話說有一年，整個福建都發生了大瘟疫，林默娘的母親王氏在這場瘟疫中死去。
林默來聽說在湄洲島的南面有個無人居住的荒島，這個荒島有很多毒蛇猛獸和妖怪，所以人們稱呼為魔島。
而在這個魔島上，有一座山洞，據說這個山洞是太上老君的葫蘆所化，山洞裡有千年的鐘乳石水，這個這個水能治療這個瘟疫。
魔島由嘉應、嘉佑兩兄弟的養的兩個大蛇精看管著。
林默娘元神出竅飛到魔島，與兩個大蛇怪鬥起來，用銀鐲子法器敲擊兩個大蛇精，然後用銅符把兩個大蟒蛇打得腦漿迸裂。
林默娘除掉這兩個蛇妖，然後入了魔島的山洞裡，用施法的瓶子把治療瘟疫的聖水裝了進去，然後飛到天空，施法把聖水融入天空的雲層裡，然後施法下雨，解除了這場瘟疫災難。
林默娘已過及笄之年，父親想著讓她嫁人，但是她立志終身不嫁，決定一心向善，奉獻一生於救助海上的生命。
林默娘二十一歲那年，莆田遇上了百年未見的大旱。當地河流乾涸了，樹木大多枯萎，田裡的禾苗都枯焦了，黎民百姓叫苦連天。
城內的父老鄉親紛紛到縣衙，請求縣尹大人方市琪親自前往湄洲，求林默娘設壇祈雨。
這個縣尹方市琪，平素就貪婪歹毒，百姓對其怨聲載道。
方市琪本來就不願意降低自己身份去請求一個漁家女，但是怕旱情嚴重，若是百姓因此陷於絕境，發生了變亂，或者因此上告朝廷，朝廷怪罪下來，自己的官職就不保了。縣尹大人方市琪迫於無奈，只好帶上了幾個跟班，冒著酷暑的天氣，來到了湄洲。
縣尹方市琪見過林默娘，說明了自己的來意，求她盡力施法，祈雨解除乾旱。
林默娘問縣尹方市琪，說道：“請問大人，你可知道這大旱之災緣何而來？”
縣尹方市琪答道：“自然是上天作孽。”
林默娘說道：“天道無情，不偏不私，若無因果，何來如此？”
林默娘又問道：“大人既然說是上天所為，為什麼不捫心自問一下，自己做過了什麼？自己不應該自責反省嗎？”
縣尹方市琪聽見林默娘這番話，心虛得很，頓時漲紅了臉，卻還是喙硬狡辯道：“這………這與本官有甚干係？”
林默娘徐徐說道：“恕小女子言重了。縣尹大人任職期間，積案如山，賦稅加倍，奸人舞弊，百姓水深火熱，當地生靈塗炭，早已激怒上蒼。因此，天以旱象示儆吾郡，告誡於你。你身為父母官，敢說無甚干係嗎？”
林默娘的這番話有如刀劍一般犀利尖銳，當著眾人的面揭露縣尹不堪的”瘡疤”，旁邊的人都為林默娘捏一把汗。
縣尹方市琪見狀，那是又羞又怒，但是又不敢現場發作出來，只好嘿嘿一笑掩蓋尷尬，解釋道：“三年乾旱不解，百姓難過，朝廷也難過，本官的俸銀也是降低了許多的。天氣乾旱，苦的是我們莆田百姓。神姑，今日你願不願設壇祈雨？”
林默娘聞言，心想：為了一郡百姓，何必與這個官員置氣呢？還是祈雨救民，解除危難為是。只是不能要降一下這個縣大人的脾氣，讓他以後不要過度囂張，肆意妄為。
於是，林默娘回答道：“憑民女法力，求告天地，旱災是可以指日可解的。但是也是需要大人須依允一事，方能禱告天公有驗。”
縣尹聞言，問道：“神姑要本官辦什麼？說吧。”
林默娘徐徐說道：“大人須素衣齋戒三日，並且向上天表示悔過，自從不再做違法亂紀之事，三日後的申時，莆田郡內必定普降喜雨。”
縣尹方市琪聞言，說：“那就依你所言。但本官有言在先，當時若不應驗，可別怪本官依法處置你，若不靈驗，本官把你林默娘活活燒死，用來祭天······”
縣尹依林默娘的話，穿上素衣，齋戒三日，並且跪在地上，面對蒼天，以示自己誠心悔過。
林默娘登上湄峰，焚香設壇，告祭上天，三日三夜，唸誦不絕。
到了三日之後的午時，天空依然烈日高懸，沒有一絲雲彩。
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