整頓吏治，減輕賦稅，均分田地，發展工商，整軍經武，廣開言路，興修水利，賑濟災民。
他說:“皇上，南明已經到了生死存亡的關頭。如果不改革，不出三年，北方大軍南下，我等皆為階下囚。”
朱由崧聽了，不以為然:“黃愛卿，你太悲觀了。北方那個偽帝，不過是跳樑小醜，能成什麼氣候？”
他私下去見了馬士英，卻得到了這麼一番對話。
“黃宗羲，你這些所謂的‘富國八策’，不過是書生之見，不切實際。均分田地？”
“你知道南方的田地是誰的嗎？是士紳的，是地主的。你動了他們的田地，他們第一個反你。到時候，不用北方打過來，咱們自己就亂了。”
黃宗羲據理力爭:“馬大人，您說的不對。南方的田地，雖然是士紳，地主的，可他們只要能減少一點租子，百姓就能吃飽。”
“百姓餓肚子，遲早要造反。與其到時候被動，不如現在主動。朝廷出錢買地，分給百姓。百姓有地種，有錢交稅，國家才能長治久安。”
馬士英冷笑一聲:“買地？朝廷哪來的錢？你以為戶部的銀子是大風颳來的？”
黃宗羲說:“可以加徵商稅。南方的商人富得流油，但他們交的稅少得可憐。加徵商稅，既能增加國庫收入，又能抑制商人壟斷，一舉兩得。”
馬士英勃然大怒:“加徵商稅？你知道那些商人背後是誰嗎？是我！是錢大人！是朝中的各位大臣！你加徵商稅，就是要我們的命！”
黃宗羲這才明白，馬士英反對改革，不是因為改革不對，而是因為改革損害了他的利益。
他心灰意冷，不再爭辯，辭官回鄉，埋頭著書立說。
類似黃宗羲的人，在南明還有很多。
有的被貶官，有的被下獄，有的被殺頭。
倖存下來的，要麼沉默不語，要麼逃離南方，北上投奔北方朝廷。
顧炎武，黃宗羲，王夫之……這些南明的有識之士，後來都陸續到了北方。
四月初，顧炎武在北京待了二十天後，決定正式歸順北方朝廷。
他去拜訪了石文遠，遞交了一份《北歸陳情書》，詳細闡述了他在南明的經歷，在北方見聞，以及他願意為北方朝廷效力的決心。
石文遠看了陳情書，很滿意，帶他去見朱由檢。
朱由檢在養心殿接見了顧炎武。
“顧先生，久仰大名。”朱由檢拱手道。
顧炎武跪下行禮:“草民顧炎武，參見皇上。”
“起來說話。”朱由檢擺了擺手，
“顧先生，你在南明的事，朕聽說了。你上書建言改革，被馬士英打壓，辭官回鄉。朕很欣賞你的膽識和才學。你願意來北方，朕歡迎。”
顧炎武站起來，激動地說:“皇上，草民在南明的時候，以為天下已經無可救藥了。”
“來到北方，草民才發現，天下不是無可救藥，而是需要一個明君。皇上就是那個明君。”
朱由檢搖了搖頭:“朕不是什麼明君，朕只是一個想做事的皇帝。朕做的每一件事，都是被逼的。”
