此戰之後，馮異名聲大振，劉秀對他更加器重，身邊的將領也對他刮目相看，可馮異依舊保持著謙遜的本性，每逢將士們爭搶功勞，他便默默退到大樹下靜坐，從不參與紛爭，士兵們都十分敬佩他，私下裡都稱他為“大樹將軍”，久而久之，這個稱呼便傳遍了全軍，連劉秀都對他的謙退之風讚歎不已。
平定河北之後，劉秀的勢力越來越大，引起了更始帝劉玄的忌憚，劉玄派尚書令謝躬率領大軍進駐鄴城，名義上是協助劉秀，實際上是監視劉秀的一舉一動，謝躬為人傲慢，與劉秀矛盾頗深，多次暗中刁難劉秀，劉秀雖心中不滿，卻礙於劉玄的勢力，不敢輕易發作。
馮異看出了劉秀的難處，主動向劉秀請命，除掉謝躬這個心腹大患，他對劉秀說：“謝躬傲慢無禮，心懷叵測，若不除之，必成大患，臣願設計除掉他，為主公掃清障礙。”劉秀沉吟片刻，點頭應允，他知道馮異做事沉穩，必有萬全之策。
馮異先是派人暗中結交謝躬的部下，摸清謝躬的行蹤，然後趁謝躬率軍外出征討其他勢力，鄴城空虛之際，親自率領精銳部隊，連夜突襲鄴城，一舉攻破城池，謝躬得知鄴城失守，急忙率軍回援，剛到城下，就被馮異早已埋伏好的軍隊團團圍住，謝躬拼死抵抗，最終被馮異斬殺，其部下也盡數歸降劉秀。
除掉謝躬之後，劉秀徹底擺脫了劉玄的控制，勢力更加穩固，而馮異也因功被封為偏將軍，可他依舊不驕不躁，治軍更加嚴謹，體恤百姓，所到之處，秋毫無犯，百姓們紛紛簞食壺漿，迎接馮異的大軍，這為劉秀贏得了民心，也為日後東漢的建立奠定了堅實的基礎。
西元25年，劉秀在鄗城稱帝，建立東漢，史稱光武帝。
登基之後，劉秀論功行賞，封馮異為陽夏侯，食邑萬戶，可此時天下尚未平定，赤眉軍盤踞關中，勢力龐大，對東漢政權構成了巨大的威脅，劉秀派鄧禹率軍征討赤眉軍，可鄧禹接連戰敗，損兵折將，劉秀無奈，只能改派馮異率軍出征，平定關中。
臨行前，劉秀親自為馮異送行，他握著馮異的手說：“關中百姓飽受戰亂之苦，流離失所，子卿此去，務必安撫百姓，善待降卒，打仗之時，能攻心則攻心，切勿多造殺孽。”馮異躬身領命：“臣遵旨，必不負主公所託，定能平定關中，安撫百姓。”
馮異率軍抵達關中之後，並沒有急於與赤眉軍決戰，他深知赤眉軍兵力強盛，士氣正旺，強攻必然損失慘重，他先是率軍進駐華陰，與赤眉軍對峙，然後派人安撫關中百姓，恢復生產，收攏流亡的百姓，同時暗中聯絡關中各地的豪強，爭取他們的支援，慢慢孤立赤眉軍。
赤眉軍主帥樊崇見馮異按兵不動，以為他畏懼自己，便派人前來叫陣，馮異卻始終閉門不出，只是堅守營寨，任憑赤眉軍如何辱罵，都不為所動，赤眉軍將士漸漸放鬆了警惕，士氣也慢慢低落下來。
時機成熟之後，馮異終於決定與赤眉軍決戰，他先是挑選了一批精銳士兵，穿上赤眉軍的衣服，偽裝成赤眉軍計程車兵，埋伏在崤底一帶，然後派少量士兵前去挑戰赤眉軍，故意示弱，引誘赤眉軍追擊。
樊崇果然中計，率領十萬大軍全力追擊，追到崤底一帶時，早已埋伏好的馮異大軍突然殺出，雙方展開激戰，戰場上刀光劍影，殺聲震天，激戰正酣之時，馮異埋伏的精銳士兵突然從赤眉軍陣中殺出，赤眉軍將士分不清敵我，頓時大亂，馮異趁機率軍猛攻，赤眉軍大敗，死傷無數，樊崇率領殘部拼死突圍，最終走投無路，只能向馮異投降。
崤底之戰，馮異以少勝多，一舉平定了關中最大的威脅赤眉軍，訊息傳到洛陽，劉秀大喜過望，下旨嘉獎馮異，稱讚他“功若丘山，德被四海”，還派人送去大量的金銀財寶，可馮異卻把賞賜盡數分給了手下計程車兵，自己分文不取，將士們對他更加敬佩。
平定關中之後，馮異並沒有停下腳步，當時關中還有不少割據勢力，各自為政，百姓依舊生活在水深火熱之中，馮異率軍四處征討，先後平定了延岑、公孫述等割據勢力，收復了關中全境。
他在關中推行仁政，減免賦稅，鼓勵百姓耕種，修復水利，短短幾年時間，關中便恢復了生機，百姓安居樂業，路不拾遺，夜不閉戶。
馮異在關中威望日盛，百姓們都稱他為“咸陽王”，訊息傳到洛陽，朝中有人嫉妒馮異的功勞，便在劉秀面前進讒言，說馮異擁兵自重，心懷異心，遲早會謀反，劉秀深知馮異的為人，根本不信這些讒言，但也免不了有些顧慮。
馮異得知訊息後，心中十分惶恐，當即上書劉秀，請求回京述職，他在奏摺中寫道：“臣身受主公厚恩，肝腦塗地，無以為報，絕無二心，今關中已定，臣懇請回京，侍奉主公左右，以安眾心。”劉秀看完奏摺，心中十分感動，當即下旨安撫馮異，讓他安心鎮守關中，不必回京，還賞賜了大量的財物，以示信任。
劉秀的信任讓馮異更加忠心耿耿，他在關中兢兢業業，恪盡職守，把關中治理得井井有條，成為東漢最穩固的後方，為劉秀平定天下提供了堅實的保障。
馮異依舊始終保持著謙遜的本性，從不居功自傲，每次向劉秀上書，都自稱“臣”，從不提及自己的功勞，這份忠誠與謙退，讓劉秀對他更加信任。
西元30年，馮異奉召回京，劉秀親自出城迎接，君臣二人相見，感慨萬千，劉秀拉著馮異的手，對滿朝文武說：“這就是我當年在無蔞亭的救命恩人，也是平定關中的大功臣，若無子卿，便無今日的東漢天下！”滿朝文武紛紛向馮異行禮，馮異卻躬身說道：“此乃主公洪福齊天，將士們奮勇殺敵之功，臣不敢居功。”
回京之後，劉秀任命馮異為徵西大將軍，讓他繼續鎮守關中，馮異再次回到關中，依舊勤勉政事，安撫百姓，可常年的南征北戰，讓他積勞成疾，身體越來越差，西元34年，公孫述派部將程焉率軍進犯陳倉，馮異不顧身體病重，親自率軍出征，大敗程焉的軍隊，可此戰之後，馮異的病情也越來越嚴重，最終在軍中病逝，終年四十五歲。
訊息傳到洛陽，劉秀悲痛欲絕，當即下令為馮異舉行國葬，追諡他為節侯，還親自為他送葬，滿朝文武皆為馮異的死而悲痛，關中百姓得知馮異病逝的訊息，更是痛哭流涕，自發為他立廟祭祀，以紀念他的恩德。
他沒有吳漢的悍猛決絕，卻多了一份沉穩睿智；沒有鄧禹的運籌帷幄，卻多了一份謙退仁厚；他是劉秀麾下最懂藏鋒的將領，是亂世中難得的謙謙君子，是百姓心中的父母官。
亂世出英雄，可英雄易做，謙謙君子難成，馮異便是那個在亂世中既能橫刀立馬，又能堅守本心的君子。
他的光芒，不似吳漢那般耀眼，卻如春雨般潤物無聲，滋養著東漢的江山社稷，也滋養著後世無數人的心靈。
參考《漢書》
