劉秀見到吳漢帶著十萬大軍回來，又驚又喜，對吳漢更加信任，可他萬萬沒想到，吳漢這股狠勁，不僅對敵人管用，有時候對自己人也同樣狠，甚至差點釀成大禍。
西元26年，劉秀稱帝之後，派吳漢率領大軍征討南陽的鄧奉，鄧奉原本也是劉秀的部下，後來因為吳漢的部下在南陽燒殺搶掠，殘害百姓，鄧奉一怒之下起兵反叛，劉秀無奈，只能派吳漢前去平叛。
吳漢接到命令後，帶著大軍就出發了，他打仗確實厲害，很快就把鄧奉的軍隊打得節節敗退，可他手下計程車兵，卻依舊改不了燒殺搶掠的毛病，所到之處，百姓流離失所，怨聲載道，吳漢對此不管不顧，他覺得打仗嘛，難免會有傷亡，搶點東西也是正常的。
可他沒想到，正是他的縱容，讓鄧奉的軍隊得到了百姓的支援，鄧奉藉著百姓的怨氣，重新集結兵力，居然反過來把吳漢的軍隊打得大敗。
吳漢帶著殘兵敗將狼狽逃竄，差點全軍覆沒，訊息傳到洛陽，劉秀氣得差點吐血，他沒想到吳漢居然這麼魯莽，不僅沒平定叛亂，還把事情搞得這麼糟。
劉秀無奈，只能親自率軍出征，才平定了鄧奉的叛亂，回到洛陽之後，劉秀把吳漢叫來，狠狠訓斥了一頓，吳漢這才意識到自己的錯誤，跪在地上連連請罪。
劉秀看著吳漢滿身的傷痕，想到他多年來南征北戰的功勞，終究是不忍心嚴懲，只是罰了他半年的俸祿，讓他以後務必約束部下，不得再殘害百姓。
經此一事，吳漢收斂了不少。
他知道劉秀雖然寬厚，但也不是沒有底線，從那以後，他不僅嚴格約束自己的部下，還開始學著體恤百姓，打仗的時候，儘量不騷擾百姓，所到之處，秋毫無犯，百姓們對他的印象也漸漸好了起來。
如果說鄧奉之亂是吳漢人生中的一個汙點，那接下來的幾場戰役，就是他封神的時刻，尤其是征討公孫述的戰役，更是把他的軍事才能展現得淋漓盡致。
公孫述是當時盤踞在蜀地的軍閥，佔據益州之地，地勢險要，兵精糧足，自稱為帝，與劉秀分庭抗禮，劉秀先後派了好幾路大軍征討公孫述，都無功而返，甚至損兵折將，最後，劉秀還是想到了吳漢，把征討公孫述的重任交給了他。
西元35年，吳漢率領三萬大軍，沿著長江逆流而上，進攻蜀地，公孫述得知吳漢前來，不敢大意，派了手下最精銳的軍隊，在夷陵一帶佈下重兵，想要憑藉長江天險，擋住吳漢的大軍。
吳漢到達夷陵之後，看著滔滔江水和對岸嚴陣以待的敵軍，並沒有急於進攻，他知道蜀地地勢險要，強攻必然損失慘重，他先是派人暗中勘察地形，摸清了敵軍的佈防情況，然後決定兵分兩路，一路大軍假裝正面進攻，吸引敵軍的注意力，另一路大軍則趁著夜色，悄悄繞到敵軍後方，發動突襲。
夜色深沉，江水滔滔，吳漢親自率領精銳部隊，乘著小船，悄悄渡過長江，摸到了敵軍的後方，當敵軍還在正面防備漢軍進攻的時候，吳漢突然下令進攻，漢軍將士如猛虎下山，衝入敵軍陣營，敵軍猝不及防，頓時大亂，正面的漢軍也趁機發起進攻，兩面夾擊之下，公孫述的軍隊大敗，死傷無數，吳漢一舉攻破夷陵，打開了進入蜀地的大門。
拿下夷陵之後，吳漢率領大軍一路勢如破竹，接連攻克蜀地多座城池，直逼公孫述的都城成都，公孫述驚慌失措，召集手下將領商議對策，有人建議他堅守不出，憑藉成都的堅城，耗死吳漢的大軍，也有人建議他主動出擊，與吳漢決一死戰。
公孫述猶豫再三，最終決定主動出擊，他覺得吳漢長途跋涉，糧草不濟，只要能打一場勝仗，就能挫敗漢軍的銳氣，西元36年，公孫述親自率領十萬大軍，在成都城外與吳漢展開決戰。
決戰當天，成都城外塵土飛揚，兩軍對壘，旌旗蔽日，公孫述看著吳漢的軍隊，心裡十分得意，他覺得自己兵多將廣，一定能打敗吳漢，可他沒想到，吳漢早就料到他會主動出擊，提前做好了準備。
戰鬥打響之後，公孫述的軍隊果然勇猛無比，朝著漢軍衝了過來，吳漢卻不慌不忙，下令軍隊邊戰邊退，故意示弱，公孫述以為漢軍不堪一擊，下令軍隊全力追擊，結果追到一處山谷之中，吳漢突然下令伏兵四起，漢軍將士從山谷兩側衝出，把公孫述的軍隊團團圍住。
公孫述這才知道中計，想要突圍，可已經晚了，吳漢親自率軍衝殺，漢軍將士個個奮勇殺敵，公孫述的軍隊死傷慘重，屍橫遍野。
公孫述本人也在亂軍之中被漢軍士兵砍中，身負重傷，被手下人拼死救回成都，沒過幾天就一命嗚呼了。
公孫述一死，成都城內群龍無首，守將延岑無奈之下，只能開城投降，吳漢率領大軍進入成都，蜀地就此平定，訊息傳到洛陽，劉秀大喜過望，下旨封吳漢為廣平侯，食邑四縣，賞賜無數。
可就在所有人都以為吳漢會就此收手的時候，他卻又一次犯了老毛病，進入成都之後，吳漢得知公孫述生前積攢了大量的金銀財寶，居然下令士兵洗劫成都城，還一把火燒了公孫述的宮殿，大火燒了幾天幾夜，無數百姓流離失所，成都城內一片狼藉。
訊息傳到劉秀耳朵裡，劉秀氣得火冒三丈，他當即下旨斥責吳漢，說他平定蜀地有功，可縱容部下燒殺搶掠，燒燬宮殿，實在是罪不可恕，好在吳漢這次還算識相，接到聖旨後，立刻下令停止搶掠，安撫百姓，又派人修復宮殿，這才讓劉秀稍稍平息了怒火。
縱觀吳漢的一生，打仗勇猛無敵，戰功赫赫，為劉秀建立東漢立下了汗馬功勞，可他也有明顯的缺點，魯莽衝動，有時候過於殘暴，縱容部下殘害百姓，好幾次都差點給劉秀惹來大麻煩，可即便如此，劉秀對他依舊信任有加，這不僅僅是因為他的戰功，更因為他身上有一個難能可貴的優點——忠誠。
吳漢對劉秀的忠誠，是刻在骨子裡的，自從投奔劉秀之後，不管遇到多大的困難，不管劉秀處於多麼艱難的境地，他都始終不離不棄，從未有過二心。
哪怕是被劉秀訓斥，哪怕是打了敗仗，他也依舊對劉秀忠心耿耿，毫無怨言。
當年劉秀在河北被王郎追殺，四處逃竄，身邊的將領有的叛變，有的離去，只有吳漢始終跟著他，不離不棄，還幫他招兵買馬，擴充實力。
後來劉秀與劉玄決裂，處境艱難，吳漢也是第一個站出來支援他稱帝，幫他穩定軍心。
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