就在赤眉軍大亂的時候，馮異身先士卒，帶領漢軍就朝著十倍於自己的赤眉軍反衝了過來， 赤眉軍再也無力抵擋，緊接就在自相殘殺中變成了潰逃，漢軍頓時把赤眉軍追的真真正正地開始丟盔卸甲，直到此時樊崇才意識到，即便沒有祥瑞神鳥的加持，單論兵法戰術，自己依然不是馮異的對手。
這一場大戰下來，馮異奇蹟般地俘虜了赤眉軍八萬餘人，斬殺無數，而八萬餘人，這比馮異整個投入戰場的全部兵力都要多，可謂打了個大大的勝仗。
在外圍佈防的劉秀得到這個訊息，非常欣喜，立即下旨褒獎馮異和眾將士，特別是對馮異先敗後勝的戰績給出了極高的評價，並留下了“失之東隅，收之桑榆”的千古名句。
這一次赤眉軍大傷元氣之後，就開始被馮異追著打，赤眉軍只能被動逃跑，跑著跑著，就跑到了宜陽，而在宜陽防守的，正是少年將軍耿弇，耿弇正愁沒地方打仗呢，赤眉軍就送上門了，立刻開始狠揍赤眉軍，劉秀佈置在其他關口的將領得到訊息也朝著宜陽匯聚，不久之後就徹底把赤眉軍包圍在了宜陽，直到此時，赤眉軍終於徹底意識到，是真的回不去了。
赤眉軍的小皇帝劉盆子讓自己的哥哥去和劉秀請降，劉秀也沒有把赤眉軍徹底趕盡殺絕，就接受了劉盆子的投降，劉盆子在自己哥哥的暗中指導下，早就對獻上印璽和綬帶的禮儀爛熟於心，所以整個過程極為順利，而劉秀也終於拿到了象徵皇權正統的傳國玉璽。
至此，橫掃天下九年，讓在華夏大地上留下無數枯骨墳塋的赤眉軍被劉秀徹底蕩平，天下再也看不到眉毛赤紅的兵士了，而軍中的重要將領，劉秀也沒有斬殺，全部遷到洛陽，不僅給住宅還給了田地，意思就一個，你們也別折騰了，就在我的眼皮子底下好好過日子吧，而對於年僅十六歲的劉盆子，劉秀則予以厚待，雖然史書上再也不會出現他的名字，卻因為他在投降的時候給足了大漢體面，劉秀就回報給他未來一生的富足安穩。
這其中唯一不甘心的就只有赤眉軍最早的首領樊崇了，在不久之後又糾集同伴準備反叛，訊息洩露之後，劉秀在失望之餘就把他斬殺消亡了。
就在劉秀帶著大軍在宜陽解決赤眉軍的時候，那個如瘟神一般的延岑趁著關中空虛，迅速佔領了關中的大部分地區，然後把關中原本各自為戰的勢力全部收歸麾下，一時間儼然一副關中之主的姿態，但是被延岑收歸麾下的勢力只是攝於延岑的難纏，表面上歸附罷了，私底下依舊相互廝殺拼鬥，這就給原本滿目瘡痍的關中大地帶來了新一輪的浩劫。
劉秀在處理完赤眉軍的事情之後，就繼續命馮異攜勝利之姿平定關中，別人都怕這個猶如瘟神一樣的延岑，馮異卻絲毫不懼，因為馮異軍中可是有大漢的祥瑞神鳥坐鎮，有這麼一尊不著調的大神在，即便什麼都不做，也會讓漢軍軍威大盛。
不久之後，馮異就帶著漢軍在上林苑這個地方和延岑的大軍接觸上了，上林苑這個地方原本就是大漢孝武皇帝劉徹的宮苑，劉徹在這裡培養出了完全效忠自己的親兵羽林軍，更是在最後把這支親兵交給了大漢雙壁之一的衛青，見證了一代軍神的崛起。
此時漢軍再來到這個尚武的地方，氣勢比出發之前更勝，發誓一定要在這個地方重振漢軍威名，此時別說延岑不是瘟神，即便是瘟神親臨，面對漢軍的勇猛都得退避三舍，一戰下來，延岑被殺的大敗，聚集的烏合之眾統統被馮異全部降服，此時的投降就不再是表面上認慫，而是真真正正的認馮異為統領了，至此，關中終於在大亂好幾年之後得以被漢軍光復。
但是光復歸光復，整個長安已經被各路軍閥霍霍的不成樣子了，糧食的價格都快飆升到金子一般了，普通百姓已經完全失去了存活的根本，馮異一見這樣的情況，再次效仿從前劉秀在河北的做法，打擊盜匪，恢復官署，重建秩序，然後從其他東邊的城池不斷調集糧食補給關中，終於在一番辛苦的治理之下，長安城終於緩過了這口氣，開始漸漸有了生氣，一時間馮異的威望達到了頂點，甚至私下有人稱馮異為“關中王”，更有從前被馮異打敗的人在劉秀面前進讒言，說馮異準備關閉關中門戶，自立造反。
劉秀在聽到這些構陷之詞後，卻是一笑了之，不僅沒有對馮異絲毫懷疑，更是把馮異的一家老小全部送到長安，意思就一個，安安心心幫我經營關中重地，我還有別的事情要辦。
解決掉赤眉軍之後，劉秀大大鬆了一口氣，這下子要辦誰呢？自然就是之前來不及處理，在南陽胡鬧的鄧奉了。
延岑這個瘟神在離開關中之後，就跑到了南陽，還沒有站穩腳跟，就再次被少年將軍耿弇帶著幽州突騎殺的大敗 ，只能繼續南逃，一直跑到荊州的南郡，這裡有個自立為“楚黎王”的秦豐，延岑被秦豐接納之後，才終於穩住敗逃的勢頭，而延岑自己是南逃了，卻把黴運留給了還在南陽縱橫的鄧奉。
鄧奉本就和延岑已經勾搭上，眼下見延岑潰逃，也有點不怎麼好的預感，畢竟延岑這個倒黴勁都快出名了，不過鄧奉畢竟年輕，決定不信這個邪，繼續奮力圍困宛城，而也就是在這個時候，把守宛城的雙星之一右將軍萬修積勞成疾，又因為城池被圍困缺乏藥物救治，最終沒能等到南陽平定，帶著遺憾隕落了。
訊息傳到劉秀手上，劉秀心痛之餘大怒，帶著平定關中的大軍，開始親自南下要和鄧奉過過招了。
當鄧奉得到劉秀已經親自帶兵朝自己而來的時候，終於意識到，延岑這個瘟神真的名不虛傳，而已經奪下南陽大部分地盤的鄧奉，也想和用兵如神的劉秀過過招，勝了就繼續保衛南陽家鄉，要是敗了，那也說明劉秀的確是真命天子。
