離開朝堂的日子裡，杜如晦沒有就此消沉，依舊暗中打探朝堂動向，梳理太子、秦王雙方的勢力佈局，默默為後續變局做謀劃準備。
隨著時間推移，秦王與太子之間的儲位矛盾徹底激化，李建成、李元吉接連策劃昆明池兵變，打算借出兵餞行之機埋伏兵士誅殺李世民，秦府一眾武將得到密報之後心急如焚，卻缺少房玄齡、杜如晦兩大謀臣坐鎮，拿不出周全應對方案。
被逼至絕境的李世民深知，想要保全性命、扭轉危局，必須立刻召回房玄齡、杜如晦回來主持全盤謀劃。
礙於李淵此前下達的禁令，二人不能以朝臣身份公然入城，李世民隨即派遣尉遲敬德攜帶密信、暗藏兵刃，連夜出城尋找二人。
臨行之前李世民特意叮囑，倘若二人畏懼不敢前來，可就地斬殺，以絕後患。
接到密令的杜如晦沒有絲毫猶豫，當即與房玄齡改換道士服飾，喬裝打扮，躲過京城各處城門盤查，連夜潛行潛入秦王府密室之中。
闊別許久再次相聚，秦府核心團隊齊聚一室，所有人目光盡數落在杜如晦、房玄齡身上，等待二人敲定破局之法。
彼時李世民內心依舊猶豫不決，顧忌骨肉親情，不願率先對兄長、弟弟動刀，數次想要擱置起事計劃。
滿帳文武僵持之際，杜如晦挺身而出，言辭懇切又語氣果決：“殿下功勳蓋滿天下，本就理應承襲大唐儲君大位。如今東宮屢次設下死局想要置殿下於死地，眼下的危局，恰恰是上天賜予殿下奪權的契機，萬萬不可遲疑猶豫，錯失千載良機。”
一番斬釘截鐵的話語，徹底打消李世民心中的搖擺顧慮，下定決心發動事變。
接下來數日，杜如晦牽頭統籌全域性，和房玄齡、長孫無忌、尉遲敬德等人細化玄武門之變全部細則，從宮門佈防、人員調配、伏擊點位、事後朝堂安撫、京畿兵馬管控等方方面面，逐一敲定細節，把所有突發狀況全部預判在內，不留疏漏。
武德九年六月初四，玄武門事變如期爆發，按照此前敲定的部署，李世民率領心腹武將在玄武門伏擊李建成、李元吉，順利斬殺兩位皇子，隨即控制皇宮禁軍，逼迫唐高祖李淵下詔立李世民為新任皇太子。
事變落幕之後，大唐朝堂權力平穩過渡，沒有出現大規模動亂，這份安穩局面，離不開杜如晦事前周密的預案規劃。
論功封賞之時，李世民定下首功名單，房玄齡、杜如晦並列功勳第一，一眾開國武將之中，唯獨二人位列首功。
李世民的堂叔李神通自恃宗室宗親、早年跟隨李淵起兵有功，當眾上書質疑封賞不公，直言房杜二人不過是舞文弄墨的刀筆小吏，憑什麼軍功封賞排在開國老將之前。
李世民當著滿朝文武當面駁斥李神通：“房玄齡、杜如晦運籌帷幄之中，定下安定社稷的國策謀略，功勞堪比西漢開國蕭何，這份定鼎之功，絕非上陣拼殺的軍功能夠比擬，位列首功理所應當。”
一番話說得李神通啞口無言，再也不敢爭辯封賞品級。
隨後杜如晦被擢升太子左庶子，不久升任兵部尚書，晉封蔡國公，賜實封一千三百戶，一躍躋身大唐頂層權貴行列。
武德九年八月，李淵禪位，李世民登基稱帝，改元貞觀，後世尊為唐太宗。
初登帝位的唐太宗急於整頓朝堂弊病、完善國家制度、安撫戰亂之後的天下百姓，開啟貞觀新政改革之路。
貞觀二年，杜如晦受委任檢校侍中，同時兼任吏部尚書，還要全權監管東宮所有兵馬排程，身兼數職，身上政務繁重繁雜。
掌管吏部期間，杜如晦手握全國官吏選拔任免大權，一改隋末以來買官鬻爵、任人唯親的腐朽選官陋習，堅持唯才是舉、德才兼備的選人準則。
他仔細甄別各地舉薦、科考選拔的人才，賢能之人破格提拔重用，庸碌貪鄙之輩一律罷黜不用，短短一年時間，大唐官吏隊伍風氣煥然一新，大批寒門賢才得以入朝為官，朝堂吏治為之一清。
當時有監察御史陳師合上奏《拔士論》，暗中指責房玄齡、杜如晦身兼數職、總攬選官大權，權力過於集中，意圖藉機彈劾二人專權。
唐太宗看過奏摺之後直接駁回，當眾表態：“房玄齡、杜如晦並非靠著開國勳貴身份身居高位，全憑治國才幹輔佐朕治理天下，陳師合無端猜忌重臣，所言全無憑據。”
帝王毫無保留的信任，讓杜如晦得以放開手腳推行吏治改革，毫無後顧之憂。
貞觀三年二月，朝廷調整宰相班子，杜如晦正式升任尚書右僕射，房玄齡擔任尚書左僕射，二人同掌中書、門下、尚書三省政務，成為大唐朝堂最高行政長官，名副其實的當朝左右宰相。
自此，房謀杜斷的治國組合正式站在大唐權力頂峰，攜手牽頭釐定大唐全套典章制度。
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