這事兒因為他影響力不夠，宣告破產。
隨後他又像是轉了性子。
1925年，餘雲岫受邀參加遠東熱帶病學會議。
在會上，他以實際案例證明中醫在某些疾病的診斷和治療方面具有獨特優勢。
指出，唐代醫書《崔氏別錄》中關於瘰癧與肺癆的記載，比西方醫學早了一千多年，這一觀點引起了與會專家的極大興趣。
這時候他像是重新認可的中醫。
但是在同年，中國教育界先後在長沙、太原召開會議，通過了相關議案，決定將中醫納入學校體制中。
此事報請教育部批准時，餘雲岫卻突然殺出，聯合多人上書教育部，堅決抵制。
當時教育部以此為藉口，斷然拒絕了中醫進入大學學科體系的要求。
中醫界多年努力功虧一簣，此後中西醫界之關係迅速惡化，兩大陣營間水火之勢漸成。
真正讓他為眾人所熟知的，是在幾年後的一次會議上。
民國十八年召開第一屆中央衛生委員會會議，在會議前，餘雲岫就起草了《廢止舊醫以掃除衛生事業障礙案》。
餘雲岫對廢止中醫之理由、原則及具體辦法作了明確規定，他認為中醫在衛生行政上毫無地位，應當立即廢止。
其舉出四條廢止的理由，這四條理由余氏之結論為：“舊醫一日不除，民眾思想一日不變，新醫事業一日不向上，衛生行政一日不能進展。”
大會上當時在場討論了這一議題，除醫學外行次長和兩個參事抱有懷疑態度外，其餘人員更是滿場一致透過。
值得一提的是，此次會議上沒有一箇中醫人士參加。
隨後在2月26號滬上《新聞報》首先將此事公之於眾，幾天後，餘雲岫主編的《社會醫報》出版中央衛生委員會特刊公佈。
此案一齣，各界震動。
當時全國中醫人士譁然而起，群情激憤。
無數南北中醫世家，眾多中醫館醫師，或走上街頭抗議，或來到報社前靜坐。
有名的中醫，還有社會各界人士，都開始陸續在報紙上為中醫發聲。
中醫界開始在滬上《新聞報》、《申報》、《時事新報》上發表在滬上召開全國醫藥團體大會之通告、通電。
這些報社也陸續發表社評，跟蹤報道中醫界抗議集會動向，並給予輿論支援。
有了輿論界之支援和響應，中醫界舉行的各種抗議集會及反對廢止中醫案的文電接連在各大報刊上發表，形成了聲勢浩大之輿論攻勢。
當時，國民政府內部對中醫存廢問題意見並不統一。
其中以汪精衛、褚民誼為代表之部分政要主張廢止中醫，而以譚延闓、于右任、林森、陳果夫、焦易堂等國民黨政要，則主張儲存中醫。
中醫界掀起的全國性抗爭活動，引起了全社會的關注，也影響著社會安定與政府威信，剛剛統一全國之南京國民政府，不願意因為一些無關緊要的事件而引起社會較大動盪。
加上支援中醫界的人實在太多了。
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