知
