大業十三年（617年），李密率瓦崗軍猛攻虎牢關，裴仁基堅守不住，又聽聞隋煬帝在江都被殺，心灰意冷，最終決定獻關投降，歸附瓦崗軍。
秦瓊無奈，只得跟隨裴仁基，一同歸順瓦崗軍，成為李密麾下將領。
李密久聞秦瓊勇武之名，見秦瓊來投，大喜過望，對其極為器重，當即任命秦瓊為帳內驃騎，統領瓦崗軍最精銳的八千內軍，待之甚厚。
這支內軍，是瓦崗軍的核心精銳，戰鬥力極強，李密曾揚言“此軍可敵百萬”。
秦瓊感念李密知遇之恩，盡心輔佐，訓練士卒，整頓軍紀，很快將內軍打造成一支戰無不勝的勁旅。
在瓦崗軍期間，秦瓊跟隨李密，南征北戰，屢立戰功，成為瓦崗軍數一數二的猛將。
武德元年（618年），宇文化及在江都弒殺隋煬帝，率領十萬驍果軍北上，與瓦崗軍展開決戰。
雙方在黎陽展開激戰，戰況慘烈，瓦崗軍一度陷入被動。
激戰中，李密不幸被流矢射中，墜馬倒地，氣絕昏迷，左右將士紛紛潰散，追兵將至，形勢萬分危急。
就在這千鈞一髮之際，秦瓊挺身而出，獨身一人，奮力扞衛，將李密從亂軍之中救出。
隨後，秦瓊收攏殘兵，穩住陣腳，率軍反擊，拼死力戰，擊退宇文化及的追兵，保住了瓦崗軍的主力。
此戰之後，李密對秦瓊更加信任，視為心腹重臣，秦瓊也成為瓦崗軍的中流砥柱。
可惜，李密為人驕傲自大，剛愎自用，平定宇文化及後，更是目中無人，不聽謀士勸諫，最終導致瓦崗軍內訌，實力大損。
不久，王世充率軍突襲瓦崗軍，李密輕敵戰敗，瓦崗軍徹底潰散，李密率殘部投降唐朝。
秦瓊則在混戰中被王世充生擒，被迫歸順王世充。
王世充，洛陽割據勢力首領，為人奸詐狡猾，反覆無常，擅長偽裝，靠花言巧語籠絡人心。
他久聞秦瓊威名，生擒秦瓊後，大喜過望，當即任命秦瓊為龍驤大將軍，賞賜豐厚，待之甚厚，試圖將秦瓊收為己用。
秦瓊雖被迫歸順，但他眼光毒辣，早已看穿王世充的為人——奸詐多疑，心胸狹隘，難成大事。
他不願跟隨這樣的人，心中始終懷揣著尋找明主的想法。
武德二年（619年）二月，王世充與唐軍在九曲交戰，秦瓊與程咬金、羅士信等瓦崗舊將，趁機率數十名親信騎兵，臨陣倒戈，脫離王世充，直奔唐營，投降唐朝。
王世充麾下將士雖多，但畏懼秦瓊勇武，無一人敢上前阻攔，只能眼睜睜看著秦瓊等人離去。
這一棄暗投明，成為秦瓊人生中最重要的轉折點，也讓他真正踏上了建功立業、名垂青史的道路。
唐高祖李淵見秦瓊來降，大喜過望，深知秦瓊勇武，當即任命他為馬軍總管，派往秦王李世民麾下效力。
李世民，後來的唐太宗，雄才大略，知人善任，求賢若渴，早已聽聞秦瓊大名，對其極為敬重，厚加禮遇。
秦瓊歸順李世民後，如魚得水，終於遇到了真正的明主，他心中感激，發誓誓死追隨李世民，為大唐平定天下，鞠躬盡瘁，死而後已。
此時的唐朝，雖已建立，但天下尚未平定，四方割據勢力林立，宋金剛、王世充、竇建德、劉黑闥等勢力，各自佔據一方，虎視眈眈，威脅著唐朝的統治。
秦瓊跟隨李世民，開啟了橫掃群雄、平定天下的征程。
武德二年（619年）十二月，宋金剛率軍南下，進犯唐朝，麾下猛將尉遲恭（尉遲敬德），勇猛無敵，屢敗唐軍，唐軍節節敗退，形勢危急。
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