卻說晉安帝復辟逾年，追敘討逆功績，封劉裕為豫章郡公，劉毅為南平郡公，何無忌為安成郡公。一國三公，恐劉裕未免介介。此外亦各有封賞，不勝列舉。
獨殷仲文自負才望，反正後欲入秉朝政，因為權臣所忌，出任東陽太守，心下很是怏怏。
殷仲文年輕時就有才華，容貌俊美。堂兄殷仲堪將他推薦給會稽王司馬道子，司馬道子隨即任用他為驃騎參軍，賞賜優待有加。不久改任諮議參軍，後來任司馬道子的兒子司馬元顯的徵虜長史。
當初在元興元年（402年），桓玄起兵謀反，桓玄的姐姐是殷仲文的妻子，殷仲文因此受到懷疑，而被人離間，降職為新安太守。
殷仲文與桓玄雖是親戚，但平素交往不密切，聽說桓玄佔據京師建康（今江蘇南京），便放棄自己所轄的新安郡，前去投靠桓玄，桓玄非常高興，任命殷仲文為證議參軍。
當時王謐被禮遇而不被親近，卞範之被親近而少禮遇，而殷仲文被桓玄寵信並以隆禮相待，兼有給予王謐、卞範之的優待。元興二年（403年），桓玄將要篡位，命令殷仲文總領詔命，擔任侍中，兼任左衛將軍。桓玄受九錫之賜，乃是殷仲文寫的詔令。
在東晉元興二年（403年）十二月，桓玄篡位稱帝，建康宮的臥床突然下陷，群臣大驚失色。殷仲文說，桓玄是因聖德深厚，大地託載不了。桓玄聽後非常高興。
桓玄以殷仲文為輔佐自己的親近顯貴之人，厚加封賞，車馬器用服裝，極盡華麗，後房中歌舞伎女加妻妾共有數十人，絲竹之音不絕。殷仲文生性貪吝，收受了許多賄賂，家中積累了千金財產，還常嫌不足。桓玄被劉裕打敗，殷仲文隨同桓玄西逃，他的珍寶玩物全埋藏在地下。到了巴陵，殷仲文因護送二位皇后投奔義軍，而擔任鎮軍長史，又改任尚書。
元興三年（404年），殷仲文代替桓修擔任徐、兗二州刺史。同年五月，桓玄兵敗被殺。
義熙元年（405年），晉安帝司馬德宗剛剛復位，殷仲文便上表為自己辯解，請求辭職，晉安帝則下詔不許。
義熙三年（407年）二月，殷仲文自認很有才智聲望，認為自己應當管理朝政，但始終沒有實現自己的志向，所以一直悶悶不樂。後來出京擔任東陽太守，就更加不高興了。
江州刺史何無忌平常就很是敬慕殷仲文的名氣。當時東陽是在何無忌的管轄之內，殷仲文答應在順路時去拜訪何無忌，何無忌非常高興，謹慎恭敬地對待此事。命令府中的文人殷闡、孔寧子等撰寫文章，以等待殷仲文的到來。但是，殷仲文因為官場失意，常常神情恍惚，所以才沒能過來相見。何無忌認為殷仲文這是瞧不起自己，大為惱怒，想要中傷陷害殷仲文。正好此時，南燕皇帝慕容超進兵侵犯東晉，何無忌便對劉裕說：“桓胤、殷仲文是我們的心腹大患，不可不除，而北方的強盜卻不必擔心。”
劉裕聞言，心以為然。閏二月，劉裕官府的將軍駱冰陰謀製造叛亂，事情被發覺，劉裕把他殺了。於是，他們聲稱駱冰和殷仲文、桓石松、曹靖之、卞承之、劉延祖等人在暗中互相勾結，打算擁立桓胤為盟主，所以把這些人連同他們的家族，全部殺掉。
司徒兼揚州刺史王謐病歿，資望應由劉裕繼任。劉毅等人已是忌憚劉裕，不欲他入朝輔政，於是擬令中領軍謝混為揚州刺史。或恐劉裕出來反對，謂不如令劉裕兼領揚州，以內事交付孟昶。
晉安帝司馬德宗不能決定建議，特遣尚書右丞皮沈馳往丹徒，以二人商議諮問劉裕。用人必須下問，大權已然旁落了。皮沈先見劉裕記室劉穆之，具述朝議。
劉穆之聽後就假裝如廁，暗中告訴劉裕不可順從皮沈帶來的兩個建議。劉裕與皮沈見面後就召來劉穆之詢問原由，劉穆之則說晉朝經歷過司馬道子亂政及桓玄篡位後，天命已移，劉裕以今天的功勳和地位已經是退不下來的了，而劉毅等人其實並不是心服在劉裕之之下，終會有一番爭鬥。
劉穆之又表示楊州是根本之地，不可以由他人掌握，若果放棄就必會受制於人，權柄一失亦不可再拿回來，要劉裕以議題重要為由，親身入朝討論，以穩取揚州刺史的位置。最終劉裕聽從，亦順利接任揚州刺史、錄尚書事一職，掌握了中樞權力。
為劉裕設計，恰是佳妙，但亦如許攸、荀彧之徒。
劉裕極口稱善，遂遣歸皮沈，託言入朝面決。皮沈回京覆命，果然朝廷生畏，立即下詔，徵劉裕為侍中揚州刺史，錄尚書事。劉裕又佯作謙恭，上表解兗州軍事，令諸葛長民鎮守丹徒，劉道憐屯戍石頭城，又遣將軍毛修之，會同益州刺史司馬榮期，共同討伐譙縱。
譙縱乃系益州參軍，卻擅自殺死刺史毛璩，自稱為成都王，蜀中大亂。
晉朝廷簡授司馬榮期為益州刺史，令其率兵討伐蜀亂。司馬榮期到了白帝城，擊敗譙縱之弟譙明子，再擬進師，因恐兵力不足，上表奏請緩應。劉裕於是再遣毛修之西往。毛修之入蜀，與司馬榮期相會，當令司馬榮期先驅，自為後應，進薄成都。
司馬榮期抵達巴州，又為參軍楊承祖所殺，楊承祖自稱巴州刺史。及毛修之進次宕渠，方始接得司馬榮期的死耗，不得已退屯白帝城。時益州故督護馮遷，已升任漢嘉太守，發兵來助毛修之。
毛修之與馮遷合兵，擊斬楊承祖，擬乘勝再進。不意朝廷新命鮑陋為益州刺史，馳詣軍前，與毛修之會議未協。毛修之據實奏聞，劉裕乃上表推舉劉敬宣為襄城太守，令率兵五千人討伐蜀地之亂，並命荊州刺史劉道規為徵蜀都督，排程軍事。（劉道規乃是劉裕異母弟）
譙縱聽聞晉軍大至，連忙向後秦稱臣，乞請援師抗拒晉朝廷。後秦之主姚興遣部將姚賞等人援助譙縱，會同譙縱之黨譙道福，擇險地而駐守。
劉敬宣轉戰而前，至黃虎嶺，距城約五百里，嶺路險絕。再經秦、蜀二軍堅壁守禦，敬宣屢攻不入，相持至六十餘日，糧食已盡，飢疲交併，沒奈何引軍退還，死亡過半。
劉敬宣坐是落職，劉道規亦降號建威將軍。劉裕以劉敬宣失利，奏請保薦失人，自願削職。無非做作。有詔降劉裕為中軍將軍，守官如故。
劉裕擬自往討伐蜀亂，忽然聽聞南燕入寇，大掠淮北，於是決計先伐南燕，再平西蜀。
南燕君主慕容德，乃是前燕主慕容皝之孫，慕容納之子，後燕主慕容垂之季弟。慕容皝建都龍城，傳三世而亡，慕容垂建都於中山，傳四世而亡。獨慕容德為范陽王收集兩燕遺眾，南徙滑臺，東略晉青州地，取廣固城，據作都邑。初稱燕王，後稱燕帝，改名備德，史家稱為南燕。
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。岌岌勢形，危孤城得見眼。用所無毫，石矢上城，皮牛以覆，屋板幔，木梯懸，樓飛設，妙巧極備，工之敵攻造製綱張令即裕劉
。降出城逾續陸，沮離人中城。將守降招，下城至範令並，侍常騎散為範韓表裕劉，誠投營裕劉至而竟，急益城圍見，歸東秦後自範韓
。兵晉擊出，道地掘潛樓五孫公遣且，月三兩守堅尚超容慕
