回朝後，李世民論功行賞，改封侯君集為陳國公，遷吏部尚書，加光祿大夫 。
從兵部到吏部，執掌人事大權，位極人臣。
此時的侯君集，出將入相，爵至國公，凌煙閣功臣，名滿天下。
人生達到巔峰。
貞觀十三年（639年），西域高昌國國王麴文泰，依附西突厥，阻斷絲綢之路，劫掠大唐商隊，扣留唐朝使者 。
李世民多次遣使斥責，麴文泰置若罔聞，甚至出言不遜。
李世民震怒，決定出兵討伐高昌。
滿朝文武，皆言不可。
高昌國遠在西域，距長安七千裡，中間隔著兩千裡沙漠戈壁，無水無草，冬寒夏熱，大軍難以抵達；即便抵達，糧草耗盡，必敗無疑。
麴文泰也笑著對使者說：“唐國去我七千裡，磧鹵二千里無水草，冬風裂肌，夏風如焚，行賈至者百之一，安能致大兵乎？使能頓吾城下，一再旬，食盡當潰，吾且系而虜之。”
意思是：大唐離我七千裡，中間兩千裡沙漠，連商人都很少能過來，他們怎麼可能派大軍來？就算來了，在我城下待十天半月，糧草吃完就會潰敗，我正好把他們俘虜了。
狂妄至極。
滿朝文武，唯有侯君集挺身而出，力主出征。
李世民大喜，任命侯君集為交河道行軍大總管，率大軍遠征高昌 。
這是一場不可能完成的任務，也是一場只能勝不能敗的戰爭。
貞觀十四年（640年），侯君集率領數萬大軍，踏上征途。
大軍穿越死亡戈壁，風餐露宿，歷盡艱險。
侯君集一路安撫將士，鼓舞士氣，妥善安排糧草補給，克服重重困難。
當大軍抵達磧口（沙漠出口）時，訊息傳到高昌，麴文泰驚懼而死。
其子麴智盛繼位，慌忙遣使求和，請求投降。
侯君集不許，大軍繼續前進，兵臨高昌都城下。
西突厥原本答應支援高昌，見唐軍勢大，望風而逃，不敢來援。
侯君集下令攻城。
唐軍打造拋石車、衝車、巢車等大型攻城器械。
十丈高的巢車，俯瞰全城，精準打擊守軍；拋石車巨石如雨，砸向城牆；衝車猛烈撞擊城門。
麴智盛走投無路，開城投降。
侯君集一舉攻滅高昌國，佔領三郡五縣二十二城，拓地千里，將西域東部納入大唐版圖，絲綢之路重新暢通。
這是大唐立國以來，第一次跨越七千裡，攻滅一個獨立國家。
！今爍古震，功之國滅
。慶歡國舉，安長回傳息訊
。集君侯賞重備準，過喜大民世李
。始開的落墜生人集君侯了竟，功奇世蓋場這，到想沒也誰，而然
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。死律按，集君侯懲嚴求要，奏上紛紛，武文朝滿
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。新自過改，德戴恩會集君侯，為以本民世李
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。戮就頸引，完說
。歡寡鬱鬱日終，分萬痛悲民世李，後死集君侯
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。止不流淚，傷神然黯，像畫的集君侯視凝，閣煙凌往前常時他
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