同治十三年，左宗棠帶著大軍出發了。他制定了先北後南，緩進急戰的戰略：先打北疆的薄弱之敵，站穩腳跟後再打南疆；進軍的時候慢慢來，做好充分準備，一旦開戰就速戰速決，不給敵人喘息的機會。
清軍一路西進，將士們都很勇猛，加上左宗棠指揮得當，很快就收復了北疆的烏魯木齊、瑪納斯等地。然後又向南疆進軍，阿古柏的軍隊根本不是對手，一路潰敗，阿古柏最後服毒自殺。到光緒三年，清軍收復了南疆的所有失地，新疆除了伊犁，基本都回到了大清的手裡。
接下來就是要回伊犁了。俄國本來答應歸還伊犁，但看到清軍收復了新疆，又反悔了，想賴著不走。左宗棠這時候已經進駐哈密，他一邊讓曾紀澤（曾國藩的兒子）去俄國談判，一邊下令清軍做好戰鬥準備，還真的抬著棺材到了前線，意思是要麼俄國還伊犁，要麼就開打。
俄國一看左宗棠態度這麼強硬，清軍也做好了準備，怕真的打起來吃虧，最終同意跟曾紀澤簽訂《中俄伊犁條約》，把伊犁還給了大清。
光緒七年，左宗棠向慈禧上奏，建議在新疆設省，加強管理。慈禧同意了，任命劉錦棠為新疆第一任巡撫。從此，新疆正式成為大清的一個省，跟內地一樣實行郡縣制，這對維護國家統一起到了重要作用。
《清史稿·左宗棠傳》裡評價他：宗棠為人多智略，內行甚篤，剛峻自天性。功成後，自奉儉約，歲食祿萬餘金，悉以賑施親舊之貧者。左宗棠收復新疆，不僅保住了大清的國土，也讓慈禧的統治更加穩固——經此一役，朝堂上沒人再敢質疑慈禧的決策，她的權威又提高了不少。
光緒二十年，甲午戰爭爆發，大清的北洋水師被日本打得全軍覆沒。這一下，全國都炸了鍋——大家都沒想到，搞了三十年洋務，花了那麼多錢建起來的海軍，居然連日本都打不過。
光緒皇帝這時候已經親政幾年了，年輕氣盛，心裡急啊，覺得再這麼下去，大清真的要了。這時候，康有為、梁啟超這些讀書人站了出來，說洋務運動只學技術不行，還得學西方的制度，搞變法，比如開議會、改法律、廢科舉、辦新式學堂、發展工商業等等。這就是戊戌變法。
光緒皇帝覺得康有為他們說得有道理，立刻就支援變法，從光緒二十四年四月開始，接連下了幾十道聖旨，要搞改革。比如下令廢除八股文，改考策論；設立京師大學堂（後來的北京大學）；鼓勵民間辦工廠、開礦山；裁撤多餘的衙門和官員等等。
可這變法，一下子就觸動了不少人的利益。
首先是守舊派大臣，比如榮祿、剛毅這些人。他們一輩子靠舊制度吃飯，要是變法了，他們的權力、地位就沒了。榮祿就跟慈禧說：康有為他們這是要亂祖宗規矩，要是聽他們的，大清就完了！剛毅更誇張，說寧可亡國，也不能變法。
然後是地方上的督撫，除了張之洞、陳寶箴少數幾人真心支援，大多督撫都覺得這變法“太冒進”。比如要裁撤舊衙門，那些靠衙門吃飯的小吏怎麼辦？要廢八股，全國幾十萬靠科舉謀生的讀書人又該去哪？所以這些督撫要麼拖著不辦，要麼陽奉陰違——你皇帝下你的聖旨，我地方辦我的老事，反正天高皇帝遠。
慈禧一開始對變法的態度其實挺“佛系”。她覺得光緒年輕，想幹點實事是好事，而且要是變法真能讓大清強起來，自己這個“老祖宗”臉上也有光。所以她一開始沒明確反對，只是私下跟光緒說：“變法可以，但別瞎折騰，祖宗的規矩不能動，我的權力也別碰。”
可康有為、梁啟超這群人太急了，恨不得把幾十年的改革壓縮到幾個月裡。他們不僅要改制度，還想動“人事”——比如要罷免一大批守舊派大臣，甚至想讓光緒把權力從慈禧手裡徹底拿過來，搞“君主立憲”。更要命的是，他們還想拉攏袁世凱，讓袁世凱帶兵包圍頤和園，把慈禧軟禁起來——這事兒沒藏住，很快就傳到了慈禧耳朵裡。
慈禧這輩子最看重的就是權力，你改制度、裁官員，她能忍；但你想動她的權力，甚至要軟禁她，這就觸碰了她的底線。本來她還在頤和園“養老”，聽說這事兒後，當天就趕回紫禁城，直接把光緒皇帝軟禁在了中南海的瀛臺——名義上是“皇帝生病，需要靜養”，實際上是把光緒的權力徹底收了回來。
緊接著，慈禧以光緒的名義下了聖旨，說康有為、梁啟超“結黨營私，莠言亂政”，下令全國捉拿。康有為、梁啟超跑得快，藉著洋人的幫助逃到了國外；可譚嗣同、楊銳、林旭、劉光第、楊深秀、康廣仁六個人沒來得及跑，被慈禧下令抓了起來，沒過幾天就押到菜市場砍了頭——這就是歷史上有名的“戊戌六君子”。
《清史稿·德宗紀》裡把這段事寫得很清楚：“（光緒二十四年）八月丁亥，太后復垂簾於便殿訓政。詔以康有為結黨營私，莠言亂政，褫其職，與其弟廣仁皆逮下獄。戊子，詔捕康有為、梁啟超，毀所著書。庚寅，戶部侍郎張蔭桓、翰林院侍讀學士徐致靖、御史楊深秀、內閣學士楊銳、林旭、刑部主事劉光第並逮下獄。辛卯，上稱疾，命太后訓政。癸巳，殺楊銳、林旭、劉光第、楊深秀、譚嗣同、康廣仁。”
這場轟轟烈烈的變法，前後只搞了一百零三天就涼了，所以也叫“百日維新”。說起來，這變法失敗也不能全怪慈禧——康有為他們確實太急功近利，沒考慮到大清的實際情況，也沒團結足夠多的力量；但慈禧對權力的執念，還有守舊派的強大勢力，也是壓垮變法的重要原因。
經此一役，慈禧對光緒徹底失望了，也對那些想“改祖宗規矩”的人充滿了警惕。從這以後，她把朝政大權攥得更緊了，宮裡宮外的大小事，都得經過她點頭才能辦——哪怕是光緒皇帝想給某個太監升個職，都得先問過她的意思。
戊戌變法失敗後，慈禧本來想廢掉光緒，另立端郡王載漪的兒子溥儁為“大阿哥”（也就是皇位繼承人），可洋人們不答應——他們覺得光緒是“開明皇帝”，更符合他們的利益，所以紛紛出面反對。這讓慈禧心裡很不痛快：我大清的家事，憑什麼你們洋人指手畫腳？
就在這時候，民間出現了一個叫“義和團”的組織，一開始是山東、河北一帶的農民，後來越鬧越大，他們打著“扶清滅洋”的旗號，到處殺洋人、燒教堂、拆鐵路——反正跟“洋”沾邊的東西，他們都要毀。
端郡王載漪這些守舊派大臣，一看義和團能“收拾洋人”，就覺得這是個好機會，天天在慈禧面前吹噓：“義和團的弟兄們個個刀槍不入，能呼風喚雨，只要太后支援他們，肯定能把洋人全趕出中國！”慈禧一開始還挺懷疑——刀槍不入？這也太玄乎了吧？可架不住載漪他們天天說，再加上她自己也想報復洋人，就抱著“試試也無妨”的心態，答應了。
她不僅不鎮壓義和團，還派官員去安撫他們，甚至讓義和團進京“護駕”。結果義和團一進北京，就徹底失控了——他們不光殺洋人，還殺了不少信教的中國人，甚至連穿洋布衣服、戴眼鏡的人都要抓起來打。北京城裡火光沖天，到處都是哭喊和打砸聲，亂成了一鍋粥。
洋人們一看情況不對，立馬組成了“八國聯軍”，從天津大沽口登陸，一路往北京打。慈禧一開始還挺硬氣，下了“宣戰詔書”，讓清軍和義和團一起對抗八國聯軍。可清軍早就沒了戰鬥力，義和團的“刀槍不入”也只是騙人的——面對洋人的洋槍洋炮，清軍和義和團根本不堪一擊，沒幾天天津就丟了，八國聯軍很快就打到了北京城下。
這時候慈禧才慌了，再也不提“扶清滅洋”了，趕緊帶著光緒皇帝、隆裕皇后，還有幾個親信大臣，喬裝成老百姓，從紫禁城的德勝門逃了出去。為了不被洋人發現，他們連像樣的行李都沒帶，一路上吃了不少苦——有時候連口熱飯都吃不上，只能啃乾糧；晚上住的地方連床都沒有，只能睡在土炕上。這一路顛沛流離，跟當年咸豐逃到熱河比，還要慘上幾分。
他們一路往西逃，最後逃到了西安，才算暫時穩住了腳。到了西安，慈禧才敢讓人去跟洋人議和。她第一個想到的，就是已經七十多歲的李鴻章——這時候李鴻章正在廣東當總督，接到聖旨後，只能硬著頭皮北上，去跟洋人談判。
李鴻章到了北京後，才發現這談判根本就是“任人宰割”。洋人們獅子大開口，要大清賠償四億五千萬兩白銀（相當於每個中國人賠一兩），還要清政府答應一系列條件：拆毀北京至大沽口的炮臺、允許洋人在北京使館區駐軍、永遠禁止中國人成立反對洋人的組織等等。
李鴻章跟洋人們談了好幾個月，磨破了嘴皮子，也沒能改變多少條件，最後只能在《辛丑條約》上籤了字。簽完字後，李鴻章又氣又累，一病不起，沒過幾個月就去世了。《清史稿·李鴻章傳》裡記載他臨死前的遺疏：“中國之弱，在於習氣太深，文法太密。庸俗之吏多，豪傑之士少。文法者，庸人借為藏身之固，而胥吏倚為牟利之符。公事以文故廢，人才以文故抑，此天下之大病也。”這段話，算是他對大清幾十年的感慨，也道盡了他的無奈。
。了革改搞主要，次一這——”強自法變“要說，旨聖道一了下就，上路的京北回安西從以所。了國亡要的真，革變不再，點極了到弱經已清大：了白明底徹禧慈讓也，了賠都底家點一後最清大把，兒事這難國子庚
。等等業商工展發、廠工辦間民勵鼓；）”軍新“的來後是就也（軍陸式新練編；門部新些這部學、部商、部外立設，制革改；堂學式新辦創，度制舉科除廢如比。進激要還法變戌戊年當比，容不的政新這且而——了”政新“搞始開的真禧慈，後京北回安西從
。等等法民、法商定制，軍新洋北練編，設建續後的堂學大師京辦創如比——事的在在實實不了搞，起一凱世袁跟他，驗經有很革改對，派務洋是就來本之張。施措的政新定制責負，臣大些這凱世袁和之張讓還
。多越來越暴和義起的地各，了苦更子日的姓百老果結，稅賦重加能只廷朝，錢要需來起搞政新且而；心信了去失廷朝對也姓百老，了空就早庫國，難國子庚和爭戰午甲過經——了”肓膏病“是經已，清大的候時這過不
。了多麼那了不管也己自，辦去臣大些這凱世袁給能只事多很，前如不大力，了老經已但，題問些這道知然雖禧慈。的發軍新是就，義起昌武的命革亥辛導領來後如比——朝清對反始開，響影的想思命革了都軍和兵士不，裡軍新的練編，是的命要更
。歲八十三僅年，了世去先帝皇緒，日一十二月十了到正反，了行不後最，病生上加鬱抑期長是他說人有也，的死毒禧慈被是緒說人有——重很得病也帝皇緒，候時這。了久多了不撐己自道知，差越來越的禧慈，月十年四十三緒
。歲四十七年，了世去也禧慈，）日二十二月十（天二第，事件這完做。儀溥佐輔，王政攝任擔灃載親父的儀溥讓時同，位皇承繼儀溥讓，儀溥的歲三，子侄的緒——人承繼了好選就早禧慈，子兒有沒緒
。亡滅的清大了速加也些這，信親用重，費浪侈奢年晚，力權重看太，點缺有也但；年多麼這了殘延苟清大讓，政新和運務洋了搞、疆新了復收、國天平太了定平，裡紀世個半近的權掌在，力能有實確禧慈——的觀客較比是算話段這”。也失其亦，節無靡侈，戚外任委，私營稍稍，久太權持然。之主欽孝皆，鄰強外，難大戡，來以治同。自柄威而，任專事遇，敏銳欽孝，厚仁貞孝。政聽簾垂后太兩欽孝、貞孝，造末宗文及“：結總個了做生一的禧慈對裡》傳妃后·稿史清《
。亡滅清大，位退儀溥，功命革亥辛，發義起昌武，）年1191，年三統宣（後年三——頭盡了到走經已，清大的候時這可，財錢的量大了費耗，重隆常非得辦禮葬的。陵東定峪陀普的化遵北河了在葬被，願的照按，後世去禧慈
。的回挽能人個一是不，然必的代時是，亡滅的清大——流的史歷住擋能沒也，力努麼怎再，是的惜可。人的清大住保想也，力權住保想，世在生個一是只，”人壞“的全完是不也，”人聖“麼什是不。雨雨風風多太了歷經，”人舵掌“的紀世半清大掌執到走步步一，人貴蘭的歲七十個一從，生一的禧慈回
》稿史清《考參
